NIN1 结合蛋白 1 同源物; NOB1
- NIN1/RPN12 结合蛋白 1,酿酒酵母,同源物
HGNC 批准的基因符号:NOB1
细胞遗传学位置:16q22.1 基因组坐标(GRCh38):16:69,741,871-69,754,926(来自 NCBI)
▼ 描述
在酵母中,核糖体组装需要超过 200 种蛋白质和 RNA 辅因子,这些在真核生物中通常是保守的。这些因素协调最初的 35S 前体 rRNA 转录物的修饰和切割,形成成熟的 18S、5.8S 和 25S rRNA、rRNA 的折叠以及核糖体蛋白和 5S RNA 的结合。Nob1 参与 rRNA 前体加工。在后期细胞质加工步骤中,Nob1 在切割位点 D 切割 20S rRNA 中间体,产生成熟的 18S rRNA(Lamanna 和 Karbstein,2009)。
▼ 克隆和表达
Fatica 等(2003) 克隆了酵母 Nob1,并通过数据库分析,他们鉴定了人类 NOB1。推导的 412 个氨基酸的人类蛋白与酵母 Nob1 及其真核直系同源物具有显着的同源性,包括高度保守的 PIN 结构域(预计该结构域参与 RNA 降解)以及金属结合锌带结构域中 4 个半胱氨酸的完全保守。酵母的免疫荧光显微镜在细胞核和细胞质中均检测到 Nob1。
▼ 基因功能
Fatica 等人(2003) 发现酵母 Nob1 与前 40S 核糖体颗粒相关。酵母中的条件性 Nob1 敲除导致 20S rRNA 中间体的积累,并阻碍 20S pre-rRNA 加工成成熟的 18S rRNA。法蒂卡等人(2003) 得出结论,Nob1 是 20S pre-rRNA 细胞质转化为成熟 18S rRNA 所必需的。
Lamanna 和 Karbstein(2009) 表明,酵母 Nob1 作为四聚体与含有切割位点 D 的前 18S rRNA 片段结合。RNA 结合和甲基化保护实验表明,Nob1 与切割位点 D 周围的 18S rRNA 螺旋 44 相互作用,以及具有部分内部转录间隔区-1,位于切割位点 A2 周围。切割位点 D 处的接触是通过 PIN 核酸酶结构域形成的。
Raoelijaona 等人在大肠杆菌中进行了突变和共表达实验(2018) 表明,人类 PNO1(618710)-NOB1 相互作用需要 NOB1 PIN 结构域内的接头,特别是残基 208 至 210,以及 PNO1 的 KH 样结构域。作者推测 PNO1 结合可能调节 NOB1 核酸内切酶活性。
▼ 生化特征
冷冻电子显微镜
阿梅斯迈尔等人(2018) 展示了晚期人类 40S 组装中间体的冷冻电子显微镜结构,代表了体外重建的 1 种状态和从核到晚期细胞质的 5 种天然状态。最早的颗粒揭示了生物发生因子 RRP12(617723) 的位置以及伴随 40S 亚基头形成的独特的未成熟 rRNA 构象。晚效组装因子 TSR1(611214)、RIOK1(617753)、RIOK2(617754)、ENP1(BYSL; 603871)、LTV1(620074)、PNO1 和 NOB1 的分子模型提供了其对序列贡献的机制细节。 40S子单元组装。NOB1 架构显示出无活性的核酸酶构象,需要对 PNO1 结合的 3 引物 rRNA 进行重排,从而协调最终的 rRNA 折叠步骤与位点 3 切割。
▼ 测绘
Hartz(2010) 根据 NOB1 序列(GenBank AB026125) 与基因组序列(GRCh37) 的比对,将 NOB1 基因对应到染色体 16q22.1。