染色质结构域解旋酶 DNA 结合蛋白 6; CHD6

• CHD5
• RIGB

HGNC 批准的基因符号：CHD6

细胞遗传学位置：20q12 基因组坐标（GRCh38）：20:41,402,082-41,618,376（来自 NCBI）

▼ 说明

染色质结构域解旋酶（CHD） 蛋白家族包含 ATP 依赖性染色质重塑酶，这些酶将染色质结构域与 SWI2/SNF2（参见 SMARCA2, 600014）ATP 酶/解旋酶基序和 DNA 结合能力相结合。 CHD6 属于 CHD 家族的 III 亚科（Lutz 等人，2006 年总结）。

▼ 克隆与表达

Schuster 和 Stoger（2002） 通过以 CHD4（603277） 的 SWI2/SNF2 结构域为查询数据库进行检索，然后对人胸腺 RNA 进行 PCR 和 5-prime RACE，获得了编码 CHD6 的 cDNA，他们将其称为 CHD5。 预测的 2,713 个氨基酸的蛋白质包含 2 个 N 端染色结构域，随后是一个 SWI2/SNF2 样解旋酶结构域、一个中央 SANT 结构域和一个 C 端 TCH 结构域。 CHD6 缺乏 CHD 亚家族 II 蛋白（例如，CHD4）的 2 个 PHD 指结构域，并且与 CHD 亚家族 I 蛋白（例如，CHD1；602118）在 DNA 结合结构域中几乎没有序列保守性。 Northern 印迹分析在多个人类细胞系中检测到大约 10.7 kb 的转录物。

卢茨等人（2006） 通过蛋白质印迹分析检测到 CHD6 高于 204-kD 标记，与其预测的 305.4 kD 分子量一致。 Chd6 蛋白表达存在于小鼠肝脏、心脏、肾脏、脾脏和肺中。 免疫荧光显微镜显示人类细胞核质中仅存在颗粒状表达。

▼ 基因功能

通过免疫沉淀和酶分析，Lutz 等人（2006）表明CHD6具有需要其N末端747个氨基酸的ATP酶活性。 共焦显微镜显示 CHD6 与 RNAP II 重叠分布（参见 POLR2A，180660）。 然而，免疫共沉淀实验无法证实蛋白质之间的稳定相互作用。

Fertey 等人通过酵母 2-杂交分析，然后进行 Pull-down 和共免疫沉淀分析（2010）发现CHD6与参与HPV癌基因表达的人乳头瘤病毒（HPV）蛋白相互作用。

Alfonso 等人使用酵母 2-杂交分析（2011）证实CHD6与流感病毒聚合酶的PA亚基相互作用。 共聚焦显微镜证明了 CHD6 与病毒核糖核蛋白的共定位。 沉默实验确定 CHD6 是流感病毒复制的负调节剂。 CHD6 与组蛋白尾部的特定甲基化残基相关，这些残基标记了抑制的染色质，并且这种关联在流感病毒感染后大大增加。 阿方索等人（2011） 提出，CHD6 与失活染色质的关联可能是病毒触发染色质相关蛋白修饰的过程的一部分，这可能导致病毒利用致病事件诱导宿主细胞关闭。

▼ 基因结构

Schuster 和 Stoger（2002） 确定 CHD6 基因有 37 个外显子。 外显子 1 是非编码的，位于 CpG 岛内。

▼ 测绘

通过基因组序列分析，Schuster 和 Stoger（2002） 将 CHD6 基因定位到染色体 20q11.23-q12。 小鼠 Chd6 定位到染色体 2H1 上的同线区域。

Gross（2014） 根据 CHD6 序列（GenBank AF525085） 与基因组序列（GRCh38） 的比对，将 CHD6 基因对应到染色体 20q12。