高密度脂蛋白胆固醇水平定量性状基因座 3

HDLCQ3

细胞遗传学位置：16q24.1 基因组坐标（GRCh38）：16:84,100,001-87,000,000

▼ 测绘

帕朱坎塔等人（2003） 指出，已经进行了几次全基因组筛选，以确定易导致不良血清脂质水平和冠心病（CHD） 的新基因座。他们假设，可以将不同研究人群中这些筛选积累的数据结合起来，以验证哪些已识别的基因座真正含有易感基因。这一策略的威力已在炎症性肠病和哮喘等其他复杂疾病中得到证实。他们通过调查最常见的易诱发冠心病的血脂异常，即家族性混合性高脂血症（FCHL; 144250），评估了很大程度上未知的冠心病遗传背景，该病影响 1% 至 2% 的西方人群和 10% 至 20% 的早发冠心病家庭。为了进行组合数据分析，他们统一了 FCHL 及其组成特征的诊断标准，并结合了对芬兰人和荷兰人这两个人群进行的 2 次全基因组扫描的数据。分析的与 FCHL 相关的脂质特征是甘油三酯水平、总胆固醇水平、载脂蛋白 B 和 HDL 胆固醇。发现的最显着的连锁区域是 16q24.1，其中低高密度脂蛋白胆固醇（HDLC） 性状（此处指定为 HDLCQ3）的多点 Lod 得分为 3.6。

奥尔琴科等人（2009） 报告了第一个影响总胆固醇、LDL 胆固醇、HDL 胆固醇和甘油三酯的基因座的全基因组关联（GWA） 研究，该研究从 16 个基于人群的队列中随机采样，并主要使用 Illumina HumanHap300-Duo 平台进行基因分型。这项研究共纳入了 17,797 至 22,562 名年龄在 18 岁至 104 岁之间的个体，他们的地理区域涵盖从北欧国家到南欧的各个地区。奥尔琴科等人（2009） 在全基因组显着性水平上建立了 22 个与血清脂质水平相关的位点（p 小于 5 x 10（-8）），其中包括先前 GWA 研究鉴定的 16 个位点。奥尔琴科等人（2009） 确定了染色体 16q 上的 SNP rs2271293 与 HDL 水平的关联（p = 8.3 x 10（-16））。

达斯塔尼等人（2010） 对 2 个 HDLC 研究样本进行了全基因组扫描和定量关联研究：11 个魁北克多代家庭和来自 Saguenay-Lac St-Jean（SLSJ） 地区的 61 个家庭。这些研究样本中 HDL 胆固醇的遗传力分别为 0.73 和 0.49。方差成分连锁方法在魁北克全家族中在标记 D16S515 附近 98 cM 处产生的 lod 得分为 2.61，在 SLSJ 家族中在标记 D16S2624 附近 86 cM 处产生的 lod 得分为 2.96。在魁北克范围内的样本中，4 个家族在 25.5 cM（18 Mb） 区域内表现出分离，通过附加标记进一步减小至 6.6 Mb。对该区域内所有基因的编码区进行测序，鉴定出 CHST6（605294） 中的错义变体，该变体分离为 4 个家族，对于其他家族，观察到该变体的 p 值为 0.015；然而，在不相关的魁北克范围样本中对该 SNP 进行的关联研究并不显着。同一区域的另一个 SNP（rs11646677） 被发现与 SLSJ 研究样本中的低 HDLC 显着相关（p = 0.016）。此外，培养细胞的RT-PCR结果显示CHST6和该区域另一个基因KIAA1576的表达存在显着差异。达斯塔尼等人（2010） 指出，他们的发现构成了染色体 16q23-q24 上影响 HDLC 水平的基因座的额外证据。