PPFIA 结合蛋白 1; PPFIBP1

受体型蛋白质酪氨酸磷酸酶 F 多肽相互作用蛋白结合蛋白 1
PTPRF 相互作用蛋白结合蛋白 1
LIPRIN-β-1

HGNC 批准的基因符号:PPFIBP1

细胞遗传学位置:12p11.23-p11.22 基因组坐标(GRCh38):12:27,524,206-27,695,564(来自 NCBI)

▼ 克隆与表达

各种信号蛋白的酪氨酸磷酸化程度由蛋白酪氨酸激酶和蛋白酪氨酸磷酸酶(PTPases)的协同活性调节。 LAR(179590) 样跨膜 PTPase 家族的成员在果蝇轴突引导和乳腺发育和功能中发挥作用。 TRIO(601893) 和 LIP1(PPFIA1; 611054) 蛋白已被证明可与 LAR 膜远端 D2 PTPase 结构域结合。为了鉴定其他 LIP1 结合蛋白,Serra-Pages 等人(1998) 使用 LIP1(他们将其重新命名为 liprin-α-1)作为诱饵进行了酵母相互作用陷阱筛选。他们分离了编码蛋白质的人成纤维细胞 cDNA,并将其命名为 LIP 相关蛋白(liprin)-β-1 和 liprin-β-2(603142)。通过计算机化的同源性搜索和文库筛选,Serra-Pages 等人(1998) 鉴定了另外 3 种人类脂蛋白,liprin-α-2(603143)、liprin-α-3(603144) 和 liprin-α-4(603145) 以及 2 种线虫脂蛋白。

塞拉-佩吉斯等人(1998)根据序列相似性和结合特征将脂蛋白分为α型和β型。 α-liprin 和 β-liprin 均包含 N 端 α-螺旋卷曲螺旋区域和保守的、约 250 个氨基酸的 C 端 liprin 同源(LH) 结构域。塞拉-佩吉斯等人(1998) 报道预测的 1,005 个氨基酸的 liprin-β-1 蛋白和部分 liprin-β-2 多肽的序列有 51% 相同。通过免疫荧光分析,他们发现 LIP1 和 liprin-β-1 主要共定位于哺乳动物细胞的质膜上。 Northern 印迹分析表明,liprin-β-1 基因广泛表达为 7 kb mRNA。

▼ 测绘

Gross(2022) 根据 PPFIBP1 序列(GenBank BC050281) 与基因组序列(GRCh38) 的比对,将 PPFIBP1 基因对应到染色体 12p11.23-p11.22。

▼ 基因功能

Serra-Pages 等人使用免疫共沉淀研究(1998) 证明 β-liprin 的卷曲螺旋区域允许与其他 β-liprin 发生同二聚化,并可能与其他 β-liprin 发生异二聚化,但不能与 α-liprin 发生异二聚化。在酵母相互作用陷阱测定中,α-和β-脂蛋白通过其LH结构域相互作用,但β-脂蛋白的LH结构域不相互作用。塞拉-佩吉斯等人(1998) 发现,与 LIP1 和其他 α-liprin 不同,β-liprin 不结合 LAR D2 PTPase 结构域。他们提出,脂蛋白是多价蛋白,形成复杂的结构,充当招募和锚定 LAR 家族 PTPase 的支架。

▼ 分子遗传学

Shaheen 等人在 3 名近亲兄弟姐妹中发现,患有神经发育障碍,伴有癫痫发作、小头畸形和大脑异常(NEDSMBA; 620024)(2019) 发现了 PPFIBP1 基因中的纯合移码突变(603141.0001)。这些患者是从来自 104 个先天性小头畸形家庭的 150 名患者中筛选出来的。

Rosenhahn 等人在来自 12 个无关家庭的 16 名 NEDSMBA 患者中(2022) 鉴定了 PPFIBP1 基因中的 8 个纯合突变,包括 5 个无义突变和 3 个移码突变(参见例如 603141.0002-603141.0006)。 10个家庭的父母被证实携带杂合状态的突变。另一个家系(家系13)的一个患有严重宫内生长迟缓、小头畸形和颅内钙化的胎儿,其PPFIBP1基因存在纯合错义突变(G726V),该突变在父母中以杂合状态存在;妊娠大约在第 22 周时被终止。妊娠。

▼ 动物模型

罗森哈恩等人(2022) 生成了线虫 PPFIBP1/hlb-1 敲除模型。突变蠕虫在自发行为和光诱导行为方面存在异常,并对乙酰胆碱酯酶抑制剂涕灭威表现出剂量依赖性耐药性。对涕灭威的抗性为突变蠕虫的突触前缺陷提供了证据。

▼ 等位基因变异体(6 个精选示例):

.0001 伴有癫痫、小头畸形和大脑异常的神经发育障碍
PPFIBP1、2-BP DEL、NT960

Shaheen 等人在 3 名近亲兄弟姐妹中发现,患有神经发育障碍,伴有癫痫发作、小头畸形和大脑异常(NEDSMBA; 620024)(2019) 在 PPFIBP1 基因中发现了纯合 2-bp 缺失(c.960_961del, NM_001198915.1),导致移码和提前终止(Glu320AspfsTer3)。该突变是通过全外显子组测序发现的,但在 gnomAD 数据库中不存在。未进行功能研究。

.0002 伴有癫痫、小头畸形和大脑异常的神经发育障碍
PPFIBP1、1-BP DEL、NT2654

Rosenhahn 等人在 2 名不相关的叙利亚患者(患者 2 和 12)中,均由近亲父母所生,患有神经发育障碍,伴有癫痫发作、小头畸形和大脑异常(NEDSMBA; 620024)(2022) 在 PPFIBP1 基因中发现了一个纯合 1-bp 缺失(c.2654del, NM_003622.4),导致移码和提前终止(Tyr885LeufsTer4)。通过三重全外显子组测序发现的突变在两个家庭的父母中均以杂合状态存在。 gnomAD 数据库中不存在该突变。

.0003 伴有癫痫、小头畸形和大脑异常的神经发育障碍
PPFIBP1、2-BP DEL、NT1368

Rosenhahn 等人在 3 名同胞(家庭 3)和一名无关患者(患者 4)中,均由近亲父母所生,患有神经发育障碍,伴有癫痫发作、小头畸形和大脑异常(NEDSMBA; 620024)(2022) 在 PPFIBP1 基因中发现了纯合 2-bp 缺失(c.1368_1369del, NM_003622.4),导致移码和提前终止(Glu456AspfsTer3)。通过全外显子组测序鉴定出该突变,并确认两个家庭的父母均为突变携带者。 gnomAD 数据库中不存在该突变。

.0004 伴有癫痫、小头畸形和大脑异常的神经发育障碍
PPFIBP1、ARG805TER

Rosenhahn 等人在 2 名埃及同胞(第 5 个家庭)中,由近亲父母所生,患有神经发育障碍,伴有癫痫发作、小头畸形和大脑异常(NEDSMBA; 620024)(2022) 鉴定了 PPFIBP1 基因中的纯合 c.2413C-T 转换(c.2413C-T, NM_003622.4),导致 arg805 到 ter(R805X) 取代。通过四重全外显子组测序鉴定出突变,确认父母为突变携带者。该突变在 gnomAD 数据库中的等位基因频率为 0.0000199。

.0005 伴有癫痫、小头畸形和大脑异常的神经发育障碍
PPFIBP1、GLN490TER

Rosenhahn 等人在 2 名埃及同胞(家庭 6)和一名无关的埃及患者(患者 11)中,均为近亲父母所生,患有神经发育障碍,伴有癫痫发作、小头畸形和大脑异常(NEDSMBA; 620024)(2022) 鉴定了 PPFIBP1 基因中的纯合 c.1468C-T 转换(c.1468C-T, NM_003622.4),导致 gln490 到 ter(Q490X) 的替换。通过全外显子组测序发现的突变在两个家庭的父母中均以杂合状态存在。 gnomAD 数据库中未发现该突变。

.0006 伴有癫痫、小头畸形和大脑异常的神经发育障碍
PPFIBP1、ARG135TER

Rosenhahn 等人在一名患有神经发育障碍(伴有癫痫、小头畸形和脑异常)的瑞典患者(患者 7)中(NEDSMBA;620024)(2022) 鉴定了 PPFIBP1 基因中的纯合 c.403C-T 转换(c.403C-T, NM_003622.4),导致 arg135 到 ter(R135X) 取代。通过三重全外显子组测序鉴定出该突变,并确认父母为突变携带者。该突变在 gnomAD 数据库中的等位基因频率为 0.00002828。