系统性红斑狼疮,易感性,6; SLEB6
细胞遗传学位置:16p12.3-q12.2 基因组坐标(GRCh38):16:16,700,001-56,000,000
有关系统性红斑狼疮(SLE) 的表型描述和遗传异质性的讨论,请参阅 152700。
▼ 测绘
Gaffney 等人在 105 个 SLE 同胞对家族的全基因组微卫星标记筛选中(1998) 在 16q13 发现显着连锁,D16S415 的对数得分为 3.64。加夫尼等人(2000) 将另外 82 个 SLE 同胞对家族与之前研究的 105 个 SLE 家族合并,并通过 16q13 的联合分析证实了连锁,D16S415 的对数得分为 3.85。
谢伊等人(1999) 还提供了 16q13 处 SLE 易感位点的证据(D16S3136 的最大 lod 得分为 2.14)。
内斯等人(2004) 对 37 个多重西班牙裔家族进行了全基因组扫描,揭示了 16p13 和 16q12-q21 的暗示性连锁。内斯等人(2004) 随后研究了多重 SLE 家族的 2 个孤立复制样本,分别由 172 个和 120 个家族组成,发现后一组中 16q12-q13 与高异质性存在显着关联(hlod, 4.85; α, 35%; p = 0.0000045)。
Lee 和 Nath(2005) 对 9 项孤立研究生成的 12 项基因组扫描进行了荟萃分析,涉及 605 个 SLE 家族和 1,355 名受影响个体。他们将 16p12.3-16q12.2 确定为符合全基因组显着性的位置(p 小于 0.000417)。
加夫尼等人(2006) 提出了 SLE 家族中 20p12(SLEB7; 610065) 和 20q13(SLEB8; 610066) 以及 16q12 区域内的基因座之间可能存在上位关系的证据。
系统性红斑狼疮是一种常见的系统性自身免疫性疾病,病因复杂,家族聚集性强。内斯等人(2008) 在 3,818 名欧洲血统个体中鉴定并复制了染色体 16p11.2 上的 ITGAM 基因(120980) 与 SLE 风险之间的关联。最强的关联是非同义 SNP rs1143679(比值比 = 1.78),导致 ITGAM 基因外显子 3 中的 arg77 替换为 his(R77H)。内斯等人(2008) 在两个孤立的非洲人后裔样本中进一步复制了这种关联。国际系统性红斑狼疮遗传学联盟等(2008) 同样确定了 720 名患有 SLE 的欧洲血统女性和另外 2 个孤立样本组中 ITGAM 中的 SNP 之间的关联。
霍姆等人(2008) 进行了一项全基因组关联研究,涉及 1,311 名 SLE 病例受试者和 1,783 名对照受试者 DNA 样本中超过 500,000 个 SNP;所有受试者都是欧洲血统的北美人。在来自瑞典的 793 名病例受试者和 857 名对照受试者中进行了顶级基因座的复制。霍姆等人(2008) 确定了 ITGAM 和 ITGAX(151510) 附近的 SNP,这些 SNP 与组合样本中的 SLE 相关。在综合分析中,ITGAX 基因中的 rs11574637 的比值比为 1.33,95% 置信区间为 1.22 至 1.46,P 值为 3 x 10(-11)。关联区域延伸约 150 kb,包含多个基因,Hom 等人(2008) 认为 ITGAM 的变体正在推动这种关联。
杨等人(2009)证实了ITGAM基因与中国和泰国人群中的SLE的关联。亚表型分层分析显示,肾性肾炎和神经系统疾病患者中 ITGAM 的参与程度明显更高。结果支持了 rs1143679 的关键作用,并且还表明了另一种非同义多态性 rs1143683 的额外贡献,导致 ITGAM 基因的外显子 21 中由 ala858 替换为 val。因此,尽管该基因的风险等位基因在2个亚洲人群中的等位基因频率较低,但ITGAM被证实是与疾病易感性和可能的SLE严重表现相关的危险因素。
为了确认 SLE 易感性的其他风险位点,Gateva 等人(2009) 在一项全基因组研究中,从 2,466 个区域中选择了与 SLE 相关的名义证据(P 小于 0.05)的 SNP,并在 1,963 个病例和 4,329 个对照的孤立样本中对它们进行了基因分型。盖特瓦等人(2009) 显示与 ITGAM 基因 rs11860650 相关(组合 P 值 = 1.9 x 10(-20),比值比 = 1.43,95% 置信区间 = 1.32-1.54)。