小核仁 RNA,C/D 框,13; SNORD13
snoRNA、U13
HGNC 批准的基因符号:SNORD13
细胞遗传学位置:8p12 基因组坐标(GRCh38):8:33,513,475-33,513,578(来自 NCBI)
▼ 说明
小核核糖核蛋白(snRNP) 是稳定的 RNA-蛋白质复合物,包含富含尿苷的 RNA 成分(例如 SNORD13)和一组最多 9 种不同的蛋白质。预计它们在前 mRNA 剪接中发挥作用(Tyc 和 Steitz 总结,1989)。
▼ 克隆与表达
通过使用针对 U3 snRNP(SNORD3A; 180710) 的自身抗体对 HeLa 细胞提取物进行免疫沉淀,然后使用针对三甲基鸟苷 RNA 帽的抗体进行再沉淀,Tyc 和 Steitz(1989) 分离出了人 U13。 105 个核苷酸的 RNA 在其 3 引物末端附近有一个 9 个核苷酸的框 C 和一个 6 个核苷酸的框 D,与 U3 类似。与 U3 一样,U13 定位于分级分离的 HeLa 细胞的核仁。沉降分析发现绝大多数 U13 存在于与 40S 核糖体标记共迁移的复合体中。
夏尔马等人(2015) 报道 U13 是脊椎动物特有的框 C/D snoRNA。
▼ 基因功能
夏尔马等人(2015) 发现 NAT10(609221) 乙酰化 3 素主要结构域螺旋 34 中的胞嘧啶 1337(C1337) 和 3 素小结构域螺旋 45 中的 C1842 上的 18S 核糖体 RNA(rRNA;参见 180450)。 U13 显示出与 18S rRNA 3 引物末端具有 2 个 Watson-Crick 碱基对互补性延伸区域,而 C1842 恰好位于这 2 个互补性延伸区域之间。 HCT116 人结肠癌细胞中 U13 的消耗降低了 18S rRNA 乙酰化。夏尔马等人(2015) 提出 U13 通过诱导 rRNA 前体折叠来促进 C1842 处的 rRNA 乙酰化。
▼ 测绘
Hartz(2015) 根据 SNORD113 序列(GenBank NR_003041) 与基因组序列(GRCh38) 的比对,将 SNORD113 基因对应到染色体 8p12。