含有三联基序的蛋白质 28; TRIM28

KRAB-相关蛋白 1；KAP1
转录中间因子 1-β；TIF1B

HGNC 批准的基因符号：TRIM28

细胞遗传学位置：19q13.43 基因组坐标（GRCh38）：19:58,544,064-58,550,715（来自 NCBI）

▼ 说明

TRIM28 是一种支架蛋白，参与基因沉默、细胞生长和分化、多能性、肿瘤转化、细胞凋亡、DNA 修复和基因组完整性的维持。Sumoylated TRIM28 可以组装表观遗传机制以实现基因沉默，而磷酸化 TRIM28 则参与 DNA 修复（Iyengar 和 Farnham 综述，2011）。

▼ 克隆与表达

KRAB（Kruppel 相关框）结构域是由许多转录因子编码的转录抑制结构域，包括许多锌指转录因子（例如，ZNF45；194554）。弗里德曼等人（1996）使用亲和层析来鉴定可以结合 KRAB 结构域的细胞因子。他们纯化了具有结合活性的100-kD蛋白质，并获得了多肽序列。编码该序列的 PCR 产物用作探针，从人睾丸 cDNA 文库中克隆该基因。TRIM28 基因（作者将其命名为 KAP1）编码包含 RING 指、B 框和 PHD 指的 835 个氨基酸的多肽。

Moosmann 等人使用酵母 2-杂交系统寻找可与 ZNF10（194538）的 KRAB 结构域相互作用的蛋白质（1996）从人外周血淋巴细胞 cDNA 文库中分离出编码 TRIM28 的 cDNA，他们将其称为 TIF1-β。TIF1-β 蛋白与小鼠核因子 Tif1（TRIM24；603406）的蛋白有 31% 相同。Northern 印迹分析显示所有测试组织中都有大约 3.3 kb 的转录本。

Kim 等人使用酵母 2-杂交筛选来寻找可以与 KRAB-A 结构域相互作用的分子（1996）分离并克隆了 Krip1，KAP1 的小鼠同源物。

在 TIF1 蛋白中，Venturini 等人（1999）鉴定出位于卷曲螺旋基序下游的一段富含色氨酸和苯丙氨酸的 25 个氨基酸片段。这个 25 个氨基酸的序列在 TIF1A、TIF1B 和 TIF1G（605769）之间高度保守，作者将其称为 TIF1 特征序列或 TSS。

通过免疫荧光分析，Messerschmidt 等人（2012）发现 Trim28 在小鼠卵母细胞和早期胚胎中高表达。

▼ 测绘

通过荧光原位杂交，Moosmann 等人（1996）将 TIF1-β 基因定位到 19q13.4。

▼ 基因功能

弗里德曼等人（1996）将 KAP1 鉴定为 KRAB 结合辅阻遏物。当KAP1在COS细胞中表达时，它结合野生型KRAB结构域，但不结合不具有抑制能力的突变型KRAB结构域。此外，KAP1 与 KRAB 结构域转录因子形成复合物，提高了 KRAB 介导的抑制效率。

莫斯曼等人（1996）证明 TIF1-β 仅在与 DNA 结合时抑制转录。

Venturini 等人使用荧光素酶分析（1999）确定 TIF1B 与 TIF1A 和 TIF1G 一样，通过 TSS 与启动子区域结合来抑制转录。

莫洛尼鼠白血病病毒（MMLV）的复制仅限于胚胎癌和胚胎干细胞。Wolf 和 Goff（2007）使用 MMLV 感染的小鼠胚胎细胞系的 EMSA 纯化了阻遏物结合位点复合物，并将 Trim28 鉴定为该复合物的组成部分。在小鼠胚胎癌和胚胎干细胞中，RNA 干扰介导的 Trim28 敲除解除了对 MMLV 复制的限制，并且当限制发生时，Trim28 与引物结合位点结合。Wolf 和 Goff（2007）得出结论，TRIM 家族成员参与逆转录病毒限制。

田等人（2009）发现在未受应激的人类细胞中，APAK（ZNF420; 617216）分别通过其锌指和 KRAB 结构域与 p53（TP53; 191170）和 KAP1 相互作用。KAP1 招募 ATM（607585）和 HDAC1（601241）来减弱 p53 的乙酰化，从而抑制 p53 活性和促凋亡基因的表达。APAK、KAP1 和 ATM 不调节诱导细胞周期停滞的 p53 靶标。为了响应 DNA 损伤，ATM 在 ser68 上磷酸化 APAK，导致 APAK 和 HDAC1 从 p53 解离，从而允许促凋亡 p53 靶基因的表达和细胞凋亡。

松井等人（2010）表明，H3K9 甲基转移酶 ESET（604396）和 KAP1 是 H3K9 三甲基化（H3K9me3）以及小鼠胚胎干（ES）细胞中内源性和引入的逆转录病毒沉默所必需的。此外，虽然 ESET 酶活性对于结合异染色质蛋白 1（HP1; 604478）和有效的原病毒沉默至关重要，但 H4K20 甲基转移酶 Suv420h1（610881）和 Suv420h2（613198）对于沉默来说是可有可无的。值得注意的是，在 3 个 DNA 甲基转移酶（Dnmt1，126375；Dnmt3a，602769；Dnmt3b，602900）无效的小鼠 ES 细胞中，ESET 和 KAP1 结合以及 ESET 介导的 H3K9me3 得以维持，并且 ERV（内源性逆转录病毒）的抑制程度最低。松井等人。

人类免疫缺陷病毒（HIV）-1酶整合酶（IN）催化病毒cDNA整合到宿主基因组中，并受到乙酰化的正向调节。Allouch 等人使用酵母 2-杂交和免疫共沉淀分析（2011）发现 KAP1 结合乙酰化 IN。KAP1 通过与 HDAC1 形成复合物诱导 IN 脱乙酰化。对各种细胞类型（包括 HIV-1 主要靶标 T 细胞）中细胞内 KAP1 水平的调节表明，KAP1 通过选择性影响 HIV-1 整合来减少病毒感染性。阿卢奇等人（2011）的结论是，IN 的乙酰化是病毒感染周期中的关键步骤，并且 KAP1 是限制 HIV-1 感染的细胞因子。

巴德等人（2013）发现在小鼠中，造血限制性缺失 Kap1 会导致严重的过度增殖性贫血。Kap1 缺失的成红细胞无法诱导线粒体自噬相关基因并保留线粒体。这是由于针对线粒体自噬转录本的 microRNA 持续表达，其本身是由于缺乏阶段特异性 KRAB 锌指蛋白的抑制而导致的。KRAB/KAP1-miRNA 调控级联在进化上是保守的，因为它也在人类红细胞生成过程中控制线粒体自噬。巴德等人（2013）得出结论，存在多层转录调控系统，其中基于蛋白质和 RNA 的阻遏物以组合方式叠加，以控制重要分化事件的及时触发。

通过酵母 2-杂交和免疫共沉淀分析，Huang 等人（2013）表明 FOXP3（300292）富含脯氨酸的 N 末端与 ZFP90（609451）的同种型 FIK 的 C 末端相互作用。Jurkat T 细胞中 FOXP3 和 FIK 的表达导致 IL2（147680）和 IFNG（147570）表达下降，染色质免疫沉淀分析显示 FOXP3、FIK 和 KAP1（与 FIK KRAB 结构域内的 A 框结合）存在于 IL2 和 IFNG 启动子的同一位点上。FIK 在 Tregs 中高表达，破坏 Tregs 中的 FOXP3-FIK-KAP1 复合物会消除其抑制活性。黄等人（2013）得出结论，FIK 在调节 FOXP3 活性和 Treg 功能中发挥着关键作用。

范米特等人（2014）报道长寿调节蛋白 SIRT6（606211）是 L1（参见 LRE1, 151626）活性的强大抑制因子。具体来说，SIRT6 与 L1 位点的 5-prime UTR 结合，在此处单 ADP 核糖基化核辅抑制蛋白 KAP1，并促进 KAP1 与异染色质因子 HP1 相互作用，从而有助于将 L1 元件包装到转录抑制性异染色质中。然而，在衰老过程中，也是对 DNA 损伤的反应，Van Meter 等人（2014）发现 L1 位点的 SIRT6 被耗尽，从而激活这些先前沉默的逆转录因子。

埃尔萨瑟等人（2015）表明替代组蛋白变体 H3.3（601128）在 I 类和 II 类内源逆转录病毒元件（ERV）中富集，特别是早期转座子/MusD 家族和脑池内 A 型颗粒的元件。这些元素的子集的沉积取决于包含 ATRX（300032）和 DAXX（603186）的 H3.3 分子伴侣复合物。埃尔萨瑟等人（2015）证明 DAXX、H3.3 和 KAP1 向 ERV 的募集是相互依赖的，并且发生在 ESET（SETDB1；604396）的上游，将 H3.3 与 ERV 相关的 H3K9me3 连接起来。重要的是，H3.3 缺失后，ERV 处的 H3K9me3 减少，导致相邻内源基因的去抑制和失调，以及脑池内 A 型颗粒的逆转座增加。埃尔萨瑟等人。

▼ 动物模型

梅塞施密特等人（2012）从小鼠卵母细胞中删除 Trim28，然后让野生型雄性受精。这种交配产生的胚胎缺乏 Trim28 RNA 和蛋白质，直到早期 2 细胞阶段的合子基因激活后，父本等位基因开始转录。尽管囊胚阶段正常发育，但高度多效性缺陷导致完全缺乏活产。观察到的缺陷包括水肿、颅面畸形、出血以及完全性和偏侧眼球畸形。微阵列分析显示，母体 Trim28 突变体表现出 H19（103280）/Igf2（147470）印记簇的错误调节。对 H19/Igf2 簇甲基化状态的检查表明，母本 Trim28 可以保护父本染色体上的 H19 差异甲基化区域（DMR）免遭异常 DNA 去甲基化。其他 DMR 在突变胚胎中不同程度地去甲基化，这可能导致了高度可变的表型。梅塞施密特等人（2012）得出结论认为 TRIM28 是维持基因组印记所必需的。