F 级清道夫受体,2 级成员; SCARF2
- 内皮细胞表达的清道夫受体2;SREC2
- SREC II
HGNC 批准的基因符号:SCARF2
细胞遗传学位置:22q11.21 基因组坐标(GRCh38):22:20,424,584-20,437,825(来自 NCBI)
▼ 克隆与表达
Ishii 等人通过搜索人类 BAC 克隆和 EST 数据库来查找与鼠 Scarf1(SCARF1; 607873) 和 Scarf2 相似的序列(2002) 鉴定了 SCARF2,他们将其称为 SREC II。推导的人和鼠 SCARF2 蛋白分别含有 872 和 834 个氨基酸。SCARF2 包含一个 N 端信号序列,随后是 10 个胞外 EGF(161530) 样重复序列、一个跨膜结构域和一个富含丝氨酸、脯氨酸、甘氨酸和精氨酸残基的细胞质结构域。SCARF2 还具有 2 个胞外 N-糖基化位点和几个潜在的胞内磷酸化位点。Northern blot分析在大多数检测的人体组织中检测到约3.5 kb的SCARF2转录物,在心脏、胎盘、肺、肾、脾、小肠和卵巢中表达量最高。该表达模式与 SCARF1 相似。
▼ 测绘
通过基因组序列分析,Ishii 等人(2002) 将 SCARF2 基因定位到染色体 22q11。他们将小鼠 Scarf2 基因定位到 16 号染色体。
▼ 基因功能
石井等人(2002) 发现小鼠 Scarf2 在刺激转染的中国仓鼠卵巢细胞中修饰低密度脂蛋白的摄取方面比 Scarf1 效率低得多,这表明 Scarf2 几乎没有清道夫受体活性。当表面表达Scarf1的小鼠成纤维细胞L细胞与表达Scarf2的L细胞混合时,它们表现出强烈的聚集倾向。相比之下,仅表达 Scarf1 或 Scarf2 的单个 L 细胞克隆表现出较低的聚集倾向。
▼ 分子遗传学
Anastasio 等人对来自 3 个卡塔尔近亲家庭的 4 名患有 van den Ende-Gupta 综合征(VDEGS; 600920) 的患者进行了研究(2010) 分析了候选基因并鉴定了 SCARF2 基因中的纯合突变:来自 1 个亲属的 2 个表亲中的错义突变和 2 个不相关患者中的 2 bp 缺失(分别为 613619.0001 和 613619.0002)。
Patel 等人在来自 2 个不相关的沙特近亲家庭的 3 名患有 VDEGS 的患者中(2014) 在 SCARF2 基因中发现了 2 个不同的纯合突变(613619.0003 和 613619.0004)。这些突变随着家族中的疾病而分离。没有进行变体的功能研究。
Migliavacca 等人在一名具有 VDEGS 典型特征且还表现出双侧巩膜角膜的 23 岁男性中(2014) 鉴定了 SCARF2 基因(613619.0005) 中 17 bp 缺失的纯合性。
Odeh 等人有 3 名患有 VDEGS 的兄弟姐妹,他们的表亲父母是约旦人(2022) 鉴定了 SCARF2 基因中的纯合无义突变(E74X; 613619.0006)。父母和 3 名未受影响的同胞为突变杂合子。
▼ 动物模型
米汉等人(2017) 报道称,敲除小鼠中的 Scarf2 会导致长骨长度增加。
▼ 等位基因变异体(6 个精选示例):
.0001 范登恩德古普塔综合症围巾
2,CYS258TYR
Ali 等人先前报道,来自高度近亲卡塔尔家庭的 2 位表兄弟患有 van den Ende-Gupta 综合征(VDEGS;600920)(2010)(家庭 1),Anastasio 等人(2010) 鉴定了 SCARF2 基因外显子 4 中 c.773G-A 转变的纯合性,导致高度保守残基处的 cys258 到 tyr(C258Y) 取代,预计会消除假定的 EGF(131530) 样结构域内相应二硫键的形成,从而影响该结构域的折叠。与患者属于同一部落的 54 名卡塔尔贝都因人成员中,有 1 人检测到了 773G-A 变异,估计该部落中的发生频率为 1/108,即发病率至少为 12,000 分之一。其中一名表兄弟姐妹中未受影响的母亲是该突变的杂合子,但在该表兄弟姐妹的 2 名未受影响的同胞或 59 名阿拉伯人中未发现这种突变,
.0002 范登恩德古普塔综合症围巾
2,2-BP DEL,1328TG
Ali 等人先前报道,来自同一高度血缘贝都因部落的 2 个卡塔尔近亲家庭的 2 名 van den Ende-Gupta 综合征(VDEGS;600920)患者(2010)(分别为第 2 族和第 3 族),Anastasio 等人(2010) 鉴定了 SCARF2 基因外显子 8 中 2 bp 缺失(c.1328_1329delTG) 的纯合性,导致移码导致过早终止密码子(Val443AspfsTer83)。其中 1 名患者的未受影响的母亲是杂合子缺失,而在与患者同一部落的 54 名卡塔尔贝都因人、59 名阿拉伯人、11 名伊朗人、8 名西南亚人和 64 名北欧对照者中未发现这种缺失。
.0003 范登恩德古普塔综合症围巾
2,CYS64ARG
Patel 等人有 2 名兄弟,他们的父母是沙特近亲,患有 van den Ende-Gupta 综合征(VDEGS; 600920)(2014) 鉴定了 SCARF2 基因外显子 2 中的纯合 c.190T-C 转换,导致高度保守残基处的 cys64 至 arg(C64R) 取代。这种突变与家族中的疾病分离,在外显子组变异服务器或 1000 基因组计划数据库、96 个沙特对照或 250 个沙特内部外显子组中不存在。没有对该变体进行功能研究。
.0004 范登恩德古普塔综合症围巾
2,1-BP DEL,2543A
Patel 等人发现,一名由沙特近亲结婚的男孩患有 van den Ende-Gupta 综合征(VDEGS; 600920)(2014) 在 SCARF2 基因的外显子 11 中发现了纯合 1-bp 缺失(c.2543delA),导致移码和提前终止(Gln848ArgfsTer95)。这种突变与家族中的疾病分离,在外显子组变异服务器或 1000 基因组计划数据库、96 个沙特对照或 250 个沙特内部外显子组中不存在。没有对该变体进行功能研究。
.0005 范登恩德古普塔综合症围巾
2,17-BP DEL,NT438
Migliavacca 等人在一名具有 van den Ende-Gupta 综合征(VDEGS; 600920) 典型特征的 23 岁男性中发现了双侧巩膜角膜(2014) 鉴定了 SCARF2 基因外显子 4 中 17 bp 缺失(c.438_454del17) 的纯合性,导致移码,预计会导致提前终止密码子(Trp148AlafsTer20)。先证者未受影响的父母和未受影响的同胞对于该缺失是杂合的。
.0006 范登恩德古普塔综合症
围巾2,GLU74TER
Odeh 等人在 3 名患有 van den Ende-Gupta 综合征(VDEGS;600920)的兄弟姐妹中,他们的表亲父母是约旦人(2022) 鉴定了 SCARF2 基因外显子 2 中 c.220G-T 颠换(c.220G-T, NM_153334.7) 的纯合性,导致脊椎动物中高度保守的区域发生 glu74-to-ter(E74X) 取代。父母和 3 名未受影响的同胞均为突变杂合子。该变体不存在于 dbSNP、ExAC 和 1000 基因组计划数据库中。