核体蛋白 SP110; SP110
斑点,110-KD
细胞内病原体抗性 1, 小鼠, 同系物;IPR1
此条目中涉及的其他实体:
包含干扰素诱导蛋白 41; IFI41,包含
包含干扰素诱导蛋白 75; IFI75,包含
HGNC 批准的基因符号:SP110
细胞遗传学位置:2q37.1 基因组坐标(GRCh38):2:230,165,186-230,225,636(来自 NCBI)
▼ 克隆与表达
暴露于干扰素(IFN;参见,例如,147570)会导致许多细胞蛋白(参见 604456)水平的调节,从而介导 IFN 的多效性作用。 Kadereit 等人使用针对 PKR p68 的兔多克隆抗体(PRKR;176871)(1993) 从干扰素诱导的 Daudi 细胞中分离出编码 IFI41 和 IFI75 的交叉反应但在其他方面不相关的 cDNA。 IFI75 cDNA 在 Northern 印迹中与来自 IFN 诱导细胞的 2 kb mRNA 杂交。 IFI41 cDNA 在 Northern 印迹中与来自 IFN 诱导细胞的 2-kb mRNA 以及来自诱导细胞和对照细胞的 0.5-kb mRNA 杂交。序列分析表明,IFI41和IFI75分别是非常亲水的248个氨基酸和371个氨基酸的多肽,富含碱性残基,并且具有多个潜在的磷酸化位点。这 2 种蛋白质含有相同的 204 个氨基酸序列,并具有类似鱼精蛋白和组蛋白的核靶向序列。兔网织红细胞裂解物系统中的表达指导合成 52-kD IFI75 蛋白,高于计算的 42 kD 分子量。杆状病毒系统中的 Sf9 细胞中的 IFI75 表达产生磷酸化的 65-至 67-kD 蛋白质,该蛋白质与 NP40 去污剂提取后的核沉淀相关。 IFI41 的分子量为 30 kD。与 IFI75 相比,IFI41 对杆状病毒系统中的 Sf9 细胞具有毒性。
▼ 基因功能
威尔士等人(1999) 证明 IFI41 定位于哺乳动物细胞的核仁。 IFI75 主要位于核仁周围,但在哺乳动物细胞的整个核质中也有发现。干扰素治疗导致 IFI41 易位至核仁周围。作者认为,IFI41 和 IFI75 与它们共定位的核仁素相关,在核糖体生物发生中发挥作用。
SP110 与 PML(参见 102578)核体相关,PML 是细胞核内的一种大分子复合物,部署到活跃宿主或病毒 DNA 复制、转录和修复的区域。除了基因转录的调节外,PML 核体还参与其他细胞过程,如细胞凋亡、细胞周期控制和免疫反应。罗西奥利等人的研究结果(2006) 与 SP110 在免疫反应中的重要作用一致,但对于 PML 核体形成不是必需的。研究表明,SP110 在人类针对传染性生物体的免疫保护机制中发挥着重要作用。
潘等人(2005) 在样本中的 Sst1(对结核病超级易感性 -1)内鉴定了一个基因,他们将其命名为细胞内病原体抗性 -1(Ipr1)。 Ipr1基因在Sst1抗性巨噬细胞激活和感染后表达上调,但在Sst1敏感巨噬细胞中不表达。 Ipr1 转基因在 Sst1 敏感巨噬细胞中的表达不仅限制了结核分枝杆菌的增殖,还限制了单核细胞增生李斯特菌的增殖,并将受感染巨噬细胞的细胞死亡途径从坏死转变为凋亡。潘等人(2005) 得出结论,Ipr1 基因产物可能具有以前未记录的功能,可以将细胞内病原体产生的信号与控制先天免疫、细胞死亡和发病机制的机制整合起来。 SP110 是人类 Ipr1 蛋白最接近的同源物。 Ipr1 和人 SP110 蛋白均含有参与蛋白质-蛋白质相互作用(Sp100 结构域)、染色质结合(SAND 结构域)、核定位信号和核受体结合(NRB) 基序 LXXLL 的基序。
▼ 测绘
国际辐射混合测绘联盟将 SP110 基因测绘到染色体 2q37.1(stSG16476)。
▼ 分子遗传学
伴有免疫缺陷的肝静脉闭塞病
伴有免疫缺陷的肝静脉闭塞性疾病(VODI;235550)是一种与肝血管闭塞和纤维化相关的常染色体隐性遗传性原发性免疫缺陷。罗西奥利等人(2006) 对 4 名 VODI 受影响个体及其父母进行了纯合性定位,将该疾病定位到 2q36.3-q37.1。精细作图研究确定了 3 个短串联重复(STR) 标记的保守单倍型,跨越 1.422 Mb 的基因组间隔,其中包含 SP110 基因。通过 DNA 测序筛选 SP110 编码外显子的突变,发现来自 4 个家族的受影响个体的外显子 5 中存在纯合单碱基缺失 642delC(604457.0001)。在第五个家庭中,没有活着的受影响个体,但近亲父母和未受影响的儿童在外显子 2 中共享杂合单碱基缺失 40delC(604457.0002),其单倍型背景与其他 4 个家庭不同。该突变在已故家庭 5 成员的档案材料中是纯合的。在 50 个不相关的黎巴嫩对照中未发现任何突变,在 89 个欧洲或中东常见变异性免疫缺陷孤立病例(240500) 的 SP110 编码区中未发现突变。东方起源。
关联待确认
有关结核分枝杆菌易感性与 SP110 基因变异之间可能关联的讨论,请参见 604457.0003 和 604457.0004。
▼ 等位基因变异体(4 个选定示例):
.0001 伴有免疫缺陷的肝静脉闭塞性疾病
SP110,1-BP DEL,642C
Roscioli 等人在 4 个黎巴嫩血统家庭中(2006) 证明患有免疫缺陷综合征肝静脉闭塞性疾病的个体(VODI; 235550) 在 SP110 基因的外显子 5 中携带 642delC(Pro214ProfsTer15) 的纯合单碱基缺失。
.0002 伴有免疫缺陷的肝静脉闭塞性疾病
SP110,1-BP DEL,40℃
在一个黎巴嫩血统的家庭中,罗西奥利等人(2006) 证明,一名死于免疫缺陷肝静脉闭塞病(VODI; 235550) 的儿童在 SP110 基因的外显子 2 中存在 1-bp 缺失 40delC(Gln14SerfsTer25) 纯合子。
.0003 重新分类 - 意义未知的变体
SP110,LEU425SER(rs3948464)
该变种以前的标题为结核分枝杆菌,易感性(参见 607948),现已根据 Thye 等人的研究结果重新分类(2006) 和 Szeszko 等人(2007)。
托什等人(2006) 指出,小鼠 Ipr1 基因(SP110 的同源物)已被证明在结核感染的结果中具有重要作用(参见 607948)。托什等人(2006) 检查了 219 个冈比亚家族 SP110 基因中的 27 个 SNP,并鉴定了 3 个与结核病相关的 SNP,包括外显子 11 中的 C/T(rs3948464),这是一种非同义变化,其中 C 等位基因编码 ser425,T 等位基因编码 leu425 。最常见的等位基因(C) 遗传给受影响后代的频率比预期的要高。另外 2 个 SNP 是内含子 6(604457.0004) 中的 T/C 变化和内含子 10 中的 A/G 变化。对另外 99 个几内亚和 102 个几内亚比绍家族的检查孤立复制了外显子 11 和内含子中 SNP 的关联6. 尽管内含子 SNP 可能在选择性剪接中发挥作用,但 3 个 SNP 均不影响 SP110 的已知功能域。冈比亚家族中所有 3 个相关的 SNP 都处于强连锁不平衡状态,并且被发现位于低单倍型多样性的 31 kb 块内。
泰伊等人(2006)观察到,2004 名痰阳性、HIV 阴性加纳结核病患者与 1,231 名暴露的健康个人接触者和 1,135 名社区对照之间,21 个 SP110 变体(包括 leu425 到 ser)的频率没有显着差异。他们的结论是,SP110 变异与人类结核分枝杆菌感染的不同表型之间的关联值得怀疑。
塞什科等人(2007) 在近 2,000 名 HIV 血清阴性、结核分枝杆菌培养阳性的俄罗斯人和类似数量的对照中,对 SP110 中的 29 个 SNP 进行了基因分型,其中包括 7 个引起氨基酸变化的基因,以及 15 个祖先信息标记作为基因组对照。他们没有发现 SP11O SNP(包括 leu425 到 ser)与成人肺结核易感性相关的证据。塞什科等人(2007) 提出 SP110 多态性对远交人群的影响可能小于 Ipr1 对近交小鼠的影响,并强调全基因组扫描对于识别人群中易患结核病的基因和致病变异的重要性。
.0004 重新分类 - 意义未知的变体
SP110、C-T、INTRON 6(rs2114592)
该变种以前的标题为结核分枝杆菌,易感性(参见 607948),现已根据 Thye 等人的研究结果重新分类(2006) 和 Szeszko 等人(2007)。
托什等人(2006) 检查了 219 个冈比亚家族 SP110 基因中的 27 个 SNP,并鉴定了 3 个与结核病相关的 SNP,包括内含子 6(rs2114592) 中的 T/C。最常见的等位基因(T) 遗传给受影响后代的频率比预期的要高。对另外 99 个几内亚家庭和 102 个几内亚比绍家庭的检查孤立地复制了该关联。 SNP 不影响 SP110 的已知功能域。
泰伊等人(2006)观察到,2004 名痰阳性、HIV 阴性加纳结核病患者与 1,231 名暴露的健康个人接触者和 1,135 名社区对照之间,21 个 SP110 变体(包括 leu425 到 ser(604457.0003))的频率没有显着差异。他们的结论是,SP110 变异与人类结核分枝杆菌感染的不同表型之间的关联值得怀疑。
塞什科等人(2007) 在近 2,000 名 HIV 血清阴性、结核分枝杆菌培养阳性的俄罗斯人和类似数量的对照中,对 SP110 中的 29 个 SNP 进行了基因分型,其中包括 7 个引起氨基酸变化的基因,以及 15 个祖先信息标记作为基因组对照。他们没有发现 SP11O SNP(包括 leu425 到 ser)与成人肺结核易感性相关的证据。塞什科等人(2007) 提出 SP110 多态性对远交人群的影响可能小于 Ipr1 对近交小鼠的影响,并强调全基因组扫描对于识别人群中易患结核病的基因和致病变异的重要性。