艾杜糖酸2-硫酸酯酶; IDS
HGNC 批准的基因符号:IDS
细胞遗传学位置:Xq28 基因组坐标(GRCh38):X:149,476,988-149,505,306(来自 NCBI)
▼ 说明
艾杜糖醛酸 2-硫酸酯酶(EC 3.1.6.13) 参与糖胺聚糖硫酸乙酰肝素和硫酸皮肤素的溶酶体降解(Bielicki 等人,1990)。
▼ 克隆与表达
DiNatale 和 Ronsisvalle(1981) 从人胎盘中鉴定出 2 种形式的艾杜糖醛酸硫酸酯酶,Bielicki 等人(1990) 从人肝脏中纯化了两种主要形式,分子量分别为 42 kD 和 14 kD。
威尔逊等人(1990) 从内皮细胞 cDNA 文库中分离出编码人类 IDS 整个序列的 2.3 kb cDNA 克隆并对其进行测序。对推导的 550 个氨基酸前体的分析表明,IDS 具有 25 个氨基酸氨基末端信号序列,随后是从蛋白原中去除的 8 个氨基酸。发生内部蛋白水解裂解,产生在肝、肾、肺和胎盘中观察到的成熟 42-和 14-kD 多肽。发现与人芳基硫酸酯酶 A、B 和 C 以及人葡萄糖胺 6 硫酸酯酶具有很强的序列同源性。Northern 印迹分析检测到 3 个主要 RNA 种类(5.7、5.4 和 2.1 kb)和 1 个次要种类(1.4 kb)。
马尔姆格伦等人(1995) 鉴定了一个 1.4-kb 的转录本,并表明它可能编码一种类似 IDS 的酶。预测的蛋白质与之前描述的酶相同,只是缺少 207 个氨基酸的 COOH 末端结构域(被 7 个氨基酸取代)。
▼ 基因结构
弗洛门等人(1993) 确定 IDS 基因包含 9 个外显子(指定为 A 至 I)。他们表征了 9 个外显子周围的内含子序列。他们发现 IDS 基因与类固醇硫酸酯酶(300747) 的外显子组织没有关系,尽管这两种蛋白质之间具有同源性。这表明根据底物特异性将硫酸酯酶分为2个亚组也反映在基因结构水平上。
威尔逊等人(1993) 报告了 IDS 基因的完整序列,长度约为 24 kb。IDS 的潜在启动子缺少 TATA 框,但包含 GC 框共有序列,与其作为管家基因的作用一致。
▼ 测绘
威尔逊等人(1991) 使用 IDS cDNA 克隆将基因定位到 Xq28,远离脆弱的 X 位点。
浮士德等人(1992)和丹尼尔等人(1993) 证明小鼠中的同源 Ids 基因在 X 染色体上与 FMR1(309550)、F9(306900) 和 GABRA3(305660) 基因占据相同的位置。
假基因
邦德森等人(1995, 1995) 鉴定了第二个 IDS 基因(他们将其命名为 IDS2),位于 IDS 基因的 90 kb 端粒内。他们表明,在约 13% 的亨特综合征患者中,该区域参与了原发 IDS 基因的重组事件。
▼ 分子遗传学
威尔逊等人(1991) 在 23 名来自澳大利亚和英国的 II 型粘多糖贮积症(亨特综合征;309900)患者中,发现了 7 名患者存在缺失或基因重排。使用 IDS cDNA 克隆作为探针,通过 Southern 分析,在 14 名不相关的德国 MPS II 患者中发现了 2 名 IDS 基因的结构改变。在其中一名受严重影响的男性患者中,没有检测到南方碎片。
帕尔米耶里等人(1992) 分离出跨越 IDS 基因的 1.2 Mb YAC 重叠群。在该区域发现了几个假定的 CpG 岛,表明存在其他基因。对 25 名无关的意大利 MPS II 患者的 DNA 进行 Southern 分析,发现其中 4 名患者的 IDS 基因存在缺失或重排。来自基因中具有易位断点的患者的 DNA 允许重叠群相对于着丝粒的方向。
Sukekawa 等人在一名患有 MPS II 的 12 岁男孩中(1992) 发现了 IDS 基因中的错义突变(300823.0001)。
Flomen 等人在 6 名亨特综合征患者中进行了研究(1992)鉴定了IDS基因中的突变,包括完全缺失、无义突变、产生新剪接位点的点突变和3个错义突变(参见例如300823.0002-300823.0006)。
助川等人(1995) 描述了日本亨特综合征患者 IDS 基因点突变的 8 个新例子,表现出不同程度的严重程度。
拉斯曼等人(1996) 在 31 个 MPS II 家庭/患者中发现了 IDS 突变。20 种突变是新颖且独特的,另一种突变是新颖的,但在 3 名不相关的患者中发现。检测到的突变之一特别令人感兴趣,因为它是远离编码区的内含子中的 A 到 G 替换,这是有害的,因为它创建了一个新的 5 素剪接供体位点,导致包含 78- bp 内含子序列(300823.0014)。作者总共分析了编码区的 101 个点突变,发现它们在外显子 3、8 和 9 中出现频率更高。CpG 二核苷酸参与了 47% 的点突变,其中 G:C-to -A:T 转换占近 80%。几乎所有复发点突变都涉及 CpG 位点。该小组研究的 50 个家系的分析表明,突变在雄性减数分裂中发生得更频繁;他们估计男女比例在 3.76 至 6.3 之间。
看家基因 CpG 位点的甲基化模式与突变的可能性相关。IDS 基因中超过 35% 的引起 MPS II 的单独点突变在 CpG 位点中作为过渡事件被发现。为了深入了解甲基化状态和 CpG 热点突变之间的关系,Tomatsu 等人(2004) 研究了整个 IDS 基因(内含子 4-8 除外)的胞嘧啶甲基化模式。对正常白细胞 DNA 进行亚硫酸氢盐基因组测序。数据显示,(1)除了从启动子区域到内含子3的一部分存在的胞嘧啶甲基化外,CpG位点的胞嘧啶甲基化是广泛的;(2)在5素侧翼区域观察到甲基化-非甲基化区域的清晰边界,而在2中观察到甲基化的逐渐变化。3素数侧翼区域中的 0-kb 片段;(3)5素数侧翼区域的边界包含多个SP1(189906)位点和TATA框;(4)外显子1和2的CpG位点低甲基化,仅与罕见的过渡突变相关,而外显子3的CpG位点虽然也低甲基化,但与高发生率的过渡突变相关;(5) 活性等位基因的甲基化模式不存在显着的性别差异;(6)除了甲基化-非甲基化区域的边界外,两条链的甲基化是对称的。尽管外显子 3 中的 CpG 位点也低甲基化,但它们与高发生率的过渡突变相关;(5) 活性等位基因的甲基化模式不存在显着的性别差异;(6)除了甲基化-非甲基化区域的边界外,两条链的甲基化是对称的。尽管外显子 3 中的 CpG 位点也低甲基化,但它们与高发生率的过渡突变相关;(5) 活性等位基因的甲基化模式不存在显着的性别差异;(6)除了甲基化-非甲基化区域的边界外,两条链的甲基化是对称的。
矶贝等人(1998) 在 43 名患有亨特病的日本患者中描述了 IDS 基因中 25 种不同的小突变。与其他系列一样,在外显子 9 的密码子 468 中发现了 3 个不同的突变:arg468-to-trp(300823.0012)、arg468-to-gln(300823.0013) 和 arg468-to-leu(300823.0015)。所有 3 个突变均与严重表型相关。
里奇等人(2003) 指出,亨特综合征患者的 IDS 基因中报告了 200 多种不同的突变。
小菅等人(2016) 对 65 个日本 MPS II 家庭进行了分子诊断。他们发现了 16 个新突变。在 24 名患有减毒亨特综合征的男性中,21 名存在错义突变,2 名存在无义突变(R8X 和 R443X),1 名在外显子 8(300823.0006) 中存在 20 个氨基酸缺失。
▼ 等位基因变异体(17 个选定示例):
.0001 粘多糖增多症,II 型
IDS,ARG443TER
Sukekawa 等人在一名患有中等严重程度的亨特综合症(MPS2;309900)的 12 岁日本男孩中(1992)在IDS基因的核苷酸1327处发现C到T的转变,导致肽序列的位置443处的正常精氨酸被终止密码子取代。虽然合成了截短的酶蛋白,但它不稳定。邦吉等人(1992) 在一名 3 岁男性(他们的 H20)中发现了相同的突变。患者有骨骼畸形,但精神运动发育正常。弗鲁瓦萨等人(1993) 在 2 名患者中发现了相同的突变。
.0002 粘多糖病,II 型
IDS,SER333LEU
Flomen 等人在他们的 4 号亨特综合征患者(309900) 中(1992) 在 IDS 基因的核苷酸 1122 处鉴定出 C 到 T 的转变,导致亮氨酸取代丝氨酸 333,丝氨酸是硫酸酯酶同源区域内的保守残基。这种突变产生了一个优先使用的新剪接位点,并导致 RNA 中 1 个外显子部分丢失。
.0003 粘多糖病,II 型
IDS,TRP502SER
Flomen 等人在他们的 5 号亨特综合征患者(309900) 中(1992) 鉴定了 IDS 基因中核苷酸 1629 处的 G 到 C 转换,导致丝氨酸取代色氨酸 502,并在疏水结构域中引入小的极性侧链。
.0004 粘多糖症,II 型
IDS,PRO160ARG
Flomen 等人在他们的 6 号亨特综合征患者(309900) 中(1992) 鉴定了 IDS 基因中核苷酸 603 处的 C-G 颠换,导致精氨酸取代脯氨酸 160。
.0005 粘多糖增多症,II 型
IDS,ARG172TER
Flomen 等人在他们的 2 号亨特综合征患者(309900) 中(1992) 在 IDS 基因的核苷酸 638 处发现了 C 到 T 的转变,将精氨酸 172 转变为终止密码子。
.0006 粘多糖病,II 型
IDS,60-BP DEL,NT1244
Flomen 等人在他们的 3 号亨特综合征患者(309900) 中(1992) 在基因组 DNA 中,在 IDS 基因的核苷酸 1246 处发现了 C 到 T 的转变,该转变没有产生密码子意义的变化,即沉默,但产生了一个神秘的供体剪接位点,导致部分丢失一个外显子。cDNA 从 G1244 到 G1305 丢失了 60 个碱基对。
.0007 粘多糖中毒,II 型
IDS,DEL
Beck等人发现,一名患有严重亨特综合症(309900)的8.5岁男孩从未实现膀胱和肠道控制,慢性腹泻是一个主要问题,言语受限且发育迟缓(1992) 证明完全缺乏 IDS 编码序列,并且同时删除 DXS466 和 DXS304,这两个标记距离 IDS 基因座可能不超过 900 kb。Beck 等人通过跟踪 IDS 基因座处的 RFLP 分离(1992)发现该缺失可能发生在患者外祖父的生殖细胞中。Wraith 等人报告的 2 例 IDS 缺失患者(1991)同样患有严重的疾病表现,伴有癫痫发作和严重的智力低下;他们从未获得言语。Wraith 等人的 2 名患者中,有 1 名出现眼睑下垂(1991),但在第二位患者或 Beck 等人报告的患者中不存在(1992)删除了IDS。在附录中,贝克等人(1992) 引用了他们的结果,表明 DXS466 位于 IDS 基因 5-prime 半部的内含子内。
.0008 粘多糖增多症,II 型
IDS,CYS422GLY
Bunge 等人在一名 8 岁的亨特综合征患者(309900) 表现非常轻微且智力正常的患者中进行了研究(1992) 在 IDS 基因的密码子 422 中发现了 TGC 到 GGC 的颠换,导致甘氨酸取代半胱氨酸。
.0009 粘多糖增多症,II 型
IDS,LYS135ARG
Bunge 等人对一名具有亨特综合征典型特征(309900) 且说话能力下降的 5 岁患者进行了研究(1992) 在密码子 135 中发现了 AAA 到 AGA 的转变,导致精氨酸取代赖氨酸。此外,在密码子 146 处发现了 ACC 到 ACT 的沉默变化。
.0010 粘多糖症,II 型
IDS,TRP475TER
Bunge 等人对一名具有 MPS II(309900) 典型特征且“仍然能够说话”的 20 岁患者进行了研究(1992) 在 IDS 基因的密码子 475 中发现了 TGG 到 TGA 的颠换,将 trp 密码子转换为终止密码子。
.0011 粘多糖症,II 型
IDS,2-BP DEL,密码子 170
Bunge 等人对一名具有亨特综合症典型特征(309900) 且就读于特殊学校的 8 岁患者进行了研究(1992) 鉴定出 IDS 基因密码子 170(ACA) 中 2 bp(CA) 的缺失。该缺失导致 27 个氨基酸发生移码和链过早终止。
.0012 粘多糖症,II 型,轻度
IDS,ARG468TRP
Crotty 等人通过对 RT-PCR 产物进行直接测序(1992) 在一名患有轻度亨特综合征的先证者(309900) 中,发现了 IDS 基因第 1402 位核苷酸处的 C 到 T 转变,导致精氨酸 468 被色氨酸(R468W) 取代。该突变废除了 MspI 限制性位点,从而可以确认突变序列并在家族成员中进行分析。母亲被证明是杂合子;她的血清 IDS 酶活性先前已显示在杂合子范围内。该诊断首次在 2.3 岁时提出,并通过测量尿糖胺聚糖排泄量升高和血清 IDS 酶活性缺失来证实。2.9岁时,孩子的智商为115;提交报告时,患者年仅 5 岁。
.0013 粘多糖中毒,II 型,严重型
IDS,ARG468GLN
尽管 arg468 至 trp 突变(300823.0012) 与轻度 MPS II 相关,但 Whitley 等人(1993) 在一名男孩身上发现了非常严重的 MPS II(309900) 表现,该男孩被发现在同一密码子中存在突变:IDS 基因的核苷酸 1403 处的 G 到 A 转变导致谷氨酰胺取代精氨酸 468(R468Q)。在证据中添加的注释中,据报道,成纤维细胞培养物显示出一个大的近端着丝粒多余标记染色体,这可能是先证者面部在数量和质量上的非典型特征的原因。先证者在 23 个月大时去世。
助川等人(1997) 描述了一名患有严重亨特综合症的女孩的研究结果。她的核型正常,但淋巴细胞和培养的成纤维细胞中艾杜糖醛酸 2-硫酸酯酶活性明显缺乏。在 IDS 基因中发现了常见的 R468Q 突变。RT-PCR 显示她的 cDNA 仅代表 R468Q 等位基因,尽管在基因组水平上她是杂合子,具有一个正常等位基因。弟弟有R468Q突变,她的母亲是该突变的携带者。在患者成纤维细胞的基因组 DNA 中,只有雄激素受体基因的父系等位基因(一种对失活 X 染色体进行差异甲基化的基因)被甲基化。
.0014 粘多糖症,II 型,轻度
IDS,78-BP INS
拉斯曼等人(1996) 在一名患有轻度 II 型粘多糖贮积症的 6 岁男孩中检测到 IDS 基因的剪接位点突变(309900)。通过单外显子和 SSCP 扩增筛选突变,未发现任何畸变;然而,通过琼脂糖凝胶电泳分析 IDS mRNA 的 3-prime 半部分检测到 3 种不同大小的条带。最丰富的转录物比未受影响对照的 mRNA 大大约 80 至 100 bp。此外,还有一个明显正常大小的片段和第三个大约 90 至 110 bp 的异常小片段。对相应 PCR 扩增的 cDNA 片段进行直接测序表明,最大的信息在外显子 7 和 8 之间包含 78 bp 的插入。在较小的转录本中也发现了相同的 78 bp 序列,尽管在这种情况下,它的两侧是 IDS 基因的外显子 7 和 9(即,在剪接过程中跳过了外显子 8)。在琼脂糖凝胶电泳中,与正常大小信息的运行距离大致相等的 DNA 片段被认为最有可能是由刚刚提到的 2 个 mRNA/cDNA 种类形成的异源双链体,因为仅检测到较大和较小的片段。发现 78 bp 序列开头的假定 3 引物受体剪接共有序列(aggt) 未改变,而在所包含序列的最后一个碱基之后的第五个核苷酸处发现了 A 到 G 的转变。这种替换创建了一个新的 5 素剪接供体位点(aagtgaa-to-AAgtgag),并导致包含 78 bp 内含子序列。拉斯曼等人。
.0015 粘多糖症,II 型,严重型
IDS,ARG468LEU
在不同种族的 MPS II 患者中已发现 IDS 基因密码子 468(R468) 的突变(Crotty 等,1992;Hopwood 等,1993;Whitley 等,1993)。Isogai 等人在一名患有严重 MPS II(309900) 表型的患者中(1998) 在 IDS 基因的核苷酸 1403 处发现了 G 到 T 的颠换,导致 arg468 到 leu(R468L) 的取代。在他们的日本患者系列中,17 名具有错义突变的患者中有 5 名(29%)的密码子 R468 发生了变化。他们证明该位点的 CpG 二核苷酸被甲基化,表明该 R468 密码子是一个突变热点。
.0016 粘多糖病,II 型
IDS,3-BP DEL,473TCC
Sukekawa 等人在一名患有严重 II 型粘多糖贮积症的日本患者(309900) 中进行了研究(1995) 描述了 IDS 基因外显子 3 中 3 个核苷酸 473delTCC 的框内缺失,导致丝氨酸 117 的丢失。博努切利等人(2001) 通过在 COS-7 细胞中瞬时表达突变来研究该突变的影响。未发现明显的 IDS 活动。
.0017 粘多糖症,II 型
IDS,GLY489ALA,MET488ILE
里奇等人(2003) 描述了一位患有 Hunter 综合征的意大利患者(309900),该患者有 2 个涉及相邻氨基酸的错义变化:met488 变为 ile(M488I) 和 gly489 变为 ala(G489A)。COS-7 细胞的体外表达证实了 G489A 突变是致病原因。M488I 突变与残留活性相关。尽管可以在“体外”排除这两种突变的累积效应,但 Ricci 等人(2003) 对于这两种突变在调节患者表型方面可能在“体内”发挥的可能作用持谨慎态度。患者23岁时,出现中度严重的临床表现。