C6ORF89 基因
C6ORF89 基因编码铃蟾肽受体激活蛋白(BRAP),该蛋白在气道上皮细胞中高度表达并增强组蛋白去乙酰化酶(HDAC) 活性( Liu et al., 2016 )。
▼ 克隆与表达
刘等人(2011)从人支气管上皮细胞(HBE) 中克隆了 C6ORF89,他们称之为 BRAP,并发现它编码了一种推断的 354 个氨基酸的蛋白质。共聚焦显微镜将蛋白质定位在转染的 HeLa 细胞的膜和细胞质中。Northern印迹分析检测到C6ORF89在人支气管内皮细胞、胚胎组织和肿瘤组织中的表达。
Lalioti 等人使用人类心脏 cDNA 文库的酵母 2 杂交筛选来鉴定保留在高尔基体中的蛋白质,然后进行数据库分析(2013)确定了人类 C6ORF89 的 4 个转录本,他们将其称为 amfion,以“希腊神话中的 4 位 Amfion 英雄及其在祖国不同地点的事迹”命名。2.41- 和 6.7-kb 的转录本在它们的 3-prime UTR 上有所不同,并且编码相同的 354-氨基酸蛋白质,由Liu 等人报道为 BRAP(2011 年)。该蛋白具有一个短的 N 端结构域、一个跨膜结构域和一个长的 C 端结构域,其中包含 2 个 N-糖基化位点,一个典型的 KPNB2(TNPO1; 602901) 核定位信号和推定的核仁定位信号。2.45-kb 转录本编码一个 361 个氨基酸的蛋白质,除了 7 个氨基酸的 N 端延伸外,它与 354 个氨基酸的蛋白质相同。1.47-kb 转录本编码一种可溶性 241 个氨基酸的蛋白质,该蛋白质缺乏其他亚型的 N 端结构域和跨膜结构域。所有 3 种蛋白质在脊椎动物中都是高度保守的。Northern 印迹分析检测到 12 个人体组织中广泛表达 6.7-、2.4-和 1.6-kb 转录本。6.7-kb 的转录本主要在脑和肺中表达,但在肝和脾中几乎不存在。2.4-kb 转录本是心脏中的主要转录本,1.6-kb 转录本是肝脏和脾脏中的主要转录本。使用大鼠和猴肝细胞的蛋白质印迹分析和免疫荧光显微镜显示可溶性 amfion 异构体表达为 34 kD 单体,形成 64 kD 二聚体,并靶向核仁。含有跨膜结构域的 amfion 异构体表达为 42 kD 单体,形成 116 kD 糖基化二聚体,并在胞质分裂过程中定位于顺式高尔基池和细胞中间体。蛋白酶保护测定表明,42-kD amfion 是一种 II 型跨膜蛋白,具有细胞质 N 末端和管腔内/细胞外 C 末端。并在胞质分裂过程中定位于顺式高尔基池和细胞中间体。蛋白酶保护测定表明,42-kD amfion 是一种 II 型跨膜蛋白,具有细胞质 N 末端和管腔内/细胞外 C 末端。并在胞质分裂过程中定位于顺式高尔基池和细胞中间体。蛋白酶保护测定表明,42-kD amfion 是一种 II 型跨膜蛋白,具有细胞质 N 末端和管腔内/细胞外 C 末端。
▼ 基因结构
拉里奥蒂等人(2013)确定 C6ORF89 基因跨越至少 39 kb 并包含至少 10 个外显子。
▼ 测绘
通过序列分析,Liu 等人(2011)将 C6ORF89 基因对应到染色体 6p21.2。
▼ 基因功能
刘等人(2011 年)表明,人支气管上皮细胞在 BRAP 过度表达后对机械伤口压力的反应更快。
拉里奥蒂等人(2013)发现核仁 amfion 在转染的大鼠肾细胞中与核糖体转录因子 UBF(UBTF; 600673 ) 共定位和共免疫沉淀,表明它是核糖体基因转录机制的一部分。大鼠肾细胞中的过表达和抑制研究表明,中间体的膜结合 amfion 的正常功能是分离有丝分裂子细胞所必需的。酵母 2-杂交和蛋白质 pull-down 分析表明,膜结合的 amfion 异构体,而不是可溶性核仁异构体,与HDAC 调节剂的支架蛋白SIN3B( 607777 ) 相互作用。所有 amfion 异构体均增强了转染猴肾细胞中的 HDAC 活性。
Liu 等人使用荧光素酶测定法(2016)表明 BRAP 过表达下调内源性和 LPS 或聚(I:C) 诱导的 NF-kappa-B(NFKB; 见164011 ) 活性的活性。当 BRAP 通过 RNA 干扰下调时,内源性和诱导的 NFKB 活性增加。刘等人(2016)产生了因臭氧暴露而具有气道高反应性的小鼠,并发现这些小鼠的肺部表现出更高的 BRAP 蛋白表达。在 HBE 和 HEK293T 细胞中,BRAP 过表达降低了臭氧暴露产生的活性氧(ROS) 水平。HBE 细胞中 BRAP 的下调增加了 ROS 的产生。当 ROS 受到 PDTC 处理的限制时,siRNA 的 BRAP 敲低不会上调 NFKB 活性。通过在丙戊酸、HDAC 抑制剂和 LPS 或聚(I:C) 存在下测量 HDAC 活性,Liu 等人(2016)证明 BRAP 通过增强 HBE 细胞中 HDAC 活性的能力来调节 NFKB 活性。