SLIT-ROBO RHO GTP 酶激活蛋白 2D; SRGAP2D

HGNC 批准的基因符号：SRGAP2D

细胞遗传学位置：1q21.1 基因组坐标（GRCh38）：1:143,972,638-144,069,703（来自 NCBI）

▼ 正文

SRGAP2D 基因代表 SRGAP2A 基因（SRGAP2；606524） 的人类特异性部分重复。

▼ 克隆与表达

在对应于 SRGAP2A 旁系同源物 SRGAP2B（614703） 和 SRGAP2C（614704） 的 BAC 重叠群的组装过程中，Dennis 等人（2012） 鉴定了一个包含 SRPGAP2 旁系同源序列（外显子 7-9）的单个 BAC 克隆，但与 3 个重叠群中的任何一个的同一性都不超过 99.9%，这表明存在第四个 SRGAP2 重复项（SRGAP2D）。 丹尼斯等人（2012）确定SRGAP2D基因起源于大约100万年前SRGAP2B基因的不完全复制。

Dennis 等人使用 1000 个基因组计划中 14 个种群的 661 个人的序列数据（2012） 估计了 SRGAP2 旁系同源物的二倍体拷贝数。 所有测试个体的 SRGAP2D 和 SRGAP2B 拷贝数从 0 到 4 个不等。 在所有检测的人类中，祖先 SRGAP2（SRGAP2A） 和衍生的 SRGAP2C 拷贝固定为二倍体拷贝数 2。 丹尼斯等人（2012） 鉴定了 3 个 SRGAP2B 纯合删除的个体，以及 SRGAP2D 纯合删除的正常个体，SRGAP2D 是具有外显子 2 和 3 的获得性内部删除的孙女副本。

▼ 基因结构

丹尼斯等人（2012） 确定 SRGAP2D 基因源自 9 外显子 SRGAP2B 基因，并包含相对于 SRGAP2B 基因的外显子 2 和 3 对应的 115 kb 缺失。

库茨纳等人（2015） 确定 SRGAP2D 基因有 7 个外显子，跨度约为 94 kb。 外显子 1 是非编码的。

▼ 测绘

Dennis 等人使用 FISH（2012） 将 SRGAP2D 基因定位到 SRGAP2B 基因附近的染色体 1q21.1。

▼ 基因功能

丹尼斯等人（2012） 指出，虽然 SRGAP2D 基因显示出转录的证据，但它及其邻近的旁系同源物 SRGAP2B 不太可能具有功能。 SRGAP2D 产生的转录本缺少 2 个内部外显子，导致过早终止密码子。 与 SRGAP2C 相比，SRGAP2B 在人脑中的表达显着降低。 SRGAP2B 和 SRGAP2D 都具有高度拷贝数多态性，正常个体完全缺乏这些旁系同源物。

▼ 进化

丹尼斯等人（2012） 利用单倍体葡萄胎鉴定了参考基因组中缺失的高度相同的序列，并证实 SRGAP2 基因仅在人类中复制了 3 次。 丹尼斯等人（2012） 表明，大约 340 万年前，SRGAP2 的启动子和前 9 个外显子从 1q32.1（SRGAP2A） 复制到 1q21.1（SRGAP2B）。 随后，大约 2.4 年前和 100 万年前，两个较大的重复将 SRGAP2B 分别复制到染色体 1p12（SRGAP2C） 和近端 1q21.1（SRGAP2D）。 丹尼斯等人（2012） 观察到 SRGAP2B、SRGAP2C 和 SRGAP2D 在所有检测的非人类类人猿中都不存在，但在尼安德特人和丹尼索瓦人基因组中都存在。 丹尼斯等人（2012） 因此得出结论，自智人和尼安德特人大约 100 万年前分化以来，没有发生新的 SRGAP2 重复。

通过计算机分析，Kutzner 等人（2015） 发现 4 个 FAM72 基因（见 614710）中的每一个都与 1 号染色体相反链上的 SRGAP2 基因配对。FAM72/SRGAP2 基因对存在于脊椎动物中，但只有原始人类，包括尼安德特人和丹尼索瓦人，有 4 个旁系同源 FAM72/SRGAP2 对。 没有物种拥有 2 或 3 个 FAM72/SRGAP2 基因对，包括黑猩猩和大猩猩，它们只有 1 个这样的基因对。