仅 LIM 域 1; LMO1

菱形肽 1； RBTN1
菱形； RHOM1
T 细胞易位基因 1； TTG1

HGNC 批准的基因符号：LMO1

细胞遗传学位置：11p15.4 基因组坐标（GRCh38）：11:8,224,309-8,268,787（来自 NCBI）

▼ 克隆与表达

伯姆等人（1988）和格林伯格等人（1989）研究了先前确定的与急性淋巴细胞白血病 T 细胞相关的易位 t（11;14）（p15;q11）（613065）。该易位涉及 14q11 上的 TCR-δ 基因座（参见 186810）以及 11p15 上的转录序列。他们发现 11p15 上的基因通常在发育中的后脑菱形细胞中表达。该基因产物被命名为 rhombosine 或 rhombotin，有 155 个氨基酸，与任何先前描述的蛋白质没有同源性。

Boehm 等人认为，由于人类和小鼠菱形蛋白的衍生蛋白质序列实际上是相同的，因此很难识别功能上重要的区域或基序（1990）分离并比较了不同物种的菱形蛋白序列。他们展示了果蝇 DNA 中与人类和小鼠菱形蛋白高度同源的序列。这一比较和其他比较表明，缺乏 DNA 结合同源结构域的菱形蛋白可能属于一类新的转录调节因子，它通过与某些 DNA 结合转录因子的分子间竞争性结合来调节转录。预测的菱形蛋白的结构表明它由 2 个串联排列的富含半胱氨酸的区域组成，随后在附加到假定的 DNA 结合和激活结构域的 3 个转录因子中鉴定出这些区域，其中它们被称为 LIM 结构域。 LIM 结构域的功能可能在于蛋白质-蛋白质相互作用。 LIM 结构域与锌结合蛋白和铁氧还蛋白的铁硫中心具有同源性。与其与人类基因的密切结构同源性相一致，小鼠同源物 Ttg1 定位于 7 号染色体，位于 β 球蛋白基因座的远端（Angel 等，1993）。

伯姆等人（1991）分离出 rhombotin 基因的 2 个同源物。 Rhombotin-2（RBTN2; 180385）位于 11p13 上靠近 T-ALL 断点簇区域。这是通过与仅含有人 11 号染色体的体细胞杂交定位到 11 号染色体，然后将人菱形蛋白外显子 2 特异性探针与跨越 T-ALL 断点簇区域周围约 100 kb 的粘粒克隆杂交来确定的。小鼠中的 Rhom-2 与人类同源物相似。伯姆等人（1991）鉴定了第三个 rhombotin 样基因（RBTN3; 180386），并确定它不位于 11 号染色体上。然而，它与 rhombotin-2 有 93% 的同源性，并且还编码 LIM 结构域蛋白。目前尚不清楚 RHOM3 基因是否与白血病染色体异常有关。 11p15 上的菱形蛋白基因是 T-ALL 子集的一致但罕见的特征。

▼ 等位基因变异体（1 个选定示例）：

.0001 仅 LIM 域 - 1 多态性
LMO1、IVS1、G-T（rs2168101）

在一项全基因组关联研究中，Wang 等人（2011）发现了 LMO1 基因位点的常见多态性，这些多态性与神经母细胞瘤易感性（参见 NBLST7, 616792）和肿瘤细胞中对 LMO1 的致癌成瘾高度相关。在一项旨在调查 LMO1 位点的因果 DNA 变异及其导致神经母细胞瘤肿瘤发生的机制的后续研究中，Oldridge 等人（2015）表明，LMO1 基因内含子 1 rs2168101G-T 中的 SNP 是相关性最高的变体（组合 p = 7.47 x 10（-29），OR 0.65，95% CI 0.60-0.70），并且位于是由组蛋白 H3 赖氨酸 27（H3K27）广泛乙酰化定义的超级增强子。与肿瘤形成相关的祖先 G 等位基因位于保守的 GATA 转录因子结合基序中。在神经母细胞瘤细胞系中使用 GATA3（131320）抗体进行的染色质免疫沉淀测序（ChIP-seq）表明，在含有 G 等位基因的细胞系中，GATA3 在 rs2168101 处具有强结合，但在含有 T 等位基因的细胞系中则不然。 Oldridge 等人使用 mRNA 测序（2015）发现 G/G 基因型肿瘤中的 LMO1 表达显着高于 G/T 基因型肿瘤。作者表明，保护性 TATA 等位基因与神经母细胞瘤原发性肿瘤中 LMO1 总表达降低（p = 0.028）相关，并消除了 GATA3 结合（p 小于 0.0001）。奥尔德里奇等人（2015）证明了等位基因不平衡有利于该 SNP 杂合的肿瘤中的含 G 链，RNA 测序和报告基因检测均证明了这一点。 ChIP-seq 证明，在携带 G 等位基因的神经母细胞瘤细胞系中，LMO1 的第一个内含子跨 rs2168101 存在广泛的 H3K27 乙酰化，而在携带 T 等位基因的细胞系中未观察到这种乙酰化。保护性 T 等位基因在欧洲人（CEU HapMap，28%）和东亚人（CHB+JPT HapMap，32%）中很常见，但在非洲人中很少见或不存在，表明该等位基因最近在非非洲人群中扩展。奥尔德里奇等人（2015）认为，非洲人群中保护性 T 等位基因的稀有性及其在非裔美国人中的相对缺失可能部分解释了非裔美国儿童中更具侵袭性的临床病程。