VAULT RNA 2-1; VTRNA2-1

VTRNA2
非编码 RNA 886； NC886
前体微RNA 886
MIR886 前
脐带血淋巴细胞衍生的非编码 RNA 3； CBL3

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HGNC 批准的基因符号：VTRNA2-1

细胞遗传学位置：5q31.1 基因组坐标（GRCh38）：5:136,080,491-136,080,598（来自 NCBI）

▼ 说明

VTRNA2-1是约100个核苷酸的非编码RNA。它被认为是核糖核蛋白穹窿颗粒的组成部分（参见 612695）、前体 microRNA（pre-miRNA；参见 610783）以及孤立于穹窿颗粒和 miRNA 发挥作用的蛋白激酶抑制剂（Kunkeaw 等人总结，2017 年）。，2013）。

▼ 克隆与表达

南迪等人（2009）描述了 VTRNA2-1 的结构，他们将其称为 CBL3 或 VTRNA2。 100 个核苷酸的非编码 RNA 形成具有不对称内部凸起的延伸茎环结构。它包含在其他穹窿 RNA（例如 VTRNA1-1；612695）中发现的特征性内部聚合酶 III（参见 614258）A 框和 B 框启动子元件，但它缺乏下游 B2 框基序。对分级分离的 HeLa 细胞进行尺寸排阻色谱分析，然后进行 Northern 和 Western 印迹分析，检测到约 3% 的 VTRNA2-1 含量用主要穹窿蛋白（MVP；605088）洗脱，而 97% 保留在上清液中。南迪等人（2009）指出，VTRNA2-1 的 5-prime 和 3-prime 末端预计分别含有 miRNA MIR886-5p 和 MIR886-3p。然而，他们没有检测到 VTRNA2-1 产生的 miRNA，并得出结论：VTRNA2-1 不是 miRNA 前体。

Lee等人使用差异显示来识别人肺癌细胞系中与正常人CLR2741肺上皮细胞相比下调的miRNA，然后是CLR2741细胞的5-prime和3-prime RACE（2011）鉴定了 VTRNA2-1，他们将其称为 pre-MIR886。预计 102 个核苷酸的转录物会形成茎环结构。 Northern 印迹分析在所有检查的人体组织和许多人类癌细胞系中检测到约 100 个核苷酸的转录物。原位杂交在细胞质灶中检测到前 MIR886。对 HeLa 细胞进行分级分离，然后进行 Northern 印迹分析，结果表明 pre-MIR886 是相对丰富的可溶性 RNA。

全杰恩等人（2012）指出 NC886 假设有 2 种在天然凝胶电泳中迁移率不同的主要构象。 RNase 消化实验证实了至少 2 个 NC886 二级结构。

▼ 基因功能

南迪等人（2009）发现感染 Epstein-Barr 病毒（EBV）的脐带血淋巴细胞中 VTRNA1-1、VTRNA1-2（612696）、VTRNA1-3（612697）和 VTRNA2-1 的表达上调。 VTRNA1-1 的上调最高（约 1,100 倍），VTRNA2-1 的上调最低（约 3 倍）。 VTRNA1-1、VTRNA1-2 和 VTRNA2-1 的表达也被 EBV 相关的卡波西肉瘤病毒上调，但其他病毒家族的成员则不上调。

熊等人（2011）发现MIR20A（609420）和MIR886-3p的含量在散发性和家族性乳头状甲状腺癌中显着下调。甲状腺癌细胞系中 MIR886 的过度表达增加了 S 期细胞的数量，并抑制细胞增殖、悬浮培养物中球体的形成以及贴壁培养物中的细胞迁移。蛋白质印迹分析和报告基因测定表明，MIR886 过表达与 CDC6（602627）蛋白表达和活性增加相关。

Lee 等人使用 Northern blot 分析和定量 RT-PCR（2011）发现与非致瘤细胞系相比，pre-MIR886 在大量不同的癌细胞系中下调。李等人（2011）没有发现MIR886前的功能性miRNA被加工的证据，也没有发现转录物是穹窿RNA的证据。敲低 pre-MIR886 会降低表达该转录物的人类癌细胞系的细胞增殖。可溶性 HeLa 细胞蛋白的质谱分析表明，pre-MIR886 与 PKR（EIF2AK2；176871）相互作用。 pre-MIR886 的敲低导致 PKR 的激活以及促凋亡 PKR 靶点 EIF2-α（EIF2S1；603907）的磷酸化。 pre-MIR886 的敲低也导致 NF-kappa-B（参见 164011）途径的激活。李等人（2011）得出结论，pre-MIR886 通过抑制 PKR 下调细胞生长。

昆科等人（2013）证实NC886是PKR的直接抑制剂。在未转化的胆管细胞中敲低 NC886 持续激活经典的 PKR-EIF2-α 细胞死亡途径。然而，在缺乏内源性 NC886 表达或 NC886 表达被敲低的胆管癌细胞中，PKR 激活经常诱导 NF-κ-B 细胞存活途径。昆科等人（2013）得出结论，NC886 下调或 PKR 激活的影响取决于细胞环境。

全杰恩等人（2012）发现 NC886 的中心区域与 PKR 的 2 个 N 端 dsRNA 结合基序稳定地相互作用，与每个基序的结合要弱得多。当 PKR 结合序列是单链且对 RNase 消化敏感时，PKR 优先以其缓慢迁移的构象与 NC886 结合，但当它呈现 4 核苷酸双链体结构时则不会。 NC886 与双链聚（I:C）相互竞争 PKR 结合。由于 NC886 没有显示出广泛的双链体区域，Jeon 等人（2012）预测 NC886 和 dsRNA 通过不同的机制结合 PKR。他们假设 NC886 为 PKR 激活提供了一个阈值，因此它发生在真正的病毒感染期间，而不是对细胞 dsRNA 基础水平的反应。

▼ 测绘

南迪等人（2009）指出VTRNA2-1基因位于SMAD5基因（603110）附近，该基因被Riggins等人定位到染色体5q31（1996）。