立即早期反应 3 相互作用蛋白 1; IER3IP1
HGNC 批准的基因符号:IER3IP1
细胞遗传学位置:18q21.1 基因组坐标(GRCh38):18:47,152,833-47,176,363(来自 NCBI)
▼ 克隆与表达
Yiu等人通过对人肝脏cDNA文库进行大规模部分测序和EST数据库检索,(2004) 鉴定了一种编码推导的 82 个氨基酸蛋白质的新 cDNA,他们将其命名为立即早期反应 3 相互作用蛋白 1(IER3IP1)。IER3IP1 包含一个假定的 G-patch 结构域和 2 个跨膜结构域。Northern 印迹分析显示,单个 1.5 kb 转录物在心脏、骨骼肌和肾脏中高水平表达,在肝脏和大脑中中等水平表达,在胎盘、肺和外周血白细胞中低水平表达。姚等人(2004) 发现 IER3IP1 蛋白通过其 C 端跨膜结构域定位于内质网。
▼ 基因结构
Yiu 等人(2004)证明IER3IP1基因包含3个外显子。
▼
Yiu 等人通过体细胞杂交分析进行作图(2004) 将 IER3IP1 基因对应到 18 号染色体。他们通过辐射杂交分析将映射细化到 18q12。
Gross(2016) 根据 IER3IP1 序列(GenBank AF164798) 与基因组序列(GRCh38) 的比对,将 IER3IP1 基因对应到染色体 18q21.1。
▼ 培养的成纤维细胞中的基因功能
,Poulton 等人(2011) 证明 TNF-α 使 IER3IP1 的表达增加约 1.5 倍(191160)。
Esk 等人在异质组织中使用细胞分辨率的 CRISPR 谱系追踪(CRISPR-LICHT),这使得能够在人类大脑类器官组织中进行并行功能丧失研究(2020)测试了 173 个小头畸形候选基因,发现包括 IER3IP1 在内的 25 个基因参与小头畸形相关通路。IER3IP1 的表征表明,它调节内质网功能和细胞外基质蛋白分泌,这对组织完整性至关重要,其失调会导致小头畸形。
▼ 分子遗传学
通过纯合性作图,然后对 2 个患有小头畸形、癫痫和糖尿病综合征 1(MEDS1;614231) 的近亲家庭进行候选基因测序,Poulton 等人(2011) 鉴定了 IER3IP1 基因中的不同纯合突变:V21G(609382.0001) 和 L78P(609382.0002)。波尔顿等人(2011) 得出的结论是,这种疾病是由于细胞凋亡异常增加造成的。
Abdel-Salam 等人在来自 2 个无关的近亲埃及家庭的 4 名 MEDS1 患者中(2012) 鉴定了 IER3IP1 基因中 L78P 突变的纯合性。通过全外显子组测序发现的突变与家族中的疾病分离。没有对该变体进行功能研究。
Shalev 等人在一名患有 MEDS1 的男孩中(2014) 鉴定了 IER3IP1 基因中的复合杂合突变:V21G 和 c.79delT(609382.0003)。通过全外显子组测序发现的突变与家族中的疾病分离。V21G 突变遗传自未受影响的父亲,其具有利比亚-丹吉尔混血血统,而 c.79delT 突变则遗传自未受影响的母亲,其具有德系犹太人/西班牙/法国混血血统。没有进行变体的功能研究。
▼ 等位基因变异体(3 个选定示例):.
0001 小头畸形、癫痫和糖尿病综合征 1
IER3IP1、VAL21GLY
Poulton 等人在一名患有小头畸形、癫痫和糖尿病综合征 1(MEDS1; 614231) 的患者中,其出生于摩洛哥血统的近亲父母(2011) 在 IER3IP1 基因的外显子 1 中发现了纯合的 62T-G 颠换,导致第一个疏水结构域中高度保守的残基发生 val21 到甘氨酸(V21G) 的取代,预计该残基是靶向内质网的信号序列。每个未受影响的亲本都是杂合突变,而在 300 条对照染色体中未发现这种突变。应激诱导后,患者成纤维细胞显示出凋亡倾向增加。敲低 IER3IP1 后,在对照细胞中也获得了类似的结果,表明需要 IER3IP1 来保护细胞免受应激。该患者最初是由 de Wit 等人报道的(2006),18 个月时去世。
Shalev 等人在一名患有 MEDS1 的男孩中(2014) 鉴定了 IER3IP1 基因中的复合杂合突变:A-C 颠换(chr18.44,704,487AC, GRCh37),导致 V21G 取代,以及 1-bp 缺失(c.79delT; 609382.0003),导致移码和提前终止(Phe27fsSerTer25)。这些突变是通过全外显子组测序发现并通过桑格测序确认的,根据千基因组计划和外显子组测序计划数据库进行筛选,并与家族中的疾病进行分离。V21G 突变遗传自未受影响的父亲,其具有利比亚-丹吉尔混血血统,而 c.79delT 突变则遗传自未受影响的母亲,其具有德系犹太人/西班牙/法国混血血统。没有进行变体的功能研究。
.0002 小头畸形、癫痫和糖尿病综合征 1
IER3IP1、LEU78PRO
在一名患有小头畸形、癫痫和糖尿病综合征 1(MEDS1; 614231) 的患者中,该患者出生于阿根廷,其近亲父母出生于阿根廷,Poulton 等人(2011) 在 IER3IP1 基因的外显子 3 中鉴定出纯合 233T-C 转换,导致第二个疏水性跨膜结构域中高度保守的残基处由 leu78 到 pro(L78P) 取代。每个未受影响的亲本都是杂合突变,而在 300 条对照染色体中未发现这种突变。
Abdel-Salam 等人在来自 2 个无关的近亲埃及家庭的 4 名 MEDS1 患者中(2012) 在 IER3IP1 基因中发现了一个纯合的 L78P 突变。通过全外显子组测序发现的突变与家族中的疾病分离。没有对该变体进行功能研究。
.0003 小头畸形、癫痫和糖尿病综合征 1
IER3IP1, 1-BP DEL, 79T
用于讨论 IER3IP1 基因中的 c.79delT 突变(chr18.44,702,569delA, GRCh37),该突变在小头畸形、癫痫和糖尿病综合征 1(ME) 患者中以复合杂合状态被发现DS1;614231),Shalev 等人(2014),参见 609382.0001。