炎症性肠病 16; IBD16
细胞遗传学位置:9q32 基因组坐标(GRCh38):9:112,100,001-114,900,000
有关炎症性肠病(IBD)(包括克罗恩病(CD) 和溃疡性结肠炎(UC))遗传异质性的一般描述和讨论,请参阅 IBD1(266600)。
▼ 测绘
Cho等人在对来自174个科的297个克罗恩病、溃疡性结肠炎或混合亲属对进行的全基因组筛查中,其中37%是德系犹太人(1998) 发现了 9 号染色体上 D9S2157 连锁的名义证据(最大多点 lod = 1.41)。
在一项涉及 484 名日本克罗恩病患者和 1,097 名对照者的全基因组关联研究中,Yamazaki 等人(2005) 确定了 TNFSF15 基因内的 SNP 和单倍型之间的高度显着关联(604052);与 TNFSF15 的关联在来自英国的 2 个白种人 IBD 队列中得到证实。作者指出,日本和英国样本中的 5 个多态性 SNP 形成了 2 种常见的疾病相关单倍型:最常见的是高风险单倍型(“A”),它与疾病显着相关日本(p = 7.8 x 10(-11)) 和英国(p = 0.005);低风险单倍型(“B”)在两个人群中也显示出显着关联(分别为 p = 9.3 x 10(-11) 和 p = 0.02)。
皮科内尔等人(2007) 对 Yamazaki 等人先前发现与 CD 相关的 5 个 SNP 进行了基因分型(2005)(rs3810936、rs6478108、rs6478109、rs7848647 和 rs7869487)在 599 名患有 CD 的白种人患者、382 名患有 UC 的白种人患者以及 230 名种族匹配的健康对照(包括犹太人和非犹太人)中进行了研究。 “风险”未发现单倍型与 CD 或 UC 相关,但 Picornell 等人(2007)观察到“保护性”行为的频率增加。 CD 和 UC 的非犹太人对照中的单倍型(“B”)(两者的 p = 0.01),在 CD 中种族和保护性单倍型之间存在交互作用(p = 0.04)。皮科内尔等人(2007) 的结论是 TNFSF15 确实是一种 IBD 易感基因,并且该疾病的易感性具有种族特异性。
特雷梅尔林等人(2008) 分析了 756 名英国 CD 患者和 636 名地理匹配对照者 TNFSF15 基因中先前研究的 3 个变异,发现其中 2 个与 CD 相关,即 rs3810936(OR,1.18;p = 0.049)和 rs7848647( OR, 1.19, p = 0.033),在乘法模型下。基于这 2 个 SNP 的单倍型分析证实了风险单倍型的存在(OR,1.44;p = 0.00012);然而,作者还表示,他们的数据提供了进一步的证据,证明致病变异不是他们研究中基因分型的 3 个 SNP 之一。
对 3 项克罗恩病研究的数据进行荟萃分析,涉及总共 3,230 例病例和 4,829 名对照(Rioux 等人,2007 年、Wellcome Trust 病例对照联盟,2007 年和 Libioulle 等人,2007 年),并在 3,664 名孤立受试者中重复案例,巴雷特等人(2008) 发现与 9q32 处的 rs4263839 显着相关(组合 p = 2.60 x 10(-10);病例对照比值比,1.22)。
卡库塔等人(2009)检查了植物血凝素(PHA)刺激的外周血单核细胞(PBMC),观察到与未刺激细胞的比例相比,从风险单倍型转录到非风险单倍型的TNFSF15 mRNA的等位基因比例增加。当检查佛波醇12-肉豆蔻酸酯13-乙酸酯加离子霉素刺激的外周血T细胞和Jurkat细胞时,证实了与PHA刺激的PBMC中观察到的等位基因表达失衡类似。受刺激的 Jurkat 细胞中的启动子测定表明,风险单倍型的启动子区域(-979 至 +35)的荧光素酶活性显着高于非风险单倍型,缺失和诱变分析表明这种差异是由于 - 358T-C 单核苷酸多态性。在受刺激的 T 细胞中,-358C(风险等位基因)的启动子活性高于 -358T(非风险等位基因)。卡库塔等人(2009) 假设 -358T-C 对受刺激 T 细胞转录活性的影响可能导致对克罗恩病的易感性。