PTGS2 反义 NFKB1 复合物介导的表达调节蛋白 RNA，非编码; PACERR

长非编码RNA PACERR
lnRNA PACERR
p50相关COX2外源RNA； PACER
PTGS2 反义 RNA 1； PTGS2AS1

HGNC 批准的基因符号：PACERR

细胞遗传学位置：1q31.1 基因组坐标（GRCh38）：1:186,680,653-186,681,445（来自 NCBI）

▼ 说明

长非编码 RNA（lncRNA）含有 200 多个核苷酸，不具有蛋白质编码潜力。 PACERR 是一种 lncRNA，可激活 COX2 基因（PTGS2; 600262）的表达（Krawcyzk 和 Emerson, 2014）。

▼ 克隆与表达

通过对原代人乳腺上皮细胞进行染色质免疫沉淀实验，然后进行定量 RT-PCR 和 RACE，Krawcyzk 和 Emerson（2014）鉴定出 PACERR，他们将其称为 PACER，是一种源自 COX2 基因上游启动子区域的表达反义 lncRNA。他们鉴定出至少 4 个 PACER 变体，其中最长的包含 765 bp。所有 4 个变体均具有聚腺苷酸化信号，3-prime RACE 证实了聚腺苷酸尾的存在。生物信息分析没有提供证据表明 PACER 编码功能蛋白。表达 PACER 的人 U987 巨噬细胞的生化分级表明，大部分 PACER 转录物定位于细胞核。

▼ 基因功能

Krawcyzk 和 Emerson（2014）发现，在人乳腺上皮细胞中，小干扰 RNA（siRNA）介导的 CTCF（604167）敲低后，PACER 和 COX2 的表达减少，表明 CTCF 建立了一个开放的染色质结构域以允许该位点的表达。通过 siRNA 敲低 PACER 降低了 COX2 表达水平，但没有改变 CTCF 在 COX2 启动子上的结合，表明 PACER 本身调节 COX2 mRNA 表达。 PACER 敲低显着降低了 COX2 基因上游的组蛋白 H3（参见 602810）和 H4（参见 602822）乙酰化。 p300（EP300; 602700）与 COX2 启动子的结合也因 PACER 敲除而显着减少，表明 PACER 促进组蛋白乙酰化是由 p300 募集介导的。 PACER 敲低还减少了 RNA 聚合酶 II（pol II；参见 180660）复合物与 COX2 启动子的关联。 RNA 免疫沉淀显示 PACER 直接与 p50（164011）（NF-kappa-B 的小亚基）相互作用，PACER 敲低导致 COX2 启动子内结合的 p50 水平增加。 Krawcyzk 和 Emerson（2014）提出，PACER 通过限制 p50 在 COX2 启动子上的结合来调节 COX2 表达，从而促进 p300 的募集、诱导组蛋白乙酰化以及 pol II 复合物的组装以实现转录激活。

使用实时 PCR，Qian 等人（2016）证明，相对于匹配的非肿瘤组织和正常成骨细胞，PACER 表达水平在人骨肉瘤组织和细胞系中分别升高。亚硫酸氢盐测序显示骨肉瘤细胞中 COX2 启动子中的 CpG 位点低甲基化。通过短发夹 RNA 敲低 PACER 会导致 134B 和 MG63 人骨肉瘤细胞的活力和侵袭能力降低。 PACER 敲除也显着下调 COX2 表达。 COX2 过表达可以挽救 PACER 敲低对细胞增殖和活力的影响，这表明在骨肉瘤中，PACER 功能是由 COX2 介导的。钱等人（2016）提出PACER驱动的COX2激活可能有助于骨肉瘤细胞增殖和转移。

▼ 测绘

Gross（2017）根据 PACERR 序列（GenBank NR_125801）与基因组序列（GRCh38）的比对，将 PACERR 基因对应到染色体 1q31.1。

Krawcyzk 和 Emerson（2014）确定 PACERR 基因以反义方向位于 COX2 基因的上游启动子区域。

▼ 命名法

Krawcyzk 和 Emerson（2014）指出，lncRNA PACERR 不应与 lncRNA COX2（615492）混淆。 lncRNA COX2位于COX2基因的下游，与COX2没有功能关系，而PACERR位于COX2基因的上游，调节COX2的表达。