DDHRS4 反义 RNA 1,非编码; DHRS4AS1

长非编码 RNA DHRS4AS1
lncRNA DHRS4AS1
AS1DHRS4
染色体 14 开放解读码组 167;C14ORF67

HGNC 批准的基因符号:DHRS4-AS1

细胞遗传学位置:14q11.2 基因组坐标(GRCh38):14:23,938,731-23,955,112(来自 NCBI)

▼ 说明

DHRS4 簇的基因 DHRS4(611596)、DHRS4L1(615195) 和 DHRS4L2(615196) 串联位于 14 号染色体的正链上。DHRS4AS1 位于 14 号染色体的负链上并与 5 素端重叠DHRS4 基因。DHRS4AS1 产生长非编码 RNA(lncRNA),负向调节 DHRS4 基因簇中基因的表达(Li et al., 2012)。

▼ 克隆与表达

通过数据库分析,随后对人HepG2和HL7702细胞系RNA进行5-prime和3-prime RACE,Li等人(2012) 克隆了 DHRS4AS1,他们将其称为 AS1DHRS4。AS1DHRS4 转录物包含 1,865 个核苷酸,经过剪接和聚腺苷酸化,但它没有显示出编码潜力。对分级的 HL7702 和 HepG2 细胞进行定量 PCR 分析发现,60.47% 的 AS1DHRS4 转录物定位于细胞质,39.53% 定位于核质。

▼ 基因功能

Li 等人使用定量 RT-PCR(2012) 发现 DHRS4 和 AS1DHRS4 在所有检查的人类正常细胞系和癌细胞系中反向表达。通过小干扰RNA沉默AS1DHRS4会增加DHRS4的mRNA和蛋白质表达,并增加DHRS4L1和DHRS4L2的mRNA表达。染色质免疫沉淀(ChIP) 分析显示,AS1DHRS4 的敲除使 DHRS4 基因簇的染色质状态从封闭、非活性状态变为开放、活性状态。RNA 免疫沉淀分析和 ChIP 显示 AS1DHRS4 与组蛋白甲基转移酶 G9A(EHMT2; 604599) 和 EZH2(601573) 以及组蛋白 H3(参见 602810)二甲基 lys9(H3K9me2) 和三甲基 lys27(H3K27me3) 相互作用。RNA ChIP 分析显示 DHRS4 基因簇抑制涉及 AS1DHRS4 外显子 2 和 DHRS4 簇前 mRNA 外显子 1 之间的 RNA-RNA 相互作用。李等人(2012) 得出结论,AS1DHRS4 抑制 DHRS4 的顺式表达,因为这两个基因位于同一等位基因上,但 AS1DHRS4 必须易位到 DHRS4L1 和 DHRS4L2 基因才能抑制其表达。

▼ 基因结构

李等人(2012) 确定 DHRS4AS1 基因有 3 个外显子,跨度约为 15 kb。DHRS4AS1 外显子 1(包括转录起始位点)和外显子 2 的一部分位于 DHRS4 基因的内含子 1 内。DHRS4AS1 外显子 2 的其余部分与 DHRS4 基因的外显子 2 重叠,并且 DHRS4AS1 外显子 3 是基因间的。

▼ 测绘

通过基因组序列分析,Li 等人(2012) 将 DHRS4AS1 基因定位到染色体 14q11.2。