受体型蛋白质酪氨酸磷酸酶，T； PTRT
- RPTP-RHO
- KIAA0283
HGNC 批准的基因符号：PTPRT
细胞遗传学位置：20q12-q13.11 基因组坐标（GRCh38）：20:42,031,890-43,189,906（来自 NCBI）
▼ 正文
有关受体型蛋白酪氨酸磷酸酶的一般信息，请参见 PTPRA（176884）。
▼ 克隆与表达
McAndrew 等人通过 RT-PCR 使用肌营养不良聚糖（128239） 引物，然后筛选小脑和额叶皮层 cDNA 文库和 RACE-PCR（1998） 分离出编码 PTPRT 的全长 cDNA，他们将其称为 RPTP-rho。推导的 1,461 个氨基酸的 PTPRT 蛋白包含一个 meprin（参见 600388）-A5-PTP-mu（176888）（MAM） 结构域、一个免疫球蛋白样结构域、4 个纤连蛋白（135600） III 型重复序列、一个单跨膜（TM） 结构域、一个潜在的蛋白水解酶切位点和 2 个高度保守的磷酸酶结构域，其中 1 个其中包含 11 个氨基酸标志催化序列。麦克安德鲁等人（1998） 还鉴定出小脑和额叶皮层中缺少 57 bp 外显子（19 个氨基酸）的剪接变体。Northern 印迹分析仅在大脑中检测到 12 kb PTPRT 转录物。原位杂交显示小鼠Ptprt在整个成年大脑中表达，其中在海马和齿状回、嗅球、下托、大脑皮层、梨状皮层、延髓运动核和小脑前部表达最高。在发育过程中，Ptprt 表达主要限于嗅球和额叶皮质中的迁移后细胞。Ptprt 的表达在这些细胞中下调，并在出生后第 8 至 10 天出现在小脑中。
贝斯科等人（2001） 报道 PTPRT 编码预测的 1,463 个氨基酸的蛋白质。他们克隆了鼠 Ptprt，它编码 1,451 个氨基酸的蛋白质，与人类 PTPRT 具有 96% 的同一性。Besco 等人使用 RT-PCR（2001） 在人和小鼠 PTPRT 中鉴定出 3 个选择性剪接的外显子，包括 McAndrew 等人报道的变异外显子（1998）。这些变异外显子编码TM结构域之前的19个氨基酸区域、TM结构域和第一磷酸酶结构域之间的10个氨基酸区域以及第一磷酸酶结构域内的20个氨基酸区域。
▼ 基因功能
麦克安德鲁等人（1998） 对正常和“曲尾”突变小鼠小脑中的 Ptprt 表达进行原位杂交分析。Ptprt 表达以类似于 FGF1（131220） 的方式仅限于小叶 1 至 6 内的颗粒细胞层，从而定义了小脑前室和后室之间的边界。该边界接近曲尾中混乱的前小脑的边界和 Otx2（600037） 表达的前边界。
▼ 基因结构
贝斯科等人（2001） 确定 PTPRT 基因至少包含 33 个编码外显子，跨度为 1 Mb。
▼ 测绘
麦克安德鲁等人（1998） 使用体细胞杂交分析将 PTPRT 基因定位到 20 号染色体。他们将小鼠 Ptprt 基因定位到 2 号染色体的一个区域，该区域与人类染色体 20q12-q13.1 显示同线性。
▼ 分子遗传学
王等人（2004） 对人类癌症中的酪氨酸磷酸酶基因超家族进行了突变分析，并鉴定了 6 种蛋白酪氨酸磷酸酶（PTPRF, 179590; PTPRG, 176886; PTPRT; PTPN3, 176877; PTPN13, 600267; 和 PTPN14, 603155） 中的 83 个体细胞突变，影响了 26 % 的结直肠癌和一小部分肺癌、乳腺癌和胃癌。十五种突变是无义突变、移码突变或剪接位点改变，预计会导致缺乏磷酸酶活性的截短蛋白质。王等人（2004） 通过生化检查了 PTPRT（最常见的蛋白质酪氨酸磷酸酶改变）中的 5 个错义突变，发现它们降低了磷酸酶活性。野生型而非突变型 PTPRT 在人类癌细胞中的表达抑制了细胞生长。王等人。
有关智力障碍与 PTPRT 基因变异可能存在关联的讨论，请参阅 608712.0001。
▼ 等位基因变异体（1 个选定示例）：
.0001 意义不明的变体
PTPRT，THR1365MET
该变异被归类为意义不明的变异，因为其对智力障碍的影响尚未得到证实。
Schuurs-Hoeijmakers 等人的 3 名荷兰同胞，由无亲缘关系的父母所生，患有严重的智力障碍（2013） 鉴定了 PTPRT 基因中的杂合 c.4094C-T 转变，导致第二个酪氨酸磷酸酶催化结构域中高度保守的残基处发生 thr1365-to-met（T1365M） 取代。该变异是通过外显子组测序发现并经桑格测序证实的，仅存在于不到 1% 的 dbSNP（版本 134）样本中，并且存在于 672 个内部外显子组中不到 1%。阵列分析显示，所有 3 个同胞均携带染色体 20q12-q13.11 的杂合 150 kb 内含子缺失，这去除了另一个等位基因上 PTPRT 基因内含子 1 的一半以上。母亲患有边缘性智力障碍，基因缺失是杂合子；没有报告父亲的遗传状况。另外两名受影响的同胞已经死亡；无法从他们身上获得 DNA。表型很复杂，包括行为问题、小头畸形、先天性心脏缺陷、身材矮小和膈疝。Schuurs-Hoeijmakers 等人（2013） 指出 PTPRT 基因在大脑或神经元组织中表达。没有进行功能研究。该家庭是 19 个接受外显子组测序的智力障碍非近亲家庭之一。
