RNA 转录、翻译和转移因子； RTRAF

  • 14 号染色体开放解读码组 166；C14ORF166
  • CGI99
  • CLE

HGNC 批准的基因符号：RTRAF

细胞遗传学位置：14q22.1 基因组坐标（GRCh38）：14:51,989,546-52,010,694（来自 NCBI）

▼ 说明

CLE（或 C14ORF166）是各种胞质 RNA 转运颗粒、剪接体和 tRNA 剪接连接酶复合物的核心成分。它还与 RNA 加帽酶相互作用并调节 RNA 聚合酶 II（参见 180660）依赖性转录（Perez-Gonzalez 等人总结，2014）。

▼ 克隆与表达

为了鉴定 Ninein（NIN; 608684） 相互作用蛋白，Howng 等人（2004） 使用 NIN 的 C 端结构域作为诱饵，对人睾丸 cDNA 文库进行了酵母 2 杂交筛选，并鉴定了 C14ORF166，他们将其称为 CGI99。推定的 244 个氨基酸蛋白质的预测分子量为 28.1 kD，包含核定位信号和 C 端卷曲螺旋结构。HeLa 细胞的荧光显微镜将 C14ORF166 定位于核区室，在核周区域有一些标记的病灶；然而，C14ORF166 在中期也定位于纺锤体。Northern 印迹分析在大多数成人组织中检测到 1.1 kb 的转录物。心脏和骨骼肌中表达量最高，其次是胰腺、肝脏、胎盘和肾脏，脑和肺中未检测到表达。

Huarte 等人在人肾 cDNA 文库的酵母 2 杂交筛选中使用甲型流感病毒 RNA 聚合酶的 PA 亚基，然后筛选 HeLa 细胞 cDNA 文库（2001）克隆了C14ORF166，他们称之为CLE。Northern 印迹分析在所有检查的组织中检测到主要的 1.2-kb 转录物，在大多数组织中检测到次要的 3.5-kb 转录物。表位标记的 CLE 主要定位于转染 COS-1 细胞的细胞质，但也有一些定位于细胞核。

▼ 基因功能

通过酵母 2-杂交分析和 GST Pull-down 测定，Howng 等人（2004） 发现 C 端 C14ORF166 卷曲螺旋结构与 NIN 的 C 端卷曲螺旋结构域特异性相互作用，但不与 NIN 的二聚化结构域相互作用。GST Pull-down 测定表明 C14ORF166 形成二聚体。研究发现共表达的 NIN 和 C14ORF166 在间期期间部分共定位于 HeLa 细胞的中心体，并且在中期可能共定位于纺锤体。C14ORF166 和 NIN 之间的相互作用可以阻断 GSK3B（605004） 磷酸化的 NIN。豪等人（2004）指出，NIN 与 C14ORF166 结合的区域与 GSK3B 结合位点重叠，表明 C14ORF166 可能通过与 GSK3B 竞争来调节 NIN 的功能。RT-PCR 分析检测到 26 个人类脑肿瘤中有 22 个存在 C14ORF166 过度表达。

Huarte 等人使用体外蛋白质结合测定（2001）证实CLE与病毒PA相互作用。PA C 末端内的两个区域是相互作用所必需的。CLE 还通过与 PA 相互作用，与 COS-1 细胞中具有转录活性的重组病毒核糖核蛋白发生相互作用。

佩雷斯-冈萨雷斯等人（2006） 表明 CLE 定位于人和犬细胞中活跃 mRNA 合成的核位点。CLE 不与核仁 RNA 合成共定位。CLE 和最大 RNA 聚合酶（RNAP） II 亚基（POLR2A; 180660） 的不同磷酸化形式共免疫沉淀和共定位，并且 CLE 与 RNAP II 的关联难以抑制 RNAP II 定向转录。通过RNA干扰沉默CLE可抑制RNAP II指导的RNA合成约50%。微阵列分析鉴定出 290 个基因在 CLE 沉默后表现出 1.5 倍或更大的表达变化，其中超过 90% 的基因被下调。此外，在 CLE 沉默下，分析的总基因中有高达 10%（2,322） 下调 1 倍。

Perez-Gonzalez 等人通过对来自 HEK293T 细胞的 CLE 进行免疫沉淀的胰蛋白酶肽进行质谱分析（2014） 鉴定了一个 220 至 480 kD 的蛋白质复合物，除了 CLE 之外，还包括 DDX1（601257）、HSPC117（RTCB; 613901） 和 FAM98B（616142）；该复合物还包含RNA。HEK293T 细胞中 CLE 的短发夹 RNA 依赖性下调减少了 DDX1、HSPC117 和 FAM98B 的核和胞质积累。CLE 的过度表达稳定了两个区室中的复合物，RNase 处理导致 CLE 和 HSPC117 部分解离，表明它是核糖核蛋白复合物。转录抑制减少了复合物的核输入，导致 CLE 在胞质中积累。

▼ 测绘

Hartz（2014） 根据 C14ORF166 序列（GenBank AF151857） 与基因组序列（GRCh38） 的比对，将 C14ORF166 基因对应到染色体 14q22.1。