小核仁 RNA,C/D 框,113-1; SNORD113-1
snoRNA 14q(I-1)
HGNC 批准的基因符号:SNORD113-1
细胞遗传学位置:14q32.31 基因组坐标(GRCh38):14:100,924,821-100,924,890(来自 NCBI)
▼ 说明
小核仁 RNA(snoRNA),如 SNORD113-1,通过每个修饰位点的特定 RNA 双链体引导核糖体 RNA(rRNA) 和 U 小核 RNA(snRNA) 的 2-引物 O-甲基化形成。 SNORD113-1 是染色体 14q32 上 9 个串联 SNORD113 基因之一(Cavaille 等,2002)。
▼ 克隆与表达
Cavaille 等人通过在人类 14 号染色体的同线性区域中寻找来自大鼠 6 号染色体的印记 snoRNA 基因的人类直向同源物(2002) 鉴定了 SNORD113 的 9 个串联拷贝,随后是 SNORD114 的 31 个串联拷贝(见 613651),他们分别将其称为 14q(I) 和 14q(II) 簇。他们还在上游 MEG8 基因(613648) 的内含子内鉴定出了 SNORD112(613649),他们将其称为 14q(0)。每个 70 至 75 个核苷酸的 snoRNA 均包含特征性 C/D-prime/C-prime/D 基序和具有保守序列的末端 5-prime-to-3-prime 茎结构。各个 SNORD113 基因具有 82.3% 的同一性。几个重叠克隆的 RT-PCR 表明,大多数 snoRNA 基因源自大 RNA 的内含子,除了与 SNORD113 和 SNORD114 基因簇重叠的外显子之外,还包括上游 MEG8 基因的外显子。这个大的转录本似乎缺乏重要的蛋白质编码潜力。 Northern印迹分析显示,SNORD113在大脑和子宫中表达最高,在心脏中表达较低,在其他检查组织中表达较弱。该表达模式与 SNORD112 和 SNORD114 相同。
▼ 测绘
通过基因组序列分析,Cavaille 等人(2002) 将 9 个串联 SNORD113 基因(包括 SNORD113-1)对应到染色体 14q32 上的 21.3 kb 间隔。