干扰素、KAPPA; IFNK
HGNC 批准的基因符号:IFNK
细胞遗传学位置:9p21.2 基因组坐标(GRCh38):9:27,524,290-27,526,498(来自 NCBI)
▼ 说明
干扰素(IFN),例如 IFNK,是功能相关的细胞因子,可赋予一系列细胞反应,包括抗病毒、抗增殖、抗肿瘤和免疫调节活性(LaFleur 等,2001)。
▼ 克隆与表达
LaFleur 等人通过在 EST 数据库中搜索与 I 型 IFN(例如 IFNA;147660)同源的序列(2001) 鉴定出人类 IFNK。预测的 207 个氨基酸的蛋白质含有 27 个残基的 N 端信号肽、5 个半胱氨酸(其中 4 个在其他 I 型 IFN 中保守)和相对较长的 CD 环。作者指出,起始蛋氨酸实际上可能位于 7 位,从而导致信号肽较短。体外转录和翻译产生约30 kD 的蛋白质。数据库分析表明 IFNK 表达仅限于角质形成细胞。 Northern 印迹分析在角质形成细胞中检测到 1.1-kb 的转录物,但在组织中未显示表达。 RT-PCR 显示 IFNK 在角质形成细胞中表达,在单核细胞和树突细胞中表达水平较低,但在所检查的任何其他细胞群中均未表达。 ELISA 在角质形成细胞中检测到 IFNK,但在外周血或成纤维细胞、培养上清液中未检测到。
▼ 基因功能
拉弗勒尔等人(2001) 发现用双链 RNA 或脑心肌炎病毒(EMCV) 处理角质形成细胞会导致 IFNK mRNA 上调,以及预期的 IFNB(147640) mRNA 增加。用 IFNB 或 IFNG 处理角质形成细胞也可诱导 IFNK mRNA 的表达(147570)。重组 IFNK 可以保护人类细胞,但不能保护小鼠细胞免受 EMCV 感染。 IFNK 通过 I 型 IFN 受体复合物介导干扰素刺激的反应元件激活,最大激活需要 IFNAR1(107450) 和 IFNAR2(602376) 亚基。用 IFNK 处理的 B 细胞系上调 STAT1(600555)、MXA(MX1; 147150)、OAS(164350)、IRF1(147575) 和 PKR(EIF2AK2; 176871) 的表达。拉弗勒尔等人(2001) 得出结论,IFNK 定义了 I 型 IFN 的一个新亚类,它在角质形成细胞中表达并介导宿主防御。
琼等人(2017) 发现长非编码 RNA EMICERI(617651) 的激活导致其邻近基因的剂量依赖性激活,包括 EQTN(617653)、MOB3B(617652)、IFNK 和 CORF72(614260)。
▼ 基因结构
拉弗勒尔等人(2001) 指出,与其他 I 型 IFN 不同,IFNK 在其终止密码子后立即有一个内含子。 IFNK 在其启动子区域内具有一个 TATA 元件和 3 个 GAAANN 元件,可介导病毒诱导性。
▼ 测绘
通过辐射混合分析,LaFleur 等人(2001) 将 IFNK 基因定位到染色体 9p21.2