肌醇-五磷酸2-激酶; IPPK
- 肌醇 1,3,4,5,6-五磷酸 2-激酶
- INSP5 2-激酶
- IP5K
- IPK1
HGNC 批准的基因符号:IPPK
细胞遗传学位置:9q22.31 基因组坐标(GRCh38):9:92,613,183-92,670,131(来自 NCBI)
▼ 说明
IPPK 催化肌醇 1,3,4,5,6-五磷酸(IP5) 磷酸化生成肌醇六磷酸(IP6)(Verbsky 等,2002)。IPPK 还通过充当核仁中的分子支架,在核糖体 RNA(rRNA) 的合成中发挥非催化作用(Brehm et al., 2013)。
▼ 克隆与表达
韦尔布斯基等人(2002) 从脾 cDNA 文库中克隆了人类 IPPK,他们将其称为 InsP5 2-激酶。预测的IPPK蛋白含有491个氨基酸。Northern blot分析显示IPPK在人体组织中广泛表达,在心脏、大脑、睾丸和胎盘中表达量较高。
Brehm 等人使用免疫荧光分析(2013) 表明 IPPK,他们称之为 IP5K,定位于整个人类细胞的细胞核,包括核仁。
▼ 测绘
Gross(2020) 根据 IPPK 序列(GenBank AF351202) 与基因组序列(GRCh38) 的比对,将 IPPK 基因对应到染色体 9q22.31。
▼ 基因功能
韦尔布斯基等人(2002)证实重组人IPPK催化InsP6的合成并确定其动力学特征。
Sarmah 等人使用原位杂交(2005) 表明斑马鱼 ippk(他们称之为 ipk1)在原肠胚形成和胚胎发生早期分割过程中对称表达。ipk1 的敲低改变了肌醇多磷酸的水平,并导致斑马鱼胚胎中分子和形态不对称性的一致随机化。此外,ipk1的缺失消除了库普弗囊泡周围细胞中正常的左偏细胞内Ca(2+)通量,库普弗囊泡是参与左右模式早期步骤的器官。
Brehm 等人使用免疫沉淀分析(2013) 表明 IP5K 与 TCOF1(606847)、UBF(UBTF; 600673) 和 CK2(参见 115440) 相互作用,所有这些都调节 rRNA 合成。分子模型和诱变研究表明,IP5K 中的 RKK 三肽介导其与 UBF 的相互作用。核仁 IP5K 的空间组织对 rRNA 合成的抑制敏感。进一步的分析表明,IP5K 通过作为分子支架发挥非催化作用,调节 UBF、TCOF1 和 Pol I(参见 616404)的空间分布,从而有助于完整细胞的核仁结构并影响 rRNA 合成的程度。
谢勒等人(2016) 表明 IP5K 通过与 滞蛋白 相互作用而与 滞蛋白-RING E3 泛素连接酶(CRL) 结合(例如,CUL1;603134)。IP5K 产生的 IP6 增加了 滞蛋白s 和 CSN2(COPS2;604508)(COP9 信号体(CSN) 的一个亚基)之间的亲和力。研究结果表明,IP5K 通过促进 CRL-CSN 复合物的组装以及将 CRL 从活性状态切换到非活性状态来调节 CRL 下游功能。
▼ 生化特征
Gosein 和 Miller(2013) 使用有限的蛋白水解作用表明,IPPK(他们称之为 IPK1)的 N 叶稳定性取决于 IP 中 1-磷酸基团的存在。然而,当 N 叶中的 IP 结合位点被 IP 的 1- 和 3- 磷酸基团占据时,在具有核苷酸和 IP 的三元复合物中,IPK1 的整体稳定性增加。研究结果表明,底物的 1- 和 3- 磷酸在 IPK1 激活和 IPK1 稳定性中具有双重作用。通过IPK1突变人工引入二硫键减少了对N-叶相互作用的1-和3-磷酸盐的需求,并以不依赖于IP的方式稳定了IPK1,从而在没有IP的情况下模拟其底物结合状态。突变体的晶体结构证实了二硫键的形成,并揭示了与野生型结构相比,突变体结构中的 N 叶发生了移动。二硫键的存在增加了 IPK1 的整体稳定性并改变了其底物特异性,因为突变体 IPK1 识别缺乏 1-磷酸的底物,这表明 N 叶稳定性是 IPK1 底物特异性的决定因素。
弗朗哥-埃切瓦里亚等人(2017) 以 2.4 埃分辨率确定了小鼠 Ippk 的晶体结构,该 Ippk 缺乏 21 个 C 端残基,与 1 个或两个配体形成复合物,形成二元复合物(IP6) 或三元复合物(IP5/ATP)。Ippk 结构包含通过铰链连接的 N 端叶和 C 端叶,两个叶之间都协调核苷酸。C 叶中的螺旋支架构成了 IP 结合位点,它与 N 叶的参与一起赋予了蛋白质的高度特异性。作者还在酶表面发现了一个充当锌结合位点的基本斑块。与拟南芥 Ippk 结构的比较揭示了小鼠 Ippk 中意想不到的蛋白质区域和残基。