VPS35 内体蛋白分选因子样； VPS35L

VPS35 样蛋白质
EC97
染色体 16 开放解读码组 62； C16ORF62

HGNC 批准基因符号：VPS35L

细胞遗传学位置：16p12.3 基因组坐标（GRCh38）：16:19,555,703-19,701,163（来自 NCBI）

▼ 说明

VPS35L 是 COMMD（参见 607238）/CCDC22（300859）/CCDC93（CCC）复合体和猎犬复合体的共享亚基，两者都参与内体区室中的蛋白质回收（Singla et al., 2019）。

▼ 克隆与表达

Lu 等人使用微阵列分析和 PCR（2003）从人食管鳞状细胞癌（ESCC；参见 133239） cDNA 中克隆了 VPS35L，他们将其称为 EC97。 EC97 含有 813 个氨基酸，计算分子量为 93 kD。它包含 5 个 N-糖基化位点、3 个 N-肉豆蔻酰化位点和许多磷酸化位点。 EC97的预测二级结构由35个α螺旋、17个延伸链和49个随机卷曲组成。 Northern 印迹分析在除脂肪之外的所有测试人体组织中检测到 3.4-kb EC97 转录物。 RT-PCR 分析显示，与对照相比，EC97 表达在 60% 测试的 ESCC 组织中上调，在 35% 测试的 ESCC 组织中下调。

麦克纳利等人（2017）报道称，人类 VPS35L 蛋白（他们将其称为 C16ORF62）包含 C 端 HEAT 重复蛋白折叠。

▼ 基因结构

卢等人（2003）确定 VPS35L 基因包含 25 个外显子，跨度超过 100 kb。

▼ 测绘

通过辐射杂交分析，Lu 等人（2003）将 VPS35L 基因定位到染色体 16p13.1-p12。

Gross（2020）根据 VPS35L 序列（GenBank BC058845）与基因组序列（GRCh38）的比对，将 VPS35L 基因对应到染色体 16p12.3。

▼ 基因功能

McNally 等人在人类细胞中使用蛋白质组学分析（2017）鉴定了一种进化上保守的多蛋白复合物，由于其结构和功能与逆转录酶复合物相似，他们将其称为猎犬。猎犬复合物是由 DSCR3（VPS26C; 605298）、C16ORF62 和 VPS29（606932）组成的异二聚体。检索复合物与 CCC 和 WASH（参见 613632）复合并定位于核内体，通过与货物转换因子蛋白 SNX17（605963）偶联，驱动大量货物蛋白的孤立于逆转录酶的检索和回收。

辛格拉等人（2019）证明人类 CCC 和猎犬复合体共享 VPS35L 作为共同的亚基。 CCC 复合体（而非猎犬）需要维持 3-磷酸磷脂酰肌醇（PI3P）的正常内体水平。 CCC 的消耗导致 PI3P 水平升高、WASH 的募集和激活增强、内体 F-肌节蛋白过量以及内化受体的捕获。从机制上讲，CCC 调节 PI3P 磷酸酶 MTMR2 的磷酸化和内体募集（603557）。作者得出结论，CCC 对 PI3P 水平的调节对于内体区室中的蛋白质回收至关重要。

加藤等人（2020）研究了野生型和 VPS35L 敲除 HeLa 细胞中的自噬流。敲除细胞在营养丰富和饥饿条件下以及用 MTOR（601231）抑制剂 Torin-1 处理后表现出自噬功能下降，表明 VPS35L 对于自噬功能是必需的。

▼ 分子遗传学

Kato 等人在患有 Ritscher-Schinzel 综合征 3（RTSC3; 619135）的日本姐妹和兄弟中（2020）鉴定了 VPS35L 基因中错义突变（A919T; 618981.0001）和 1 bp 重复（618981.0002）的复合杂合性。作者指出，所有 3 个 RTSC 相关基因 WASHC5（610657）、CCDC22（300859）和 VPS35L 都是猎犬-CCC-WASH 轴的成员，该轴在内体膜回收系统中发挥着关键作用。功能分析表明，错义变体缺乏形成猎犬复合体的能力，移码变体诱导无义介导的 mRNA 衰变，证实了 VPS35L 功能的双等位基因丧失。

▼ 动物模型

加藤等人（2020）生成了 Vps35l 敲除小鼠，并在杂合子杂交的新生儿中未检测到纯合子，表明 Vps35l -/- 基因型是纯合致死的。作者解剖了胚胎以确定致死阶段，并在胚胎第（E） 7.5 天观察到了 Vps35l -/- 胚胎，但在 E10.5 时没有观察到 Vps35l -/- 胚胎，这表明 Vps35l 对于早期胚胎发育至关重要。

▼ 等位基因变异体（2 个选定示例）：

.0001 RITSCHER-SCHINZEL 综合征 3（1 个家族）
VPS35L、ALA919THR

Kato 等人在患有 Ritscher-Schinzel 综合征 3（RTSC3; 619135）的日本姐妹和兄弟中（2020）鉴定了 VPS35L 基因中 c.2755G-A 转换（c.2755G-A, NM_020314.5）的复合杂合性，导致高度保守残基处的 ala919 至 thr（A919T）取代，并且1-bp 重复（c.1097dup；618981.0002），导致移码，预计会导致过早终止密码子（Cys366TrpfsTer28）。他们未受影响的父母均具有 1 个突变杂合子，这两种突变均未在 gnomAD 数据库中找到。对兄弟的淋巴母细胞系的分析显示，移码变异等位基因的表达显着降低，与 mRNA 衰减一致，并且与父母和对照相比，男孩的患者白细胞显示 VPS35L 蛋白表达显着降低。 HEK293T 细胞中的测试表明，与野生型相比，在环己酰胺（CHX）存在的情况下，A919T 变体迅速减少，表明突变蛋白的稳定性降低。此外，作者指出，A919T 突变体不与 VPS29（606932）结合，因此不会形成异源三聚体猎犬复合物。他们的结果表明，A919T 变体并非无效，而是由于其不稳定而成为亚等位突变体。

.0002 RITSCHER-SCHINZEL 综合征 3（1 个家族）
VPS35L、1-BP DUP、NT1097

讨论 VPS35L 基因中的 1-bp 重复（c.1097dup, NM_020314.5），导致移码，预计会导致过早终止密码子（Cys366TrpfsTer28），该密码子在日本姐妹和兄弟中以复合杂合状态被发现Kato 等人患有 Ritscher-Schinzel 综合征 3（RTSC3；619135）（2020），参见 618981.0001。