胶原蛋白,VI 型,α-4,伪基因 1; COL6A4P1
- 双细胞内血管性血友病因子域 A 蛋白; DVWA
- DIVA
- LOC344875
HGNC 批准的基因符号:COL6A4P1
细胞遗传学定位:3p25.1 基因组坐标(GRCh38):3:15,165,362-15,205,959(来自 NCBI)
▼ 说明
Col6a4 基因编码啮齿类动物的功能蛋白。 在人类中,大规模的中心周倒位将基因分解为 2 个转录的、未加工的假基因:COL6A4P1 和 COL6A4P2(616613)(Gara et al., 2008)。 然而,COL6A4P1 在软骨中发挥功能作用(Miyamoto 等,2008)。
▼ 克隆与表达
加拉等人(2008) 克隆小鼠 Col6a4。 推导的 2,331 个氨基酸的小鼠蛋白具有一个 N 端信号肽,随后是 7 个冯维勒布兰德因子(VWF; 613160) A 型(VWA) 结构域、一个胶原蛋白三螺旋结构域、2 个额外的 VWA 结构域、一个独特的结构域以及 C 端不完整的 Kunitz 结构域。 成熟分泌蛋白的计算分子量为 248.4 kD。 数据库分析表明,人类 COL6A4 基因在中心周倒位期间被破坏,并且 COL6A4 基因在编码胶原结构域的第一个外显子之后被中断。 EST数据库分析检测到该基因的两个部分的表达。 然而,由于存在大量终止密码子,人类 COL6A4 的两个部分都可能是转录的、未加工的假基因。
在进行骨关节炎易感性的全基因组关联研究时,Miyamoto 等人(2008) 通过 RACE 和 RT-PCR 分析分离出 COL6A4P1,他们将其称为 DVWA。 2,250 个碱基对的转录物编码一个由 276 个氨基酸组成的蛋白质,该蛋白质缺乏信号肽并包含 2 个 VWA 结构域。 使用实时 PCR 发现正常软骨和骨关节炎软骨中 DVWA 的表达最高。
▼ 基因功能
Miyamoto 等人通过对转染细胞进行免疫沉淀分析,然后进行 MALDI-TOF 质谱分析(2008) 发现 DVWA 结合 β-微管蛋白(TUBB; 191130)。 他们通过免疫沉淀和蛋白质印迹分析证实了结合。
▼ 测绘
加拉等人(2008) 确定人类 COL6A4 基因(COL6A4P2) 的 3 素端对应到染色体 3q21,5 素端(COL6A4P1) 对应到染色体 3p24.3。 他们将小鼠 Col6a4 基因定位到染色体 9F1,该区域与人类染色体 3q21 具有同源性。
宫本等人(2008) 通过基因组序列分析将 DVWA 基因定位到染色体 3p24.3。
▼ 进化
加拉等人(2008) 发现小鼠 Col6a4、Col6a5(611916) 和 Col6a6(616613) 基因以头尾相连的方式位于染色体 9F1 上,并且该串联方向在人类染色体 3q21 上是保守的。 然而,人类编码COL6A4的基因被大的中心周倒位破坏,该基因的5-prime区域位于染色体3p24.3。 这种倒位似乎发生在非洲猿的共同祖先中,也存在于现代人类的 3 号染色体中,也存在于黑猩猩和大猩猩中,但不存在于红毛猩猩或东半球猴中。
▼ 分子遗传学
有关 DVWA 基因变异与骨关节炎易感性之间可能关联的讨论,请参阅 612401。