防御素,β,119; DEFB119
- 防御素,β,19; DEFB19
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- 防御素,β,120,含; DEFB120,包括
- 防御素,β,20,含; DEFB20,包括
HGNC 批准的基因符号:DEFB119
细胞遗传学位置:20q11.21 基因组坐标(GRCh38):20:31,377,163-31,390,649(来自 NCBI)
▼ 说明
β-防御素是典型的阳离子抗菌肽家族,其共同的特征基序由 6 个保守的半胱氨酸组成。 DEFB119 及其剪接变体 DEFB120 是染色体 20q11.1 上β-防御素簇的一部分,在男性生殖道中表达(Radhakrishnan 等,2005)。
▼ 克隆与表达
Schutte 等人通过使用多种计算工具进行基因组序列分析(2002) 鉴定了人类 DEFB119 和 DEFB120。 两种预测的蛋白质均含有 β-防御素特征的 6-半胱氨酸结构域。 EST 数据库分析表明 DEFB119 和 DEFB120 均被转录。
Radhakrishnan 等人使用 RT-PCR 和 EST 数据库分析(2005)克隆了人和猕猴DEFB119和DEFB120并确定它们是剪接变体。 预测的人DEFB119蛋白含有84个氨基酸,而预测的DEFB120蛋白含有88个氨基酸。 DEFB119 和 DEFB120 均包含保守的 6-半胱氨酸特征基序。 人体组织的 RT-PCR 显示仅在男性生殖道中大量表达 DEFB119 和 DEFB120。 DEFB119在睾丸和附睾头区表达丰富,但在体区表达较低。 相反,DEFB120 表达在近端附睾(头和体)中丰富,而在远端附睾和睾丸中表达较低。
▼ 基因结构
拉达克里希南等人(2005) 确定,与大多数 β-防御素基因不同,DEFB119 包含 3 个外显子而不是 2 个。第一个外显子由 DEFB119 和 DEFB120 变体共享,而外显子 2 和 3 是交替剪接的。
▼ 测绘
通过基因组序列分析,Schutte 等人(2002) 将 DEFB119 基因定位在染色体 20q11.1 上的 β-防御素基因簇内。 同线小鼠簇位于 2 号染色体上。
▼ 进化
Radhakrishnan 等人的进化分析(2005) 认为染色体 20q11.1 上的 β-防御素基因簇(包括 DEFB119)起源于一系列重复事件和正选择。
▼ 命名法
舒特等人(2002) 指出,小鼠和人类 β-防御素基因分别使用茎根“Defb”和“DEFB”来命名。 小鼠基因编号从1开始,而人类基因编号从101开始。在确认直系同源基因的情况下,使用较低的基因编号。 例如,小鼠 β-defensin-1(Defb1) 和人 β-defensin-1(DEFB101) 被确认为直系同源物,因此分别命名为 Defb1 和 DEFB1(602056)。