唐氏综合症关键区基因 4; DSCR4
唐氏综合症关键区基因 B; DSCRB
HGNC 批准的基因符号:DSCR4
细胞遗传学位置:21q22.13 基因组坐标(GRCh38):21:38,054,011-38,121,360(来自 NCBI)
▼ 克隆与表达
唐氏综合症(190685) 是最常见的出生缺陷,由 21 三体引起。对部分 21 三体患者的研究将染色体 21q22.2 中 DNA 标记 LA68 和 ERG(165080) 之间的 1.6 Mb 区域定义为唐氏综合症综合征关键区(DSCR)。中村等人(1997) 对 DSCR 内 DNA 标记 LB7T 和 ERG 之间的 1.4 Mb DNA 进行了测序。为了识别 DSCR 生成的转录本,他们搜索了包含 1.4 Mb 基因组序列的 EST 数据库。他们鉴定了 2 个源自 1.4 Mb 区域的 EST,对应于新基因 DSCR4,他们将其称为 DSCRB。推导的DSCR4蛋白含有118个氨基酸。 RT-PCR 在胎盘中检测到 DSCR4 表达,但在人类肝脏、心脏或大脑中未检测到。 Northern 印迹分析显示胎盘中有主要的 1.1kb 和次要的 2.0kb DSCR4 转录物,但在任何其他测试组织中均没有。
邓恩等人(2006) 发现 DSCR4 和 DSCR8(613396) 基因是从双向启动子转录的,并表现出相似的表达模式。 RT-PCR 随后进行 Southern 印迹分析,在前列腺、骨骼肌、睾丸和胎盘中检测到 2 个 DSCR4 转录本和 4 个 DSCR8 转录本。在胸腺中单独检测到 DSCR4 的强表达,而在脑、肾和骨髓中单独检测到低水平的 DSCR8。在胎盘和睾丸畸胎瘤细胞系中也检测到了 DSCR4 和 DSCR8 转录本,但在 HeLa 细胞中未检测到。邓恩等人(2006) 发现 DSCR4 和 DSCR8 似乎只在灵长类动物中进化,尽管 DSCR4 在旧世界猴子中没有发现。双向启动子在灵长类动物中似乎也高度保守。
▼ 基因结构
中村等人(1997) 确定 DSCR4 基因包含 3 个外显子,跨度约为 67 kb。
邓恩等人(2006) 鉴定了 DSCR4 和 DSCR8 基因之间的双向启动子,它们以相反的方向转录。它们的转录起始位点和第一个外显子位于复合内源逆转录病毒(ERV) 元件内,其中 ERV1 长末端重复序列(LTR) 插入并分裂较旧的 ERV-L LTR。这两个基因在其整个长度上都富含重复序列:DSCR4 的外显子 2 完全源自 ERV-LTR,而 DSCR8 外显子 2 包含短 MIR 片段,DSCR8 外显子 3 完全源自 Alu 元件。双向启动子的LTR包含2个假定的SP1(189906)结合位点和一个cAMP响应元件,并且在功能研究中高度活跃,显示出多个正向和负向调节元件。
▼ 测绘
通过基因组序列分析,Nakamura 等人(1997) 将 DSCR4 基因定位到染色体 21q22.2。