死框解旋酶 17; DDX17
- DEAD/H框 17
- RNA 解旋酶,70-KD;RH70
- p72
HGNC 批准的基因符号:DDX17
细胞遗传学位置:22q13.1 基因组坐标(GRCh38):22:38,483,438-38,506,311(来自 NCBI)
▼ 说明
RNA 解旋酶 DEAD 框(asp-glu-ala-asp/his) 蛋白家族的成员参与多种细胞功能,包括 mRNA 剪接、核糖体组装、翻译起始、mRNA 稳定性以及细胞生长和分裂(Lamm 等,2017)。 ,1996)。
▼ 克隆与表达
拉姆等人(1996) 从 HeLa 细胞 cDNA 文库克隆了 DDX17,他们将其命名为 p72。推导的 650 个氨基酸蛋白质的计算分子量为 71.9 kD。DDX17 包含 4 个 N 端 RGG 框重复序列,后跟一个中心保守的 DEAD 框结构域、一系列 7 个甘氨酸,以及一个以 9 个连续脯氨酸结尾的富含丝氨酸/甘氨酸的 C 端结构域。RGG 框重复介导 RNA 结合,富含丝氨酸/甘氨酸的区域和富含脯氨酸的基序介导蛋白质-蛋白质相互作用。DDX17 与 p68(DDX5; 180630) 具有 69.7% 的同一性,其中 DEAD 框区域的相似性最高。Northern 印迹分析检测到 5.3-和 9.3-kb 转录物的普遍表达。两种转录本均在肾脏和胰腺中大量表达,5.3-kb 转录本也在骨骼肌中大量表达。
来自 HeLa 细胞 cDNA,Uhlmann-Schiffler 等人(2002)克隆了 DDX17 的一个变体,他们将其命名为 p82。推导的蛋白质由非 AUG 起始密码子翻译而来,包含 80 至 90 个氨基酸的 N 端延伸。Northern 印迹分析在 HeLa 细胞 RNA 中约 9.3 kb 处检测到该变异。HeLa 细胞和 COS 细胞均内源表达两种 DDX17 变体,其迁移表观分子质量分别为 82 和 72 kD。
▼ 基因功能
拉姆等人(1996) 证实,与其他 DEAD box 蛋白一样,DDX17 在 RNA 存在的情况下水解 ATP。几种 RNA 种类,包括总 RNA、tRNA、大肠杆菌 rRNA 以及腺病毒和 β-珠蛋白前体 mRNA,可刺激 ATP 酶活性。单链噬菌体 DNA 也刺激低水平的 ATP 水解。在 HeLa 细胞总 DNA 或聚(U) RNA 存在的情况下,未观察到活性。这些结果导致 Lamm 等人(1996) 假设 DDX17 的 ATP 酶活性依赖于 RNA 的二级结构。
乌尔曼-希夫勒等人(2002) 确定 p82 DDX17 显示出与 p72 DDX17 中测量的类似的 RNA 依赖性 ATP 酶活性。在 ATP 存在的情况下,p82 形式还显示出针对部分 dsRNA 底物的解旋酶活性。需要 3 素数单链突出端,并且使用含有 5 素数单链突出端的底物未观察到解旋酶活性。
Honig 等人使用经历不同类型选择性剪接的小基因(2002) 证明 p72 DDX17 影响含有富含 AC 的外显子增强子元件的替代外显子的剪接。ATP 结合位点的突变或 C 末端区域的缺失降低了 DDX17 影响可变外显子剪接的能力。使用过表达 p72 DDX17 的体外提取物表明 p72 与含有前体 RNA 的复合物相关。霍尼格等人(2002) 还发现了 DDX17 可能改变蛋白质-RNA 相互作用的证据。他们得出的结论是,DDX17可能是另一种剪接调节因子。
Lee(2002) 发现 DDX17 催化包含 5 素或 3 素末端单链区域的双链体 RNA 的解旋。DDX17 还与 HeLa 细胞悬浮培养物的核提取物中的 U1snRNP(180740) 共纯化。这种关联导致 Lee(2002) 假设 DDX17 可能在涉及 U1snRNP 的剪接反应早期阶段的前 mRNA 剪接中发挥作用。
通过免疫沉淀分析,Caretti 等人(2006) 发现 p68、p72 和非编码 RNA SRA(SRA1; 603819) 与 MYOD 转染的 HeLa 细胞中的 MYOD(MYOD1; 159970) 相关。体外和体内实验确定 p68、p72 和 SRA 是 MYOD 的共激活剂,它们在 C2C12 小鼠成肌细胞中的敲低可阻止适当的肌肉基因表达和细胞分化。C2C12 细胞中短发夹 RNA 介导的 p68 和 p72 敲除导致多种基因表达减少,包括涉及肌肉结构、代谢、神经生理过程、转录和染色质调节以及信号转导的基因。进一步的实验表明,p68 和 p72 在促进转录起始复合物形成和染色质重塑所需的蛋白质组装方面发挥着关键作用。
▼ 测绘
国际辐射混合测绘联盟将 DDX17 基因定位到 22 号染色体(STS-N22684)。