转移蛋白质颗粒复合物,亚基 9; TRAPPC9

  • NIK-和IKBKB-结合蛋白;NIBP
  • KIAA1882

HGNC 批准的基因符号:TRAPPC9

细胞遗传学位置:8q24.3 基因组坐标(GRCh38):8:139,727,725-140,458,579(来自 NCBI)

▼ 说明

NIBP 结合 NIK(604655) 和 IKK-β(IKBKB; 603258),并在神经元 NF-kappa-B(参见 164011)信号通路中发挥作用(Hu 等,2005)。

▼ 克隆与表达

Nagase 等人通过对从成人杏仁核 cDNA 文库中获得的克隆进行测序(2001)克隆了编码 NIBP 的部分 cDNA,他们将其命名为 KIAA1882。RT-PCR ELISA 检测到所有组织和所检查的特定脑区域有中等表达。

Hu等人利用N端NIK(MAP3K14;604655)作为诱饵,通过酵母2-杂交筛选人脑cDNA文库,然后进行数据库分析(2005) 克隆 NIBP。推导的 1,246 个氨基酸的蛋白质的计算分子量为 139.4 kD,与相应的啮齿动物序列具有 80% 至 90% 的同源性。对人体组织的 Northern 印迹分析检测到一个 4.5 kb 转录物,在肌肉和肾脏中高表达,在脑、心脏和胎盘中表达较低;还检测到 2.1 和 1.5 kb 的 2 个较小转录本。免疫组织化学研究检测到小鼠大脑神经元细胞中的 NIBP 蛋白,染色局限于小鼠皮质锥体层、脊髓运动神经元和白质神经元的细胞体和神经元突起。

持田等人(2009) 指出人类中 TRAPPC9 有 2 个转录变体。变体 1 是较长的形式,编码 1,246 个氨基酸的蛋白质。变体 2 使用替代的 5 素外显子在下游起始密码子处启动翻译,并编码 1,148 个氨基酸的蛋白质。原位杂交显示小鼠胚胎脑中低水平表达,而成年脑中强表达。Trappc9 存在于大脑皮层、海马体和深部灰质的神经元中。Trappc9 免疫反应性广泛存在于细胞质中,没有特异性定位于任何特定细胞器,并且在细胞核中未发现。在 11.5 周的人类胚胎大脑中,发育中的皮质板中的表达量高于脑室区,表明有丝分裂后神经元中的表达量高于祖细胞中。

▼ 基因结构

胡等人(2005) 确定 TRAPPC9 基因包含 23 个外显子。

▼ 测绘

通过基因组序列分析,Hu 等人(2005) 将 TRAPPC9 基因定位到染色体 8q24.3。

▼ 基因功能

通过免疫共沉淀和 GST Pull-down 测定,Hu 等人(2005) 表明 NIBP 与 NIK 和 IKK-β 相互作用,但与 IKK-α(CHUK; 600664) 或 IKK-γ(IKBKG; 300248) 没有相互作用。HEK293T 细胞中的 NIBP 过表达通过增加 IKK 复合物及其下游底物 IKBA(NFKBIA; 164008) 和 p65(NFKB3; 164014) 的磷酸化来增强 TNFA(191160) 诱导的 NF-kappa-B 激活。迁移率变化测定表明 NF-kappa-B DNA 结合增加。siRNA 敲低 NIBP 可减少 TNFA 诱导的 NF-κ-B 激活,阻止 NGF(参见 162030)诱导的神经元分化,并降低 PC12 细胞中的 BCLXL(参见 BCL2L1;600039)基因表达。胡等人(2005) 表明 NIBP 可以作为转换因子将 NIK 或其他激酶招募到 IKK 复合物中,

▼ 分子遗传学

Mochida 等人通过对智力发育受损的以色列阿拉伯家族(MRT13; 613192) 进行全基因组连锁分析,然后进行候选基因测序(2009) 鉴定了 TRAPPC9 基因中的纯合截短突变(R475X; 611966.0001)。

米尔等人。Najmabadi 等人(2009) 在患有 MRT13 的巴基斯坦家庭受影响成员中鉴定出 R475X 突变,并在患有 MRT13 的伊朗家庭受影响成员中鉴定出 4 bp 缺失(611966.0003),此前由 Najmabadi 等人报道(2007)。

菲利普等人(2009) 在 3 位患有 MRT13 的突尼斯兄弟中发现了 TRAPPC9 基因(611966.0002) 中的无义突变。

两姐妹,由来自意大利南部的无血缘关系的父母所生,MRT13,Marangi 等人(2013) 鉴定了 TRAPPC9 基因中的纯合截短突变(611966.0004)。

▼ 等位基因变异体(4 个选定示例):

.0001 智力发育障碍,常染色体隐性遗传 13
TRAPPC9,ARG475TER

Mochida 等人在患有非综合征性常染色体隐性智力低下和出生后小头畸形(MRT13;613192)的以色列阿拉伯家庭受影响成员中(2009) 在 TRAPPC9 基因的外显子 7 中鉴定出纯合的 1423C-T 转换,导致 TRAPPC9 变体 1 中的 arg475-to-ter(R475X) 取代。同样的变化代表 1129C-T,导致 TRAPPC9 变体 2 中的 arg377-to-ter(R377X) 取代。每个未受影响的亲本都是突变的杂合子,并且在 306 条对照染色体中没有发现它。在患者淋巴母细胞系中未检测到该蛋白质。

米尔等人(2009) 在患有智力障碍的巴基斯坦近亲大家庭的受影响成员中,发现了 TRAPPC9 基因中的纯合 1422C-T 转变,导致 R475X 突变。突变蛋白没有表达,与无义介导的 mRNA 衰减一致。受影响的个体患有边缘性小头畸形、行走迟缓以及脑部 MRI 发现的白质异常。

阿布·贾姆拉等人(2011) 在一个患有常染色体隐性遗传性智力低下的叙利亚近亲大家庭的受影响成员中鉴定出 R475X 突变的纯合性。这些患者患有新生儿肌张力低下、5至7岁之间行走严重运动迟缓、只说一句话或不说话、生长迟缓、刻板动作和拍手。他们还具有一些畸形特征,包括额发线低、一字畸形和小头畸形。

.0002 智力发育障碍,常染色体隐性遗传 13
TRAPPC9,ARG570TER

Philippe 等人的 3 个兄弟,由突尼斯近亲出生,患有常染色体隐性遗传性智力发育障碍 13(MRT13;613192)(2009) 鉴定了 TRAPPC9 基因外显子 9 中的纯合 1708C-T 转变,导致 arg570 到 ter(R570X) 的取代。在 1,120 条对照染色体中未发现该突变。在患者成纤维细胞中未检测到该蛋白质,作者推测无义介导的 mRNA 衰减。在培养的患者成纤维细胞中,用 TNF-α(191160) 刺激显示 IKBA(NFKBIA;164008) 降解存在缺陷,表明 NF-kappa-B(参见 164011)信号通路功能受损。

.0003 智力发育障碍,常染色体隐性遗传 13
TRAPPC9,4-BP DEL,2311TGTT

Najmabadi 等人先前报道,伊朗家庭(M001) 的受影响成员患有常染色体隐性遗传性智力发育障碍 13(MRT13;613192)(2007) 显示与染色体 8q24 的连锁,Mir 等人(2009) 在 TRAPPC9 基因中发现了 4 bp 缺失(2311delTGTT),导致移码和提前终止。受影响的成员患有严重的非综合征性精神发育迟滞,可以行走但不会说话,并且患有小头畸形。没有癫痫发作或畸形特征。

.0004 智力发育障碍,常染色体隐性遗传 13
TRAPPC9,IVS17AS,AC,-2

Marangi 等人的 2 名姐妹,由来自意大利南部的无亲缘关系的父母所生,患有常染色体隐性遗传性智力发育障碍(MRT13; 613192)(2013) 鉴定了 TRAPPC9 基因(2851-2A-C) 内含子 17 中的纯合 A 到 C 颠换,导致外显子 18 跳跃、移码和提前终止(Thr951TyrfsTer17)。每个未受影响的父母都是杂合突变,这是通过外显子组测序鉴定的。对患者细胞的 PCR 分析并未显示两姐妹的 TRAPPC9 转录物减少。