含有肽基脯氨酰异构酶结构域和 WD40 重复序列的蛋白质 1

PPWD1 属于亲环蛋白家族的肽基-脯氨酰异构酶（PPIases；参见123840 ），可催化脯氨酸的顺式和反式异构体之间的转化（ Davis et al., 2010 ）。

▼ 克隆与表达

戴维斯等人（2008）报道 PPWD1 包含一个 N 端 WD40 重复结构域和一个与亲环蛋白同源的 C 端结构域。

▼ 基因功能

戴维斯等人（2010）发现人类 PPWD1 与其他人类亲环蛋白相比，具有相同的结合环孢菌素的能力和相同的脯氨酸异构化对标准四肽脯氨酸基序的活性。

▼ 生化特征

戴维斯等人（2008）确定了人类 PPWD1 异构酶结构域的 X 射线晶体结构，分辨率为 1.65 埃。作者发现 PPWD1 结构由 8 个反平行 β 片层组成，形成一个封闭的 β 桶，其中 2 个 α 螺旋紧贴核心，类似于亲环蛋白的结构。PPWD1 异构酶结构域以不对称单元中的 3 个构象相同的分子结晶，其中每个分子的活性位点以类似于底物的方式与相邻分子的 7 个残基（QAEGPKR） 结合。7 残基序列中的脯氨酸以反式构型与 PPWD1 结合，这是底物肽的不寻常情况。生化和生物物理测定证实 PPWD1 是针对标准底物序列的功能异构酶。然而，虽然PPWD1的内部肽序列能够结合，但它并没有被异构酶催化。PPWD1 蛋白的 NMR 溶液研究通过 PPWD1 结合 QAEGPKR 序列和缺乏酶促转换来概括分子间相互作用。

戴维斯等人（2010）确定了几个 PPIase 结构域的晶体结构，包括 PPWD1 的晶体结构。他们发现所有的亲环蛋白，包括 PPWD1，都有一个共同的折叠结构，由 8 个反平行的 β 折叠和 2 个折叠在折叠上的 α 螺旋组成。在 β-6-β-7 环区还有一个短的 α-螺旋转角，包含活性位点 trp 残基。活性位点包含不变的催化 arg 和疏水、芳香和极性残基的高度保守混合物。这些侧链有助于沿着 PPIase 结构域的 1 个面形成广泛的结合表面，尽管在 trp 残基处发现了环孢菌素结合、四肽同一性和活性位点残基之间的最大相关性。检查活性位点附近的 PPIase 结构域表面发现 2 个口袋可能有助于底物特异性、结合和周转。第一个口袋是脯氨酸相互作用表面，而第二个口袋形成一个表面，由一组“看门人”残基保护，其侧链控制对口袋的访问。

▼ 测绘

Gross（2019）根据 PPWD1 序列（GenBank BC015385 ） 与基因组序列（GRCh38） 的比对，将 PPWD1 基因对应到染色体 5q12.3。