DexD框 螺旋框 39B

DDX39B 是一种重要的剪接因子，它被招募到依赖于 U2AF65（ 191318 ） 的前 mRNA 中，并且是 U2 snRNP-分支点相互作用所必需的。DDX39B 是依赖于 RNA 的 ATP 酶的 DEAD 框家族的成员，它在前 mRNA 剪接的几个步骤中介导 ATP 水解（Fleckner 等人，1997 年）。

▼ 克隆与表达

Spies 等人通过重叠粘粒的染色体行走（1989）在人类主要组织相容性复合物中分离出一个 435-kb 的 DNA 片段，该片段与 HLA-B（ 142830 ） 着丝粒。一大群 CpG 岛表明存在其他基因。使用粘粒探针，在来自各种细胞系的 RNA 样本中检测到 5 个不同的转录本，并分离出相应的 cDNA 克隆并命名为“HLA-B 相关转录本”（BAT1 到BAT5，142620）。

皮尔曼等人（1995）对人和猪的 BAT1 进行了测序，结果表明这些基因是 ATP 依赖性 RNA 解旋酶 DEAD框 家族的成员，它们参与许多细胞功能，包括翻译起始、RNA 剪接和核糖体组装。该家族的蛋白质具有 9 个保守的氨基酸基序，但其氨基和羧基末端不同。从对其他家族成员的研究来看，第一个模块涉及 ATP 结合，第五个模块可能是 ATP 酶，第六个模块是 RNA 解旋酶活性所必需的，第九个模块涉及解旋过程中与 ATP 水解无关的 RNA 相互作用。该基因包含 10 个外显子，跨越约 10 kb 的基因组 DNA，并编码 428 个氨基酸的蛋白质。皮尔曼等人（1995）在所有分析的组织中检测到 3 个不同长度的 mRNA（4.1、17 和 0.9 kb），尽管相对水平不同。该蛋白高度保守，与 p47 大鼠肝核蛋白具有 98% 的同一性，与猪 BAT1 同源物具有 99% 的同一性。皮尔曼等人（1995）表明重组表位标记的 BAT1 构建体在 COS 细胞中表达，并显示蛋白质定位于细胞核。

弗莱克纳等人（1997）克隆了一种人类 56-kD U2AF65 相关蛋白，他们称之为 UAP56。Fleckner 等人使用酵母 2 杂交试验（1997）将 UAP56 鉴定为与 U2AF65 氨基酸 138 至 183 相互作用的剪接因子。UAP56 编码 428 个氨基酸的蛋白质，包含 DEAD 框 RNA 解旋酶特征的 7 个共有基序。

▼ 基因功能

间谍等（1989）提出了一个问题，即 BAT 基因之一的变异，而不是 HLA-B 本身的变异，是否决定了对强直性脊柱炎的易感性（ 106300 ）。

奥尔科克等人（2001）使用对应于 BAT1 基因的外显子 2 到 5 的反义 DNA，并表明在抗原刺激后，单核细胞和 T 细胞系产生更高水平的急性期细胞因子 TNF、白细胞介素-1（IL1；参见147760）和IL6（ 147620 ） 比仅含有转染载体的细胞。这些结果表明BAT1是炎症的负调节因子。

弗莱克纳等人（1997）证明 UAP56 是 U2 snRNP-分支点相互作用所需的重要剪接因子。它是剪接体的一个组成部分。罗等人（2001）证明 UAP56 与 ALY（THOC4; 604171 ） 直接且高度特异性地相互作用。此外，UAP56 与 ALY 一起存在于剪接的 mRNA-蛋白质复合物（mRNP） 中。过量的 UAP56 是一种有效的显性负性 mRNA 输出抑制剂。过量的 UAP56 还抑制 ALY 向拼接的 mRNP 的募集。此外，阻止其与 UAP56 相互作用的 ALY 中的突变阻止了 ALY 向剪接的 mRNP 的募集。罗等人（2001）得出的结论是，剪接因子 UAP56 通过将 ALY 招募到剪接的 mRNP 来耦合剪接和输出机器。

斯特拉瑟等人（2002）表明 UAP56 是抗 RNase TREX（转录/输出）复合物的一部分，该复合物包括 TEX1（THOC3；606929）、HPR1（THOC1；606930）、THO2（THOC2；300395）和 ALY，并且从酵母给人类。酵母的功能研究使他们得出结论，TREX 复合物被专门招募到转录基因并在转录延伸过程中与聚合酶一起遗传。斯特拉瑟等人（2002）建议它物理连接在 mRNA 输出或转录中起作用的蛋白质。

Masuda 等人使用 HeLa 细胞核提取物的免疫沉淀和质谱分析（2005）发现人类 TREX 复合物含有 THO2、FSAP79（THOC5; 612733 ）、HPR1、UAP56、TEX1、FSAP35（THOC6; 615403 ）、ALY 和 FSAP24（THOC7; 611965）。免疫耗竭和凝胶过滤分析显示 THO2、HPR1、FSAP79、FSAP35 和 FSAP24 在 THO 复合物中紧密相关，而 UAP56、ALY 和 TEX1 的相关性更松散。任何 TREX 成分的免疫沉淀都能有效地免疫沉淀剪接的 mRNA 和 cDNA 转录物，但不能有效地免疫沉淀未剪接的前 mRNA。任何成分的免疫耗竭对剪接体组装、剪接或 RNA 稳定性都没有影响。TREX 复合物组装在每个检查的 mRNA 上。突变分析表明，ALY 的 C 末端是 UAP56 和 THO 复合物结合所必需的。UAP56 的 C 末端足以用于 ALY 结合。UAP56 的 N 末端与 THO 复合物和 TEX1 相互作用较弱，表明 UAP56 的其他区域是最大结合所必需的。增田等人（2005）得出结论，人类TREX复合物的募集与转录不直接相关，如酵母。

▼ 基因结构

皮尔曼等人（1995）证明 BAT1 基因包含 10 个外显子，跨越约 10 kb 的基因组 DNA。

▼ 测绘

Spies 等人通过重叠粘粒的染色体行走（1989）在染色体 6p21 上的人类主要组织相容性复合物中分离出一个 435-kb 的 DNA 片段，该片段与 HLA-B 着丝粒。在克隆区域内，肿瘤坏死因子（TNFA, 191160 ; TNFB, 153440 ） 和 HLA-B（ 142830 ） 的基因相距 210 kb。小鼠基因 B144（LST1; 109170 ） 的人类同源物） 位于 TNFA 附近。一大群 CpG 岛表明存在其他基因。使用粘粒探针，在来自多种细胞系的 RNA 样品中检测到 5 个不同的转录物，并分离出相应的 cDNA 克隆。这些“HLA-B 相关转录本”（BAT1-BAT5）对应到 160 kb 区域内的不同位置，其中包括 TNFA 和 TNFB 基因。

在猪中，BAT1 显示在 TNF 上游约 30 kb（ Nunes et al., 1994 ）。BAT1 在 III 类区域端粒末端的位置在人和猪中都是保守的（Peelman 等，1995）。