TRANSFORMER 2 β 同源； TRA2B

TRANSFORMER 2，果蝇，β
TRA2-β
HTRA2-β-1 的同源物
剪接因子，富含精氨酸/丝氨酸，10；SFRS10

HGNC 批准的基因符号：TRA2B

细胞遗传学位置：3q27.2 基因组坐标（GRCh38）：3:185,914,557-185,938,026（来自 NCBI）

▼ 克隆和表达

Beil 等人（1997）进行了酵母 2 杂交筛选，以寻找参与前 mRNA 剪接的新因子。他们使用 SC35 作为诱饵，孤立出一种人类 cDNA，称为 TRA2-β-1，与果蝇 Transformer-2（tra2）蛋白具有高度同源性。TRA2-β-1 是一种核蛋白，以斑点模式与 SC35 共定位。它与酵母中的多种 SR 蛋白（参见 603364）相互作用。第二种亚型，名为 TRA2-β-2，是通过选择性剪接产生的。该异构体产生没有 SR 结构域的截短蛋白。两种亚型均匀分布在成年大鼠组织中。在刺激原代人 T 细胞和原代大鼠脾细胞培养物后，这 2 种异构体的比例发生变化，表明选择性剪接参与了 TRA2-β 活性的调节。

斯托伊洛夫等人（2004）发现 TRA2-β-1 利用负反馈环来调节其外显子 2 的剪接。TRA2-β-1 与外显子 2 中存在的 4 个增强子结合，激活外显子 2 包含，导致 mRNA 不翻译成蛋白质。外显子 2 增强子的突变表明 TRA2-β-1 结合简并序列 GHVVGANR，该序列在外显子中比在内含子中更常见。TRA2-β-1 的过度磷酸化强烈降低了其与 RNA 的结合。CLK2（602989）的存在阻止了外显子 2 和 3 的使用，从而生成 TRA2-β-3 mRNA。TRA2-β-3蛋白缺乏TRA2-β-1的第一个RS结构域，在多种组织中表达，并且对TRA2-β剪接位点选择没有影响。当 TRA2-β-1 被相互作用的蛋白质隔离时，外显子 2 不再被识别，

全长 TRA2-β 包含 N 端富含精氨酸和丝氨酸（RS）结构域，随后是中央 RNA 识别基序（RRM）、富含甘氨酸的区域和 C 端 RS 结构域（Novoyatleva 等，2008）。

▼ 基因结构

Nayler 等人（1998）确定 TRA2-β 基因包含 10 个外显子，跨度为 21 kb。RT-PCR 和 EST 数据库中 TRA2-β cDNA 的分析表明，通过选择性剪接产生了 5 种不同的 TRA2-β RNA 亚型。

▼ 测绘

通过辐射混合面板的分析，Nayler 等人（1998）将 TRA2B 基因定位到染色体 3q26.2-q27。

▼ 基因功能

Tacke 等（1998）表明人类 TRA2 蛋白存在于 HeLa 细胞核提取物中，并且它们有效且特异性地结合到先前表征的前 mRNA 剪接增强子元件。两种纯化蛋白均优先结合含有 GAA 重复序列的 RNA 序列，这是许多增强子元件的特征。TRA2 蛋白在体外均不发挥组成型剪接的作用，但均以序列特异性方式激活增强子依赖性剪接，并在用竞争性 RNA 抑制后恢复它。这些发现表明哺乳动物 TRA2 蛋白是序列特异性剪接激活剂，可能参与细胞特异性剪接模式的控制。

内勒等人（1998）观察到 2 个 TRA2-β 亚型，TRA2-β-3 和 TRA2-β-4，似乎具有组织特异性和发育调节性，并且编码缺乏第一个 SR 结构域的蛋白质。定位于细胞核的嵌合 GFP-TRA2-β-3 蛋白，表现出剪接因子特征的点状染色模式。TRA2-β-3 蛋白在酵母 2-杂交测定和体内与 SR 蛋白的子集相互作用。

维纳布尔斯等人（2000）使用酵母 2-杂交系统表明 RBMY（400006）的基因产物、RBMX 基因产物 HNRNPG（300199）和一种新的睾丸特异性相关基因（称为 HNRNPG-T）与 TRA2-β 相互作用。RBMY 基因产物和 TRA2-β 共定位于人精母细胞核的 2 个主要结构域中。与 RBMY 基因产物的蛋白质相互作用结构域一起孵育，抑制了含有与 TRA2-β 结合的必需增强子的特定前 mRNA 底物的体外剪接。RBMY 的 RNA 结合域影响 5-prime 剪接位点选择。作者得出结论，HNRNPG 蛋白家族参与前 mRNA 剪接，并假设 RBM 可能参与精母细胞中 TRA2-β 依赖性剪接。

通过体内剪接测定，Hofmann 和 Wirth（2002）将蛋白质 HNRNPG 及其旁系同源物 RBM 鉴定为促进 SMN2（601627）外显子 7 内含的 2 个新型剪接因子。HNRNPG 和 RBM 均非特异性结合 RNA，但直接且特异地结合 Htra2-β-1，Htra2-β-1 本身通过与 SMN2 外显子 7 前 mRNA 的直接相互作用刺激外显子 7 的内含。使用 HNRNPG 的缺失突变体，作者证明了 HNRNPG 与 Htra2-β1 的特异性蛋白质-蛋白质相互作用，该相互作用介导 SMN2 外显子 7 的包含，而不是 HNRNPG 与 SMN 前 mRNA 的非特异性相互作用。这些反式作用剪接因子对内源性 SMN2 转录本也有效，并增加了内源性 SMN 蛋白水平。作者提出了一个模型，说明这些剪接因子如何调节外显子 7 mRNA 的加工。

近端脊髓性肌萎缩症（SMA; 253300）是由 SMN1（600354）纯合缺失引起的。SMN2 是一个几乎相同的拷贝基因，存在于所有 SMA 患者中；然而，由于关键外显子的异常剪接，该基因无法提供针对疾病的保护。由于单个非多态性核苷酸差异（SMN1 中的 C 与 SMN2 中的 T），SMN2 衍生的转录物主要缺乏 SMN 外显子 7。霍夫曼等人（2000）表明，TRA2-β 的瞬时表达通过与外显子 7 内富含 AG 的外显子剪接增强子相互作用，刺激了 SMN2 衍生的小基因转录物中外显子 7 的包含（2002）证明 SRp30c（SRSF9; 601943）可以刺激 SMN 外显子 7 包含，并且该活性需要与 TRA2-β 相同的富含 AG 的增强子。SRp30c与SMN外显子7没有直接关联；相当，它与外显子增强子的关联是通过与 TRA2-β 的直接相互作用介导的。在缺乏 TRA2-β 结合位点的情况下，SRp30c 无法与 SMN 外显子 7 结合。作者得出结论，SRp30c 是 SMN 外显子 7 包含的调节剂。

门德等人（2010）指出，SFRS10 结合 SMN1/SMN2 RNA 并在体外恢复全长（FL）-SMN2 mRNA 水平。他们使用 Cre/loxP 系统在小鼠中生成条件 Sfrs10 等位基因。Sfrs10 普遍存在的纯合缺失导致 E7.5 左右的早期胚胎致死，表明 Sfrs10 在小鼠胚胎发生过程中发挥着重要作用。在源自 Sfrs10 纯合全长胚胎的小鼠胚胎成纤维细胞（MEF）中用重组 Cre 删除 Sfrs10 会增加 Smn-del7 的低水平，而不影响全长 Smn 水平。在来自 Smn（-/-）;SMN2（tg/tg）;Sfrs10（fl/fl）胚胎的 MEF 中，重组 Cre 删除 Sfrs10 对 SMN2 剪接没有影响，但增加了 SMN 水平。

纳西姆等人（2003）表明 HNRNPG 和剪接激活蛋白 TRA2B 对几个外显子的掺入具有相反的作用，并且两者都能够充当激活剂或阻抑剂。HNRNPG 通过特定序列发挥作用，抑制人慢骨骼 α-原肌球蛋白（TPM3；191030）的骨骼肌特异性外显子（SK），并刺激替代非肌肉外显子的包含。HNRNPG 与外显子的结合被 TRA2B 拮抗。这两种蛋白质对肌营养不良蛋白（300377）假外显子也具有相反的作用。该外显子在患者心肌中的掺入水平高于骨骼肌，导致 X 连锁扩张型心肌病。与 HNRNPG 共转染抑制了心脏成肌细胞中的掺入，而 TRA2B 则增加了骨骼肌成肌细胞中的掺入。

维纳布尔斯等人（2005）发现 Tra2B 以浓度依赖性方式重现了同源结构域相互作用激酶 HIPK3（604424）的睾丸特异性剪接，并与长的富含嘌呤的序列特异性结合。该序列还与 HNRNPA1（164017）、HNRNPH1（601035）、ASF/SF2（SFRS1; 600812）和 SRp40（SFRS5; 600914）特异性结合。体外研究表明，在 Tra2B、ASF/SF2 和 SRp40 存在的情况下，该序列将剪接转移到异源前 mRNA 底物内的下游 5 素剪接位点，而 HNRNPA1 特异性抑制这种选择。通过突变 HIPK3 中富含嘌呤的序列，作者表明它是 Tra2B 和 HNRNPA1 介导的调节的主要决定因素。维纳布尔斯等人（2005）提出了 Tra2 蛋白在精子发生中的进化保守作用，

诺沃亚特列娃等人（2008）在 TRA2-β 的 RRM 结构域中鉴定出保守的蛋白磷酸酶-1（PP1；参见 176875）结合基序（RVDF）。PP1 直接与 RVDF 基序结合并使 TRA2-β 去磷酸化，从而促进 TRA2-β 的同源多聚化以及 TRA2-β 与其他含有 SR 结构域的蛋白质的相互作用。