负伸长因子复合物，成员 E

NELFE 是负伸长因子（NELF） 的一个亚基，它还包括 NELFA（ 606026 ）、NELFB（ 611180 ） 和 NELFC 或 NELFD（NELFCD; 605297 ）。; NELF与DRB灵敏度诱导因子（DSIF），SPT4（SUPT4H1的异源二聚体起作用603555和SPT5（SUPT5H）602102），以使RNA的转录暂停聚合酶II（见180660）（成田等人，2003。 ）。

▼ 克隆与表达

Levi-Strauss 等人（1988）鉴定了一种在所有测试组织中转录的新基因。该基因是在寻找III类基因区域中未检测到的基因的过程中发现的。从来源于肝脏 cDNA 克隆的核苷酸序列，预测该单拷贝基因编码 42-kD 多肽。该基因显示出自然选择的显着特征。它在许多不同的细胞类型中以非常低的水平表达，从而表明它可能编码一种管家蛋白。推导的氨基酸序列中没有典型的前导肽可能表明该蛋白质注定不会穿透内质网，因此可能不使用其潜在的 N-连接糖基化位点。核苷酸序列的强种间保守性和更严格保存的二肽重复元件，以及该基因的广泛表达，提供了强有力的证据表明该蛋白质具有基本的并且可能在系统发育上古老的功能。由于不想起一个更好的名字，作者将该基因称为 RD，这是最常见的二肽重复序列的首字母缩写词。R 和 D 分别是精氨酸和天冬氨酸的单字母符号。在 RD 蛋白的中心部分有一个 58 个氨基酸的片段，几乎完全由交替的碱性和酸性氨基酸组成。arg-asp 序列有 20 个重复。唯一已知含有大量交替 arg-asp 残基的其他蛋白质是人类 U1 70K snRNP 蛋白。由于不想起一个更好的名字，作者将该基因称为 RD，这是最常见的二肽重复序列的首字母缩写词。R 和 D 分别是精氨酸和天冬氨酸的单字母符号。在 RD 蛋白的中心部分有一个 58 个氨基酸的片段，几乎完全由交替的碱性和酸性氨基酸组成。arg-asp 序列有 20 个重复。唯一已知含有大量交替 arg-asp 残基的其他蛋白质是人类 U1 70K snRNP 蛋白。由于不想起一个更好的名字，作者将该基因称为 RD，这是最常见的二肽重复序列的首字母缩写词。R 和 D 分别是精氨酸和天冬氨酸的单字母符号。在 RD 蛋白的中心部分有一个 58 个氨基酸的片段，几乎完全由交替的碱性和酸性氨基酸组成。arg-asp 序列有 20 个重复。唯一已知含有大量交替 arg-asp 残基的其他蛋白质是人类 U1 70K snRNP 蛋白。arg-asp 序列有 20 个重复。唯一已知含有大量交替 arg-asp 残基的其他蛋白质是人类 U1 70K snRNP 蛋白。arg-asp 序列有 20 个重复。唯一已知含有大量交替 arg-asp 残基的其他蛋白质是人类 U1 70K snRNP 蛋白。180740），它特异性结合 U1 snRNA。RD蛋白包含存在于许多不同核RNA结合蛋白中的所谓RNP共有序列，表明RD蛋白是核酸结合蛋白。该序列显示了一个非常特殊的核心区域（集中在但不限于核苷酸 725-880），其中包含大约 8 个不完全重复的大约 15 个核苷酸。这部分 mRNA 在其最可能的翻译框架中编码一段 52 个氨基酸，完全由一个二肽的完美和单调重复组成，该二肽由一个碱性残基（精氨酸或赖氨酸）与一个酸性残基（天冬氨酸或谷氨酸）。二肽残基的强烈保守性与其密码子的较差保守性形成鲜明对比，因此暗示周期性不能完全由最近的重复的琐碎轮次来解释。实际上，指定最常见二肽 arg-asp 的密码子的多样性以及其他氨基酸组合（如 arg-glu、lys-glu 和 lys-asp）的存在意味着多个突变的积累，即使发生在三联体的第一个碱基中，通过指定相同或同功能的氨基酸来严格遵守结构的电荷周期性。因此，强烈的选择压力一定是对不寻常重复基序的保护的原因。和 lys-asp 意味着多个突变的积累，即使发生在三联体的第一个碱基中，也通过指定相同或同功能的氨基酸严格遵守结构的电荷周期性。因此，强烈的选择压力一定是对不寻常重复基序的保护的原因。和 lys-asp 意味着多个突变的积累，即使发生在三联体的第一个碱基中，也通过指定相同或同功能的氨基酸严格遵守结构的电荷周期性。因此，强烈的选择压力一定是对不寻常重复基序的保护的原因。Surowy 等人（1988）分离和测序编码 RD RNA 结合蛋白的 cDNA。

Speiser 和 White（1989）指出 RD 基因早先被称为 D6S45。它编码的蛋白质预计含有 371 个氨基酸，分子量为 41,000。人和鼠基因之间的高度同源性表明该保守基因的功能重要性。

通过 Northern 印迹分析，Narita 等人（2003）在所有检查的组织中检测到一个主要的 1.6-kb NELFE 转录物。

▼ 基因功能

山口等人（1999）描述了从 HeLa 核提取物中鉴定和纯化 DRB（核苷类似物）敏感转录所需的蛋白质因子。这个被他们命名为 NELF 的因子与 DSIF 合作并强烈抑制 pol II 的延伸。这种抑制被 pol II C 末端结构域的正转录延伸因子 B（PTEFB） 依赖性磷酸化逆转。NELF由5个多肽组成，其中最小的NELFE与RD相同。

成田等人（2003）通过在昆虫细胞中过表达带表位标记的 NELFA、NELFB、NELFD 和 NELFE，重组了一个活性 NELF 样复合物。他们发现 NELFE 的亮氨酸拉链直接与 NELFB 相互作用，而 NELFD 直接与 NELFA 和 NELFB 相互作用，这与 NELFB 和 NELFD（或 NELFC）通过 3 种蛋白质-蛋白质相互作用将 NELFA 和 NELFE 结合在一起的模型一致。NELF 功能需要所有 4 个 NELF 亚基。

成田等人（2007）表明 NELF 与核帽结合复合物（CBC） 相互作用，后者在几个 mRNA 加工步骤中发挥作用。相互作用由 NELFE 和 CBC 亚基 CBP80（NCBP1; 600469 ）介导，相互作用需要 NELFE 的氨基酸 244 至 380。小干扰 RNA 介导的 HeLa 细胞中 NELFE 或 CBP80 的敲低分别降低了其他 NELF 和 CBC 亚基的蛋白质水平，这表明在没有功能性全复合物的情况下，游离的 NELF 和 CBC 亚基是不稳定的。NELFE 或 CBP80 的敲除也导致多腺苷酸化组蛋白 mRNA 水平升高。

PARPs，例如 PARP1（ 173870 ），将 ADP-核糖从 NAD+ 共价转移到底物蛋白上。Gibson 等人使用人类细胞系（2016）发现 PARP1 与 ADP 核糖基化 NELFE 相互作用。NELFA 也被 ADP 核糖基化。NELFE 的 ADP 核糖基化消除了 NELF 结合 RNA 的能力，并从 NELF 依赖性暂停中释放了 Pol II。人类细胞系中 PARP1 的消耗或抑制，或 NELFE 上 ADP 核糖基化位点的突变，促进了 Pol II 暂停。NELFE 的 ADP 核糖基化依赖于 PTEFB 对 NELFE 的先前磷酸化。吉布森等人（2016）得出结论，磷酸化 NELFE 的 PARP1 依赖性 ADP 核糖基化对于将 Pol II 有效释放到生产性延伸中是必要的。

▼ 基因结构

Speiser 和 White（1989）确定 RD 基因包含 10 个外显子，分布在大约 6 kb 的 DNA 上。

▼ 测绘

Levi-Strauss 等人（1988） 分别绘制了小鼠和人类 H-2 和 HLA 复合物的 C4（ 120810 ） 和 BF（ 138470 ） 基因之间的 RD 基因（即小鼠和人类分别为 17 号染色体和 6p21.3 号染色体） .