RNA 2-prime、3-prime 环磷酸酯和 5-prime-OH 连接酶; RTCB
染色体 22 开放解读码组 28; C22ORF28
造血干细胞/祖细胞表达基因 117; HSPC117
HGNC 批准的基因符号:RTCB
细胞遗传学位置:22q12.3 基因组坐标(GRCh38):22:32,387,582-32,412,247(来自 NCBI)
▼ 说明
前体 tRNA 转录物(pre-tRNA) 的剪接是通过专门的核酸内切酶来完成的,这些核酸内切酶可以切除内含子,并通过连接酶来连接剩余的外显子半部分。 RTCB 充当 tRNA 连接酶(Popow 等,2011)。
▼ 克隆与表达
通过对 CD34(142230) 阳性脐带血和成人骨髓进行 RT-PCR,Zhang 等人(2000) 克隆了人类 C22ORF28,他们将其称为 HSPC117。推导的蛋白质含有505个氨基酸。在所有检查的造血细胞系中均检测到 HSPC117 表达。
波波等人(2011) 克隆小鼠 Hspc117,其编码推导的 505 个氨基酸的蛋白质,与人类 HSPC117 几乎相同。在几种脊椎动物和微生物物种中检测到 HSPC117 的密切直系同源物。
▼ 基因功能
Kanai 等人使用质谱分析(2004) 鉴定出 Hspc117 是一种大型 RNase 敏感颗粒的组成部分,该颗粒与来自小鼠脑裂解物的 Kif5(参见 KIF5A;602821)进行免疫沉淀。含有 Hspc117 的复合物的其他成分包括 RNA 解旋酶 Ddx1(601257)、转录和锚定蛋白 Ef1-α(参见 EEF1A1;130590)、剪接蛋白 Nono(300084) 和 Cgi99(C14ORF166;610858)。 Western blot 和免疫荧光分析显示 Hspc117 主要定位于细胞质。
波波等人(2011) 发现 HSPC117 是用 HeLa 细胞核提取物中的大蛋白复合物纯化的。含有 HSPC117 的细胞级分足以将 tRNA 半外显子和线性内含子转化为成熟 tRNA 和环状内含子。添加 ATP 会强烈刺激 HSPC117 复合物的连接。 HeLa 细胞中 HSPC117 的缺失消除了链间连接,损害了前 tRNA 转录物向成熟 tRNA 的加工,并导致前 tRNA 外显子半部同时积累。 HSP117 通过将前体衍生的剪接连接磷酸盐作为典型的 3-prime、5-prime 磷酸二酯整合到成熟 tRNA 中,从而连接 tRNA 外显子半部。
波波等人(2014) 发现 archease(ZBTB8OS; 615891) 与 DDX1 合作,通过 RTCB 刺激前 tRNA 剪接。 HEK293 细胞蛋白的交联揭示了一种蛋白质复合物,其中包括表位标记的古酶、RTCB、FAM98B(616142) 和 DDX1。 Archease 需要 GTP 来刺激 RTCB 活性,并且需要 DDX1 水解 ATP 才能最大程度地刺激 RTCB。波波等人(2014) 得出结论,archease 促进了前 tRNA 连接所需的 RTCB-鸟苷酸中间体的 DDX1 依赖性形成。
Perez-Gonzalez 等人通过对来自 HEK293T 细胞的 CLE(C14ORF166) 进行免疫沉淀的胰蛋白酶肽进行质谱分析(2014) 鉴定了一种 220 至 480 kD 的蛋白质复合物,除了 CLE 之外,还包括 DDX1、HSPC117 和 FAM98B;该复合物还包含RNA。 HEK293T 细胞中 CLE 的短发夹 RNA 依赖性下调减少了 DDX1、HSPC117 和 FAM98B 的核和胞质积累。 CLE 的过度表达稳定了两个区室中的复合物,RNase 处理导致 CLE 和 HSPC117 部分解离,表明它是核糖核蛋白复合物。转录抑制减少了复合物的核输入,导致 HSPC117 在胞质中积累。
▼ 基因结构
张等人(2000)确定C22ORF28基因至少含有12个外显子。
▼ 测绘
Hartz(2011) 根据 C22ORF28 序列(GenBank AF161466) 与基因组序列(GRCh37) 的比对,将 C22ORF28 基因对应到染色体 22q12.3。