LSM5 蛋白; LSM5
HGNC 批准的基因符号:LSM5
细胞遗传学定位:7p14.3 基因组坐标(GRCh38):7:32,485,338-32,495,283(来自 NCBI)
▼ 说明
基于与 Sm 蛋白家族的序列同源性,在多种生物体中鉴定出 Sm 样蛋白(参见 SNRPD2;601061)。 Sm 样蛋白含有 Sm 序列基序,该基序由 2 个区域组成,该区域由折叠为环的可变长度接头分隔开。 Sm 样蛋白被认为形成存在于 tri-snRNP 颗粒中的稳定异聚体,这对于前 mRNA 剪接很重要。
▼ 克隆与表达
在寻找人类 Sm 样蛋白时,Achsel 等人(1999) 分离了纯化的(U4/U6.U5) tri-snRNP 中存在的蛋白质,并分离了 7 个 Sm 样蛋白质,他们将其命名为 LSm2-LSm8。 他们使用部分肽序列进行数据库搜索,对 EST 克隆进行了鉴定和测序。 他们利用 HeLa cDNA 文库 PCR 扩增获得的额外序列,组装了 LSM2-LSM8 的全长 cDNA 序列。
萨尔加多-加里多等人(1999) 搜索了 Sm 蛋白的数据库序列,并鉴定了酵母中 16 个潜在的 Sm 相关基因以及人类和古细菌中的一些 Sm 相关基因。 利用 Sm 结构域的多重序列比对,他们构建了酵母、人类和古细菌 Sm 和 Sm 样蛋白的系统发育树。
▼ 基因功能
Achsel 等人使用电子显微镜(1999) 观察到纯化的 LSm 蛋白形成异聚体,即使在没有 RNA 的情况下也稳定,并表现出与 Sm 核心 RNP 结构相似的甜甜圈形结构。 他们证明纯化的 LSm 异聚体在 U6 snRNA 的 3 引物末端 U 束上特异性结合。 他们还表明,LSm 蛋白在体外促进 U4/U6 RNA 双链体的形成,并得出结论,LSm 蛋白可能在 U4/U6 snRNP 形成中发挥作用。
Salgado-Garrido 等人使用免疫沉淀实验(1999) 得出结论,酵母中存在与 RNA 结合的 7 个 Sm 样蛋白的复合物。 Lsm2-Lsm8 共沉淀 U4、U5 和 U6 snRNA,并直接与游离 U6 snRNP 中存在的 U6 snRNA 结合。 此外,还发现酵母 Lsm2-Lsm7 蛋白与前 RNase P RNA 相关,但与成熟 RNase RNA 无关。 Salgado-Garrido 等人利用人体细胞提取物的免疫沉淀实验(1999)表明LSM3和LSM4蛋白与含有U6 snRNA的snRNP复合物特异性相关。 萨尔加多-加里多等人(1999) 得出结论,Sm 和 Sm 样蛋白在至少 2 个具有深层进化起源的功能保守复合体中组装。
Salgado-Garrido 等人通过破坏酵母中的 Sm 和 Sm 样基因(1999) 得出结论,编码与 U6 snRNA(Lsm2-8) 直接相关的 Sm 样蛋白的基因的破坏产生了可变的表型。 Lsm2、Lsm3、Lsm4 和 Lsm8 对于营养生长至关重要。 Lsm5、Lsm6 和 Lsm7 对于生长不是必需的; 然而,它们的破坏导致生长缓慢,尤其是在高温下。 在含有 Lsm5、Lsm6 和 Lsm7 破坏的菌株中,U6 snRNA 的水平大幅降低。 Lsm1和Lsm9对于营养生长是可有可无的,但Lsm1对于30度的最佳营养生长是必需的,并且对温度敏感。
英格芬格等人(2002) 确定人类 LSM1 至 LSM7,但不表达 LSM8,在 HeLa 细胞的细胞质灶内表达。 病灶还含有脱帽酶(DCP1/2) 和核酸外切酶 XRN1(607994)。 野生型和突变型 LSM 蛋白的共表达以及荧光共振能量转移表明,LSM 蛋白形成了类似于酵母中发现的复合物。 英格芬格等人(2002) 得出结论,焦点包含部分或完全组装的用于降解 mRNA 的机器。
▼ 测绘
国际辐射混合测绘联盟将 LSM5 基因测绘到 7 号染色体(WI-16355)。