辅酶 Q4; COQ4
- 辅酶 Q4,酿酒酵母,同源物
HGNC 批准的基因符号:COQ4
细胞遗传学位置:9q34.11 基因组坐标(GRCh38):9:128,322,485-128,334,071(来自 NCBI)
▼ 描述
辅酶 Q(CoQ) 是一种亲脂性小分子,可在线粒体呼吸链复合物之间传输电子,并作为线粒体酶的辅助因子发挥作用。COQ4 是一种参与辅酶 Q 生物合成的酶(Casarin 等,2008)。
▼ 克隆与表达
Casarin 等人通过搜索 EST 数据库寻找与酵母 Coq4 相似的序列,然后对成纤维细胞 cDNA 进行 PCR(2008)克隆了人类COQ4。推导的 265 个氨基酸蛋白具有 N 端线粒体定位序列,在 pro22 处具有共有切割位点。COQ4 被预测为可溶性蛋白质。Northern 印迹分析在所有检查的组织中检测到 1.3 至 1.4 kb 的转录物,其中在肝、肺和胰腺中表达最高。EST 数据库分析和 5-prime RACE 检测到一个剪接变体,该剪接变体缺少外显子 1,并从外显子 2 内的 ATG 密码子开始翻译。该变体编码的亚型 COQ4 isoform-2 缺少全长 COQ4 isoform-1 的前 24 个氨基酸。荧光标记的 COQ4 isoform-1 定位于转染的 HeLa 细胞中的线粒体,
▼ 基因功能
Casarin 等人(2008) 表明,全长 COQ4,而不是 COQ4 同工型 2,可以恢复 Coq4 缺陷酵母的生长。
▼ 基因结构
Casarin 等人(2008) 确定 COQ4 基因包含 7 个外显子,跨度约为 12 kb。5-prime侧翼区域缺少TATA框,但包含许多共有转录因子结合位点和4个转录起始位点。内含子 1 还包含几个共有转录元件和一个额外的转录起始位点。
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通过基因组序列分析,Casarin 等人进行了绘图(2008) 将 COQ4 基因定位到染色体 9q34.13。
▼ 细胞遗传学
萨尔维亚蒂等人(2012) 报道了一名患有严重脑肌病的男孩,包括生长不良、肌张力低下、精神运动发育迟缓、中度智力低下和 3 岁时无法行走,与染色体 9q34 的 3.9-Mb 杂合性新生缺失有关;删除的区域包括至少80个基因,其中1个是COQ4。实验室研究表明,成纤维细胞中线粒体呼吸复合物 II 和 III 减少,辅酶 Q 含量减少(对照的 43%),这与辅酶 Q 缺乏症一致(607426)。在患者成纤维细胞中补充辅酶 Q 可以纠正复合物 II 和 III 的缺陷。HeLa 细胞中 COQ4 mRNA 敲低 50% 导致 COQ4 蛋白减少约 50%,酵母中 Coq4 的单倍体不足导致复合物 II 和 III 活性降低。使用辅酶q10和随后的泛醇口服补充辅酶 Q 可使患者临床改善。萨尔维亚蒂等人(2012) 认为该患者的 COQ4 基因单倍体不足导致了 CoQ 缺乏,同时指出该疾病通常作为常染色体隐性遗传。
▼ 分子遗传学
Brea-Calvo 等人在来自 4 个不相关家庭的 5 名患有初级辅酶 Q10 缺乏症 7(COQ10D7; 616276) 的患者中(2015) 在 COQ4 基因(612898.0001-612898.0006) 中鉴定出 6 个不同的纯合或复合杂合突变。通过全外显子组测序发现的突变与家族中的疾病分离。Coq4 缺失酵母的体外功能表达研究表明,所有突变都会导致氧化生长的严重缺陷,这与致病作用一致。患者成纤维细胞显示 COQ4 含量减少,患者骨骼肌样本显示 CoQ10 含量减少。其中四名患者患有严重的表型,伴有心脏或神经系统受累,导致出生后不久死亡,而第五名患者则患有严重但持久的病程,并存活到青少年晚期。
Chung 等人在来自 4 个不相关家庭的 6 名患有 COQ10D7 的女孩中(2015)鉴定了COQ4基因中的双等位错义突变(参见例如612898.0003;612898.0007-612898.0008)。通过全外显子组测序发现的突变与家族中的疾病分离。没有进行变体的功能研究和患者细胞的研究。这些患者具有严重的表型,新生儿时会出现脑肌病、心肌病、小脑发育不全和癫痫发作,最常在出生后几天或几个月内导致死亡;一名儿童存活至 19 个月大。严重的表型表明 COQ4 是 CoQ10 生物合成所需复合物的重要组成部分。
Mero 等人在一名 30 个月大的男孩和一名携带 COQ10D7 的 19 岁女孩中进行了研究(2021) 鉴定了 COQ4 基因中的复合杂合突变(R240C,612898.0003;P193S,612898.0009;G95D,612898.0010;R102H,612898.0011)。当铺在不可发酵培养基中时,表达具有R240C、P193S或G95D突变的COQ4的酵母无法生长,并且表达具有R102H突变的COQ4的酵母生长减少。
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使用 CRISPR/Cas9 基因编辑的动物模型,Mero 等人(2021) 开发了 coq4 敲除斑马鱼并表征了 F0 系。突变鱼具有正常的爆发活动,但运动缺陷,包括速度降低和行驶距离较短。突变鱼的后脑面积也减少,嘴内侧浦肯野细胞也减少。
▼ 等位基因变体(11 个选定示例):
.0001 辅酶 Q10 缺乏症,原发性,7
COQ4,ARG145GLY
在一名由无亲缘关系的意大利父母所生的男婴中,患有原发性辅酶 Q10 缺乏症 7(COQ10D7;616276),Brea-Calvo 等人(2015) 鉴定了 COQ4 基因外显子 5 中的纯合 c.433C-G(c.433C-G, NM_016035.3) 颠换,导致保守残基处的 arg145 至甘氨酸(R145G) 取代。该突变是通过全外显子组测序发现的,与家族中的疾病分离,并且在 dbSNP、外显子组变异服务器或外显子组聚合联盟(ExAC) 浏览器数据库或 4,500 个内部对照外显子组中未发现。患者出生后4小时死亡。一名同样受到影响的同胞在出生时就去世了;无法获得该同胞的 DNA。
.0002 辅酶 Q10 缺乏症,初级,7
COQ4,ARG141TER
Brea-Calvo 等人在一名患有初级辅酶 Q10 缺乏症 7(COQ10D7;616276)的日本女孩中进行了研究(2015) 鉴定了 COQ4 基因中的复合杂合突变:外显子 5 中的 c.421C-T(c.421C-T, NM_016035.3) 转换,导致 arg141 到 ter(R141X) 取代,以及外显子 7 中的 c.718C-T 转换,导致 arg240 到 cys(R240C; 61289) 8.0003) 保守残基处的取代。通过全外显子组测序发现的突变与家族中的疾病分离。在 dbSNP、Exome Variant Server 或 ExAC Browser 数据库或 4,500 个内部对照外显子组中未发现 c.421C-T 突变;c.718C-T 突变在 ExAC 浏览器中的频率非常低(0.00023)。患者在出生第一天就死于肥厚性心肌病。
.0003 COENZYME Q10 DEFICIENCY, PRIMARY, 7
COQ4, ARG240CYS(rs143441644)
用于讨论 COQ4 基因外显子 7 中的 c.718C-T 转变(rs143441644),导致 arg240 到 cys(R240C) 取代,该取代在患有以下疾病的患者中以复合杂合状态发现Brea-Calvo 等人提出的初级辅酶 Q10 缺乏症 7(COQ10D7;616276)(2015),参见 612898.0002。
Chung 等人在 2 名具有 COQ10D7 的无血缘关系的德系犹太人后裔女孩中进行了研究(2015) 鉴定了 COQ4 基因中 c.718C-T 转换的纯合性,导致 R240C 取代。通过外显子组测序发现的这种突变在两个家族中都与疾病分离。ExAC 数据库中,欧洲人中发现该变异的频率为 2,420 分之一,外显子组测序项目数据库中,欧洲人中发现该变异的频率为 2,149 分之一。在 1,047 名德系犹太人对照中,携带者频率为 150 分之一,等位基因频率为 300 分之一,这与该人群的创始人效应一致。未进行变体的功能研究和患者细胞的研究;两名患者均在婴儿早期死亡。
Mero 等人在一名患有 COQ10D7 的 30 个月大的男孩中(2021) 鉴定了 COQ4 基因中的复合杂合突变:R240C 和 c.577C-T 转换,导致 pro193 到 Ser(P193S;612898.0009)的取代。这些突变是通过对一组与遗传性共济失调相关的 273 个基因进行新一代测序来鉴定的。GnomAD 数据库中不存在 P193S 突变,而 R240C 的出现频率为 0.000179。表达具有 R240C 或 P193S 突变的 COQ4 的酵母在铺于非发酵培养基中时无法生长。
.0004 辅酶 Q10 缺乏症,初级,7
COQ4,LEU52SER
Brea-Calvo 等人的 2 姐妹出生于没有血缘关系的奥地利父母,患有初级辅酶 Q10 缺乏症 7(COQ10D7; 616276)(2015) 鉴定了 COQ4 基因中的复合杂合突变:外显子 2 中的 c.155T-C(c.155T-C, NM_016035.3) 转换,导致高度保守残基处的 leu52 到 Ser(L52S) 取代,以及 3 bp 缺失(c.521_523delCCA, NM_016035.3; 612 898.0005) 外显子 5,导致高度保守残基(Thr174del) 的删除。这些突变是通过全外显子组测序发现的,与家族中的疾病分离,并且在 dbSNP、Exome Variant Server 或 ExAC Browser 数据库或 4,500 个内部对照外显子组中未发现。一名同胞在出生第三天就死于多器官衰竭;另一人在出生第二天就死于癫痫性脑病。
.0005 COENZYME Q10 DEFICIENCY, PRIMARY, 7
COQ4, 3-BP DEL, 521CCA
For discussion of the 3-bp deletion(c.521_523delCCA, NM_016035.3) in the COQ4 gene that was found in compound heterozygous state in a patient with primary coenzyme Q10 deficiency-7(COQ10D7; 616276) by Brea-Calvo et al.(2015), see 612898.0004.
.0006 辅酶 Q10 缺乏症,原发性,7
COQ4,PRO64SER
对于一名患有长期原发性辅酶 Q10 缺乏症 7(COQ10D7;616276) 的 18 岁男性,Brea-Calvo 等人(2015) 鉴定了 COQ4 基因外显子 2 中的纯合 c.190C-T(c.190C-T, NM_016035.3) 转变,导致高度保守残基处的 pro64 到 Ser(P64S) 取代。该突变是通过全外显子组测序发现的,与家族中的疾病分离,并且在 dbSNP、外显子组变异服务器或 ExAC 浏览器数据库或 4,500 个内部对照外显子组中未发现。
.0007 辅酶 Q10 缺乏症,原发性,7
COQ4,ARG66GLN
在 2 名患有原发性辅酶 Q10 缺乏症的姐妹中 - 7(COQ10D7;616276),Chung 等人(2015) 鉴定了 COQ4 基因中的复合杂合错义突变:c.197_198delGCinsAA,导致 arg66-to-gln(R66Q) 取代,以及 c.202G-C 颠换,导致 asp68-to-his(D68H; 612898.0008) 取代。通过外显子组测序发现的突变发生在保守残基上,并与家族中的疾病分离。在 ExAC 数据库中,未发现 R66Q,而 D68H 在欧洲人中的发现频率非常低(20,983 人中有 1 人)。没有进行变异的功能研究和患者细胞的研究。
.0008 辅酶 Q10 缺乏症,初级,7
COQ4,ASP68HIS
用于讨论 COQ4 基因中的 c.202G-C 颠换,导致 asp68-to-his(D68H) 取代,这是 Chung 在 2 个初级辅酶 Q10 缺陷 7(COQ10D7; 616276) 姐妹中发现的复合杂合状态等人(2015),参见 612898.0007。
.0009 COENZYME Q10 DEFICIENCY, PRIMARY, 7
COQ4, PRO193SER
用于讨论 COQ4 基因中的 c.577C-T 转变(c.577C-T, NM_016035.5),导致 pro193 到 Ser(P193S) 取代,该取代在一名患有原发性 co 的 30 个月大男孩中以复合杂合状态发现酶 Q10 缺乏症 7(COQ10D7;616276),Mero 等人(2021),参见 612898.0003。
.0010 原发性辅酶 Q10 缺乏症,7
COQ4,GLY95ASP
对于一名患有原发性辅酶 Q10 缺乏症(COQ10D7;616276) 的 19 岁女孩,Mero 等人(2021) 鉴定了 COQ4 基因中的复合杂合突变:c.284G-A 转变(c.284G-A,NM_016035.5),导致 gly95 到 asp(G95D) 取代,以及 c.305G-A 转变,导致 arg102 到 hiss(R102H;612898.0011) 取代。这些突变是通过对一组与遗传性共济失调相关的 273 个基因进行新一代测序来鉴定的。GnomAD 数据库中不存在 R102H 突变,而 G95D 变体的出现频率为 0.00000399。当铺在不可发酵培养基中时,表达具有G95D突变的COQ4的酵母无法生长,并且表达具有R102H突变的COQ4的酵母生长减少。
.0011 COENZYME Q10 DEFICIENCY, PRIMARY, 7
COQ4, ARG102HIS
用于讨论 COQ4 基因中的 c.305G-A 转变(c.305G-A, NM_016035.5),导致 arg102-to-his(R102H) 取代,这是在一名 19 岁女孩的复合杂合状态中发现的初级辅酶 Q10 缺乏症 7(COQ10D7;616276),作者:Mero 等人(2021),参见 612898.0010。