SPT16 同源物，促进染色质重塑亚基； SUPT16H

TY 16 的抑制子，酿酒酵母，同源物
染色质特异性转录延伸因子，140-KD 亚基
事实，140-KD 子单元
SPT16，酿酒酵母，同源物

HGNC 批准的基因符号：SUPT16H

细胞遗传学位置：14q11.2 基因组坐标（GRCh38）：14:21,351,476-21,384,019（来自 NCBI）

▼ 说明

SUPT16H 基因编码 FACT（促进染色质转录）复合物的一个组成部分，这是转录延伸以及 DNA 复制和修复所需的染色质特异性因子（Belotserkovskaya 等人总结，2003）。

▼ 克隆与表达

通过顺序色谱法，Orphanides 等人（1998）从 HeLa 细胞核提取物中纯化了 FACT（促进染色质重塑），这是染色质重塑后转录本延伸所需的辅助因子。转录起始后，FACT 会从核小体诱导的阻断中释放 RNA 聚合酶 II（参见 POLR2A，180660），以实现高效转录。 SDS-PAGE 和色谱分析表明 FACT 活性存在于由 140-kD（FACTp140）和 80-kD（FACTp80; 604328）亚基组成的约 230-kD 蛋白质中。

Orphanides 等人通过离子阱质谱法使用从 FACTp140 获得的肽序列筛选 HeLa 细胞 cDNA 文库（1999）分离出编码FACTp140的cDNA。预测的 1,047 个氨基酸的 FACTp140 蛋白与酿酒酵母 Spt16/Cdc68 具有 36% 的氨基酸同一性，Spt16/Cdc68 是 RNA 聚合酶 II 转录的多种基因正常转录所需的必需核蛋白。在蛋白质印迹分析中，抗重组 FACTp140 的抗体识别天然 FACTp140。肽序列分析显示 FACTp80 对应于 SSRP1 蛋白（604328）。奥芬尼德斯等人（1999）提出转录激活后，FACT 通过 SSRP1 的 HMG1 结构域靶向核小体。当转录 RNA 聚合酶 II 接近时，FACT 通过结合和去除 1 个或两个组蛋白 H2A（参见 613499）/H2B（参见 609904）二聚体来促进组蛋白八聚体的破坏。

▼ 生化特征

冷冻电子显微镜

刘等人（2020）报道了人类组蛋白伴侣 FACT 的 2 个冷冻电镜结构，由亚基 SPT16 和 SSRP1（604328）组成，与部分组装的亚核小体复合，并提供生化和氢-氘交换数据支持。刘等人（2020）发现 FACT 与核小体 DNA 和所有组蛋白变体进行广泛的相互作用。 FACT 上的大 DNA 结合表面似乎受到其两个亚基的羧基末端结构域的保护，并且通过与 H2A-H2B 相互作用释放这种抑制，使 FACT-H2A-H2B 能够对接到包含 DNA 和组蛋白 H3 和 H4。 SPT16 结合核小体 DNA，并通过其羧基末端结构域作为 DNA 的占位符来束缚 H2A-H2B。 SSRP1 也有助于 DNA 结合，并且可以呈现 2 种构象，具体取决于是否存在第二个 H2A-H2B 二聚体。

▼ 测绘

Stumpf（2021）根据 SUPT16H 序列（GenBank BC111402）与基因组序列（GRCh38）的比对，将 SUPT16H 基因对应到染色体 14q11.2。

▼ 基因功能

勒罗伊等人（1998）纯化了一种重塑和剪接因子，他们将其称为 RSF（参见 603375），当 DNA 包装到染色质中时，聚合酶使用该因子启动转录。他们发现这些转录本的扩展需要事实。

人类 p53 蛋白（191170） Ser392 处的磷酸化对紫外线（UV）敏感，但对伽马辐射不敏感。凯勒等人（2001）鉴定并纯化了一种在体外磷酸化 ser392 的哺乳动物紫外线激活蛋白激酶复合物。该激酶复合物包含酪蛋白激酶 2（CK2；参见 115441）和染色质转录延伸因子 FACT（SPT16 和 SSRP1 的异二聚体）。体外研究表明，FACT 改变了复合物中 CK2 的特异性，使其相对于其他底物（包括酪蛋白）选择性磷酸化 p53。此外，还发现激酶复合物的磷酸化可增强 p53 活性。这些结果提供了紫外线照射下 p53 激活的潜在机制。

桑德斯等人（2003）证明蛋白质复合物 FACT 与果蝇多线染色体上活跃转录的 pol II 基因相关。 FACT 显示体内招募和染色体追踪的动力学，类似于 pol II 和延伸因子 Spt5（602102）和 Spt6（601333）。 FACT 不与 pol III（参见 606007）转录基因共定位，后者在体外进行核小体转移而不是分解。桑德斯等人（2003）得出的结论是，他们的观察结果与 FACT 一致，FACT 仅限于涉及核小体分解机制的转录。

别洛采科夫斯卡娅等人（2003）证明 FACT 通过破坏核小体结构的稳定性来促进 pol II 驱动的转录，从而在酶传代过程中去除 1 个组蛋白 H2A-H2B 二聚体。他们还证明 FACT 具有内在的组蛋白伴侣活性，并且可以将核心组蛋白沉积到 DNA 上。重要的是，FACT 活性需要其两个组成亚基，并依赖于其较大亚基 Spt16 的高酸性 C 末端。别洛采科夫斯卡娅等人（2003）得出的结论是，他们的发现定义了 pol II 通过染色质转录而不破坏其表观遗传状态的机制。

▼ 分子遗传学

Bina 等人在 4 名患有神经发育障碍、面容畸形和胼胝体薄的不相关患者中（NEDDFAC; 619480）（2020）鉴定了 SUPT16H 基因中的从头杂合错义变体（参见例如 605012.0001-605012.0003）。这些突变是通过外显子组测序发现的，发生在整个基因中，但包括 gnomAD 在内的公共数据库中不存在这些突变。患者是通过 GeneMatcher 程序确定的。没有进行变异的功能研究和患者细胞的研究。作者推测这些突变可能导致功能丧失并导致染色质和转录失调。

▼ 等位基因变异体（3 个选定示例）：

.0001 伴有面容畸形和胼胝体薄的神经发育障碍
SUPT16H，ARG734TRP

Bina 等人在一名患有神经发育障碍、面容畸形和胼胝体薄的 8 岁女孩（患者 1）中（NEDDFAC; 619480）（2020）在 SUPT16H 基因中发现了一个从头杂合的 c.2200C-T 转换（c.2200C-T，NM_007192.3），导致 arg734 到 trp（R734W）取代。该突变是通过全外显子组测序发现的，但在 gnomAD 数据库中不存在。没有进行变体的功能研究和患者细胞的研究。

.0002 伴有面容不规则和胼胝体薄的神经发育障碍
SUPT16H、ASN571SER

Bina 等人在一名患有神经发育障碍、面容畸形和胼胝体薄的 12 岁男孩（患者 2）中（NEDDFAC；619480）（2020）在 SUPT16H 基因中发现了一个从头杂合的 c.1712A-G 转变（c.1712A-G，NM_007192.3），导致 asn571 到 Ser（N571S）的取代。该突变是通过全外显子组测序发现的，但在 gnomAD 数据库中不存在。没有进行变体的功能研究和患者细胞的研究。

.0003 伴有面容不规则和胼胝体薄的神经发育障碍
SUPT16H、LEU432PRO

在一名患有神经发育障碍、面容畸形和胼胝体薄的 5 岁男孩（患者 3）中（NEDDFAC；619480），Bina 等人（2020）在 SUPT16H 基因中发现了一个从头杂合的 c.1295T-C 转变（c.1295T-C, NM_007192.3），导致 leu432 到 pro（L432P）的取代。该突变是通过全外显子组测序发现的，但在 gnomAD 数据库中不存在。没有进行变体的功能研究和患者细胞的研究。